กระบวนการย่อยโปรตีนตั้งต้นของไวรัส dengue ซีโรไทพ์ 2 จำเป็นต้องใช้โปรตีน เชิงซ้อน NS2B/NS3 โปรตีเอส ซึ่งเป็นองค์ประกอบสำคัญในการเพิ่มจำนวนของไวรัส ดังนั้น โปรตีนเชิงซ้อน NS2B/NS3 โปรตีเอสจึงเป็นเป้าหมายสำคัญในการสร้างสารยับยั้งไวรัส ที่จำเพาะ การศึกษาแบบ ~iin vitro~i ของโปรตีนเชิงซ้อน NS2B/NS3 โปรตีเอสได้แสดงถึง ปฏิกิริยาแบบ intrinsic ของโปรตีน NS3 ในสภาพที่ไม่มี NS2B โคเฟกเตอร์ต่อ model substrate ขนาดเล็ก สำหรับ serine protease อย่างไรก็ตาม การที่มี amino acid 40 ลำดับที่เป็น hydrophilic โดเมนของ NS2B ทำให้โปรตีเอสมีปฏิกิริยาต่อเปปไทด์สังเคราะห์ ที่มี dibasic cleavage site เพิ่มขึ้นหลายพันเท่า การศึกษาความสัมพันธ์ของรูปร่าง 2 แบบของ NS3 โปรตีเอส เป็นเป้าหมายในการออกแบบตัวยับยั้งต่อโปรตีนชนิดนี้ได้ ยีนของโปรตีน NS2B ที่ได้จากการตัดพลาสมิด pUC-NS2B ได้ถูกโคลนเข้าสู่พลาสมิด pTH2A ซึ่งระดับการแสดงออกของโปรตีน NS2B ใน ~iE.coli~i C41 ให้ผลที่ตรงข้ามกับ ระดับการแสดงออกของโปรตีน NS2B ที่มี N-ternimal polyhistidine tag ซึ่งก็คือระดับ การแสดงออกโปรตีน NS2B ที่ไม่มี polyhistidine tag มีระดับการแสดงออกต่ำกว่าโปรตีน NS2B ที่มี N-terminal polyhistidine tag ซึ่งยังต้องตรวจสอบให้ชัดเจนขึ้น ยีนของ โปรตีน NS3 โปรตีเอสโดเมน ได้มากจากการเพิ่มจำนวน DNA โดย PCR และนำยีนไปโคลนเข้า สู่พลาสมิด pTH2A ให้ in frame กับ C-terninal polyhistidine affinity purifiaction tag หลังจากการเหนี่ยวนำให้แสดงออกใน ~iE.coli~i C41 จะได้โปรตีน NS3pC (NS3 โปรตีเอสโดเมนที่มี C-feminal polyhistidine tag) ที่ขนาด 25 kDa ซึ่งเมื่อตรวจหา โปรตีน NS3pC นี้ด้วย SDS-PAGE get ปรากฎว่าไม่พบ แต่ตรวจพบได้เมื่อตรวจด้วยวิธี Western blot โดยใช้ polyhistidine antiserum จากการแยกส่วนโปรตีนที่เป็นสารละลาย และโปรตีนที่เป็นผลึกแล้วนำมาตรวจสอบ พบว่าโปรตีน NS3pC ถูกแสดงออกเป็นโปรตีนทั้งแบบ โปรตีน NS3pC ที่เป็นสารละลายสามารถทำให้กึ่งบริสุทธิ์ได้ ซึ่งปริมาณโปรตีนทั้งหมด ที่อยู่ใน elution fraction ได้ 0.7 mg ต่อ ~iE.coli~i 1 ลิตร แต่ NS3pC ส่วนโปรตีน NS3pC ที่เป็นผลึกสามารถทำให้บริสุทธิ์ได้ 23 (+,m)g ต่อ ~iE.coli~i 1 ลิตร โปรตีน นี้สามารถทำให้บริสุทธิ์ได้ในขั้นตอนเดียวโดยใช้ affinity chromatography ซึ่ง NS3pC จะถูกล้างออกมาจาก column ด้วย 500 mM imidazole ภายใต้สภาวะ denaturing ใน 8 M urea โปรตีน NS3pC ที่ได้ยังถูกนำไปตรวจสอบโดย N-terminal sequencing ด้วย automated Edman degradation เพื่อยืนยันว่าเป็นโปรตีน NS3pC โปรตีเอสโดเมน สำหรับการทดสอบ ปฏิกิริยาของโปรตีน NS3pC ได้มีการนำ synthetic substrate ต่างๆ มาทดสอบนั้น คือ GRR-MCA ที่ติดฉลากด้วยสารเรืองแสง และ cleavage site derived peptide (dansylated- TTSTRR / GTGNIG) ซึ่งยังไม่สามารถตรวจวัดปฏิกิริยาของโปรตีน NS3pC ในสภาวะการทดลอง ที่ใช้ การที่ผลเป็นเช่นนี้อาจเกิดจากการพับของโปรตีนไปอยู่ในรูปร่างที่ไม่ถูกต้องหรือ การลดลงของปฏิกิริยาของ NS3pC ต่อ substrate ที่นำมาทดลองเนื่องจากไม่มี NS2B activation cofactor