องค์กรปกครองคณะสงฆ์ไทยในวิทยานิพนธ์ฉบับนี้ประกอบไปด้วย สมเด็จพระสังฆราชมหาเถรสมาคม และพระสังฆาธิการระดับเจ้าคณะต่างๆ ตามลำดับชั้นจนถึงระดับเจ้าอาวาสเป็นองค์กรที่มีอำนาจปกครอง โดยมีพระราชบัญญัติคณะสงฆ์และกฎหมายลำดับรองต่างๆ ให้อำนาจในการออกคำสั่งประเภทต่างๆ อย่างสอดคล้องกับพระธรรมวินัยและพระพุทธบัญญัติแต่ในการใช้อำนาจปกครองของคณะสงฆ์ มีกฎเกณฑ์ควบคุมการใช้อำนาจที่ต่างไป ซึ่งบางครั้งก็มีปัญหาว่ามีการกระทบสิทธิส่วนบุคคลหรือไม่ ประกอบกับในปัจจุบันได้มีการจัดตั้งศาลปกครองขึ้น วิทยานิพนธ์ฉบับนี้จึงมุ่งศึกษากระบวนการในการคุ้มครองสิทธิของบุคคลจากการใช้อำนาจทางปกครองขององค์กรปกครองคณะสงฆ์ โดยแบ่งการศึกษาออกเป็นการคุ้มครองโดยกระบวนการภายในและภายนอกคณะสงฆ์ ผลการศึกษาพบว่า ยังมีข้อบกพร่อง โดยกระบวนการคุ้มครองภายในคณะสงฆ์ยังขาดกฎเกณฑ์ที่ชัดเจนที่ให้สิทธิแก่พระภิกษุและฆราวาสที่ได้รับผลกระทบจากคำสั่งทางปกครองของคณะสงฆ์ในการโต้แย้งคัดค้านคำสั่งเหล่านั้น ในส่วนของกระบวนการคุ้มครองภายนอก วิทยานิพนธ์ฉบับนี้เน้นไปที่การศึกษาขอบเขตอำนาจของศาลปกครอง ซึ่งก็พบว่ายังไม่มีการกำหนดขอบอำนาจให้ชัดเจนว่า ศาลปกครองจะมีอำนาจตรวจสอบการใช้อำนาจปกครองของคณะสงฆ์ได้แค่ไหนเพียงไร ผู้เขียนจึงได้เสนอแนวทางในการปรับปรุงแก้ไข โดยในส่วนของกระบวนการภายในนั้นเสนอให้มีการบัญญัติกฎเกณฑ์ที่เป็นหลักทั่วไปเกี่ยวกับการโต้แย้งคัดค้านคำสั่งทางปกครองของคณะสงฆ์ สำหรับศาลปกครองผู้เขียนได้วิเคราะห์ขอบเขตอำนาจหน้าที่ที่ควรจะเป็นของศาลปกครองในการตรวจสอบการใช้อำนาจการปกครองของคณะสงฆ์ และเสนอให้มีการกำหนดเป็นบรรทัดฐานของศาลปกครอง ในการรับพิจารณาคดีที่เกิดจากการใช้อำนาจปกครองของคณะสงฆ์ต่อไป