ไวรัสโรคใบสีส้มในข้าว สายพันธุ์ชัยนาท จัดว่าเป็นสายพันธุ์ที่รุนแรงที่สุดในกลุ่มของไวรัสโรคใบสีส้มที่พบในประเทศ ไทย จีโนมของไวรัสมีลักษณะเป็นวงกลมดีเอ็นเอเส้นคู่ ถูกสกัดออกมาอนุภาค เพื่อใช้สร้าง RTBV-CN full length clone (pRTBVCN) สำหรับการหาลำดับรหัสพันธุกรรมทั้งหมดของไวรัสโรคใบสีส้มสายพันธุ์ชัยนาท และสำหรับการสร้าง RTBV-CN one-and-bit-mer clone เพื่อการศึกษาไวรัสโรคใบสีส้มสายพันธุ์ชัยนาทโดยตรง ซึ่ง RTBV-CN one-and-bit-mer clone ที่ได้มีความสามารถในการติดเชื้อในต้นข้าวได้ดี และผลการวิเคราะห์ลำดับรหัสพันธุกรรมพบว่า จีโนมของไวรัสโรคใบสีส้มสายพันธุ์ชัยนาทมีลำดับรหัสพันธุกรรมทั้งหมด 8010 เบส ประกอบไปด้วยช่วงการถอดรหัส 4 ช่วง ที่สามารถแปลรหัสได้เป็นสายโพลีเปปไทด์ขนาด 10 กิโลดาลตันขึ้นไป โดยที่โปรตีนที่มีขนาดใหญ่ที่สุดคือ โปรตีนจากช่วงการถอดรหัสที่ 3 มีน้ำหนักมวลจากการคำนวณประมาณ 194 กิโลดาลตัน ซึ่งคาดว่าโปรตีนขนาดใหญ่นี้จะถูกตัดทอนลง โดยเอนไซม์แอสพาร์ติกโปรตีเอสที่สร้างโดยไวรัสเอง เพื่อปลดปล่อยโปรตีนที่ทำหน้าที่ต่างกันไปได้แก่ โปรตีนเปลือกหุ้มและเอนไซม์รีเวอร์สทรานสคริปเทส ในส่วนของเปลือกนอกของอนุภาคไวรัส ผลการทดลองบ่งชี้ว่า มีโปรตีนเปลือกหุ้มอยางน้อย 2 ชนิดที่มีขนาด 37 และ 27 กิโลดาลตัน ประกอบกันเป็นเปลือกภายนอกของอนุภาค แต่การตรวจสอบโปรตีนโดยวีธีการทางภูมิคุ้มกันวิทยาพบว่า มีเฉพาะแต่เพียงแถบโปรตีนขนาด 37 กิโลดาลตันเท่านั้น ที่ปรากฏขึ้น โดยสันนิษฐานว่ากรดอะมิโนไลซีน และอาร์จินีน ซึ่งมีคุณสมบัติทางเคมีเป็นพวกกรดอะมิโนที่มีความเป็นด่าง ที่มีอยู่มากในบริเวณปลายด้านอะมิโนของโปรตีนขนาด 27 กิโลดาลตัน คือสาเหตุของการเคลื่อนที่ช้าผิดปกติของโปรตีนตัวนี้ ทำให้โปรตีนขนาด 27 กิโลดาลตันมีอัตราการเคลื่อนที่เท่ากับโปรตีนขนาด 37 กิโลดาลตัน