การศึกษาอนุกรมวิธานของหอยนางรมของไทย จำแนกได้เป็น 10 ชนิดได้แก่ หอยมือหมี ( Hyotissa hyotis ) หอยตะโกรมกรามขาว ( Crassostrea belcheir ) , หอยตะโกรมกรามดำ ( C. Iredalei ) , Crassostrea sp. , หอยนางรมปากจีบ 4 ชนิดได้แก่ Saccostrea cucullara , S. forskali , S. mytiloides , Saccostrea sp., หอยนางรมลอย ( Dendrostren folium ) และหอยเล็บเหยี่ยว ( Lopha cristagalli ) ชนิดที่มีความสำคัญในเชิงพาณิชย์ได้แก่ หอยตะโกรงกรามขาว , หอยตะโกรมกรามดำและหอยนางรมปากจีบชนิด S. forskali การจำแนกชนิดใช้ ลักษณะของเปลือกหอย เป็นหลักในการวิเคราะห์กับได้มีความพยายามตรวจสอบความแตกต่างของลักษณะทางกายวิภาคของตัวหอย ซึ่งพบว่าไม่มีความแตกต่างในระดับชนิด ลักษณะของลูกหอยนางรมที่ได้จากการเพาะเลี้ยงแสดงความแตกต่างระดับสกุล เมื่อเจริญถึงระยะ umbo พบว่าหอยตะโกรมกรามขาวมีการพัฒนาเปลือกเป็นแบบ opisthogyrate ส่วนหอยนางรมปากจีบและหอยนางรมลอยมีการพัฒนาเปลือกเป็นแบบ orthogyrate ในด้านอณูพันธุศาสตร์ ได้ศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมและการค้นหาเครื่องหมายทางพันธุกรรมจำเพาะกับหอยนางรม 5 ชนิด ด้วยเทคนิค RAPD พบว่ามีความหลากหลายทางพันธุกรรมสูง ได้พบเครื่องหมายทางพันธุกรรมที่จำเพาะต่อหอยนางรม 3 ชนิดคือ หอยตะโกรมกรามดำ หอยตะโกรมกรามขาวและหอยนางรมปากจีบชนิด S. cucullara กับจำนวน 10 , 5 และ 2 แถบ ตามลำดับได้ตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรมของหอยนางรมด้วยวิธี PCR-RFLP พบว่าให้ผลการทดลองที่สอดคล้องกับผลของการศึกษาด้วยวิธี RAPD ข้อมูลที่ได้จากการศึกษาสามารถนำมาใช้เป็นข้อมูลด้านพัธุศาสตร์ของหอยนางรมของไทย และนำมาใช้ประกอบการพิจารณาการศึกษาในกรณีที่เปลือกของหอยนางรมมีลักษณะที่ไม่เด่นชัดหรือมีการเปลี่ยนแปลงไปเนื่องจากสภาพแวดล้อม Genetic diversity and species-diagnostic markers of five oysters in Thailand; Crassostrea belcheri (Sowerby, 1871), C. iredalei (Faustino, 1932), Saccostrea cucullata (Born, 1778), S. forskali (Gmelin, 1791) and S. mytiloides (Larnarck, 1819), were investigated by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Two hundred and fifty-four reproducible and polymorphic fragments (200- 2500 bp in length) were generated across the five investigated species. The average number of bands per primer varied between 12.4 to 32.2. The percentage of polymorphic bands within Crassostrea (53.23% - 74.67%) was lower than that of Saccostrea oysters (89.55% - 99.40%). Ten, five and two species-specific markers were found in C. belcheri, C. iredalei, and S. cucullata, respectively. Three C. belcheri-specific RAPD fragments were cloned and sequenced. A pair of primer set was designed from each recombinant clone (pPACB1, pPACB2 and pPACB3). The PCR products showed expected product sizes of 536 bp, 600 bp and 506 bp, respectively, with the sensitivity of detection reached approximately 30 pg of C. belcheri total DNA templante. Specificity of pPACB1 was examined against indigenous oyster species in Thailand, and outgroup references; S. commercialis and Perna viridis (N= 203). Results indicated species-specific nature of primers developed from pPACB1. This primer set can be used for broodstock selection and determination of C. belcheri larvae to assist selective breeding programme in this commercially important species. The mean of a ratio between the number of genotypes generated by each primer and the number of investigated specimens of C. belcheri (0.58) was lower than that of the remaining species (0.90 – 1.00). Genetic distances between pairs of oyster samples were between 0.105 – 0.811. A neighbor-joining tree indicated distant relationships between Crassostrea and Saccostrea oysters. Within the latter genus, genetically close relationships were observed between S. forskali and S. mytiloides Genetic diversity of the same sample set of oysters was also examined using PCR-RELP of 16S ribosomal (r) DNA with Acs I, Alu I, Dde I, Dra I, Taq I and Rsa I, 18S rDNA with Hin fI and cytochrome oxidase subunit I (COI) with Acs I, Dde I and Mbo I. A total of fifty-four mtDNA composite haplotypes were identified. Composite haplotypes I, II and III was specifically found in C. belcheri whereas composite haplotypes IV, V and VI was only found in C. iredalei. Five composite haplotypes (VII-XI) were specifically observed in S. cucullata. These composite haplotypes can be used to differentiate commercially cultured oyster species unambiguously. Haplotype and nucleotide diversity within each oyster species in this study was 0.1857 – 0.9044 and 0.0912% - 3.2388%, respectively. These indicated high genetic diversity of oysters in Thai waters. Four groups of oysters could not be differentiated based on morphological characters. They were Crassostrea sp. (CsKB), Saccostrea sp. Group 1 (S1SR), Saccostrea sp. group 2 (S2RN) and Saccostrea sp. Group 3 (S3SS). Molecular markers developed from RAPD and PCR- RELP of the present study revealed the existence of genetically unidentified new species including Crassostrea sp. from Krabi and Saccostrea sp. group 2 from Ranong. Accordingly, scientific names of these oysters should be further clarified by taxonomists using both morphological and molecular data. The Saccostrea sp. group 1 from Surat Thani should be genetically regarded as S. forskali. Nevertheless, the species status of Saccostrea sp. group 3 from Samut Sakhon could not be concluded because they showed phylogenetically closed relationships with S. mytiloides when analysed with RAPD but their mtDNA genotypes were commonly found in both S. forskali and S. mytiloides.