เอนไซม์โปรตีเอสของไวรัส dengue มีหน้าที่ในการตัดโปรตีนตั้งต้นของไวรัสที่ ตำแหน่งจำเพาะหลายแห่งในกระบวนการย่อยโปรตีนตั้งต้นซึ่งเป็นขั้นตอนที่มีความสำคัญ ในการประกอบเป็นโครงสร้างที่สมบูรณ์ของไวรัส เอนไซม์นี้ทำงานในรูปของโปรตีนเชิง ซ้อนที่ประกอบด้วยโปรตีน NS3 ซึ่งมีเซอรีนโปรตีเอสโดเมนในกรดอะมิโน 184 ลำดับแรก ทางด้านปลายอะมิโนและโปรตีน NS2B ซึ่งมีความจำเป็นต่อความสามารถในการทำงาน ของโปรตีเอสโดเมน ยีนของโปรตีน NS2B และโปรตีเอสโดเมนของโปรตีน NS3 (NS3p) ได้ถูกเพิ่ม จำนวนด้วยวิธี PCR โดยใช้ cDNA ของไวรัส dengue ซีโรไทพ์ 2 สายพันธุ์ 16681 เป็นแม่แบบ เมื่อยีน NS2B ขนาด 0.4 กิโลเบสและยีน NS3p ขนาด 0.6 กิโลเบสถูก โคลนเข้าสู่ pUC18 เพื่อวิเคราะห์ลำดับเบสพบว่ายีน NS2B มีลำดับเบสที่เปลี่ยนแปลงไป หนึ่งตำแหน่งซึ่งไม่มีผลต่อลำดับกรดอะมิโนในขณะที่ยีน NS3p มีลำดับเบสเหมือนกับลำดับ เบสอ้างอิง จากนั้นยีน NS2B และ NS3p ถูกโคลนเข้าสู่พลาสมิด pTrcHisB ได้พลาสมิด ลูกผสม pTH2B และ pTH3p ตามลำดับซึ่งเมื่อถูกเหนี่ยวนำให้แสดงออกใน ~iE.coli~i จะได้ โปรตีน His(,6)-NS2B ขนาด 17.8 กิโลดาลตันและโปรตีน His(,6)-NS3p ขนาด 23.5 กิโลดาลตันที่เชื่อมกับหมู่โพลีฮิสทิดีนทางปลายอะมิโนและอยู่ในรูปผลึกโปรตีนเป็น ส่วนมาก โปรตีนดังกล่าวสามารถถูกตรวจสอบได้โดยใช้ Ni-NTA conjugated alkaline phosphatase ด้วยวิธี western blot โปรตีนทั้งสองชนิดถูกทำให้บริสุทธิ์เบื้องต้น โดยวิธี immobilized metal affinity chromatography และพับตัวใหม่ในคอลัมน์ ได้ NS2B ที่มีความบริสุทธิ์ 50% และ NS3p ที่มีความบริสุทธิ์ 75% โดยถูกผลิตได้ 0.6 และ 6.6 มิลลิกรัมต่อลิตรของ ~iE.coli~i ตามลำดับ แต่โปรตีนทั้งสองไม่สามารถถูกตัดด้วย เอนไซม์เอนเทอโรไคเนสเพื่อตัดแยกหมู่โพลีฮิสทิดีนออกภายใต้สภาวะการทดลองที่ใช้ นอกจากนี้การทำงานของเอนไซม์โปรตีเอสเชิงซ้อน NS2B-NS3p ยังคงไม่สามารถถูกตรวจวัด ได้ในปฏิกิริยาการทดลองที่ใช้ อย่างไรก็ตามโปรตีน NS2B และ NS3p ที่ได้สามารถถูกนำ ไปศึกษาคุณสมบัติทางชีวเคมีเพิ่มเติมเพื่อสร้างระบบการทดสอบการทำงานของเอนไซม์นี้ ในหลอดทดลองต่อไป