ภายหลังการระบาดของโรคใบหงิกอย่างรุนแรงครั้งล่าสุด ระหว่างปี พ.ศ. 2533 - 2534 การสำรวจโรค ใบหงิกของข้าว ในพื้นที่การทำนาทั่วประเทศในระหว่างปี 2543 - 2545 พบการเกิดโรคใบหงิกใน 7 พื้นที่ ในภาคเหนือตอนล่างและภาคกลาง ได้แก่ อ. ธัญบุรี จ.ปทุมธานี, อ. เมือง จ. พิษณุโลก, อ. วังทอง จ.พิษณุโลก, อ. บึงนาราง จ. พิจิตร, อ.ตะพานหิน จ. พิจิตร, อ.เมือง จ. ชัยนาท และแปลงทดลองข้าวพระตำหนักสวนจิตรลดา กรุงเทพ จากการศึกษาความแตกต่างของลำดับรหัสพันธุกรรม และลำดับกรดอะมิโนจากจีโนมสายที่ 5 และ 8 ของไวรัสโรคใบหงิกทั้ง 7 สายพันธุ์ เปรียบเทียบกับลำดับรหัสพันธุกรรม และลำดับกรดอะมิโนจากจีโนมสายที่ 5 และ 8 ของ ไวรัสโรคใบหงิก ที่มีการรายงานไว้ 4 ปีก่อนหน้าการสำรวจโดยโครงการนี้ พบว่าลำดับรหัสพันธุกรรมและลำดับกรดอะมิโนของจีโนมสายที่ 5 มีความคล้ายคลึงกันถึง 99.5 % ความแตกต่างในระดับลำดับรหัสพันธุกรรมส่งผลถึงการเปลี่ยนแปลงกรดอะมิโนเพียง 1-2 ตำแหน่งในไวรัสโรคใบหงิก 3 สายพันธุ์จากทั้งหมด 7 สายพันธุ์ ในขณะที่ลำดับรหัสพันธุกรรมและลำดับกรดอะมิโนของจีโนมสายที่ 8 แม้จะพบว่ามีความคล้ายคลึงกันถึง 99 % แต่ส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงกรดอะมิโนจำนวนมากกระจายอยู่ทั่วทั้ง 7 สายพันธุ์ โดยมีอยู่ 2 ตำแหน่งที่เป็นความแตกต่างระหว่างกรดอะมิโนของไวรัสทั้ง 7 สายพันธุ์ที่ค้นพบใหม่ กับของไวรัสที่ได้มีรายงานไว้ 4 ปีก่อนหน้า