การแยกชิ้นดีเอ็นเอด้วยกระแสไฟฟ้าในแผ่นวุ้น (gel electrophoresis) เป็นเครื่องมือที่มีความสำคัญและมีประสิทธิภาพสูงอันหนึ่งในการวิจัยเกี่ยว กับดีเอ็นเอ และในการแยกชิ้นดีเอ็นเอในแผ่นวุ้นนั้น ดีเอ็นเอมาตรฐานเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการเทียบวัดขนาดชิ้นดีเอ็นเอแต่ละชิ้น โดยที่ดีเอ็นเอมาตรฐานที่ใช้กันโดยทั่วไปทุกวันนี้ มีราคาค่อนข้างสูงเนื่องจากเป็นสินค้านำเข้าจากต่างประเทศ แต่ประเทศไทยยังคงต้องนำเข้าวัสดุวิทยาศาสตร์ชนิดนี้อยู่อย่างต่อเนื่อง เนื่องจากไม่มีการผลิตดีเอ็นเอมาตรฐานขึ้นใช้และจำหน่ายเองภายในประเทศ และด้วยปริมาณงานวิจัยด้านต่างๆ ที่เพิ่มมากขึ้นโดยลำดับ ทำให้สามารถคาดประมาณได้ว่า ปริมาณความต้องการดีเอ็นมาตรฐานจะเพิ่มขึ้นไปด้วยเช่นกัน ดังนั้นเพื่อเป็นการบรรเทาปัญหาเหล่านี้ การพัฒนาดีเอ็นเอมาตรฐานขึ้นใช้เอง จึงเป็นแนวทางหนึ่งที่สามารถช่วยลดการพึ่งพาเทคโนโลยีจากต่างประเทศและ ประหยัดงบประมาณการวิจัยได้ ด้วยแนวทางดังกล่าวข้างต้น โครงการวิจัยนี้จึงมีวัตถุประสงค์ที่จะทำการสร้างดีเอ็นเอมาตรฐาน ที่ประกอบไปด้วยชิ้นดีเอ็นเอขนาด 50, 150, 250, 350, 450, 550, 650, 750, 850 และ 950 คู่เบส โดยมีจีโนมไวรัสใบสีส้มสายพันธุ์ชัยนาท เป็นแหล่งต้นแบบสำหรับดีเอ็นเอทั้ง 10 ขนาดดังกล่าว โดยทำการสอดแทรกชิ้นส่วนของจีโนมไวรัสใบสีส้มสายพันธุ์ชัยนาท เข้าไว้ในพลาสมิด pUC18 ซึ่งมีลักษณะเป็น high copy number เพื่อสร้างพลาสมิดลูกผสมที่สามารถนำมาตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ เพื่อให้ได้ชิ้นดีเอ็นเอทั้ง 10 ขนาดดังกล่าวข้างต้น ทั้งนี้การเลือกใช้จีโนมไวรัสใบสีส้มสายพันธุ์ชัยนาท เป็นแหล่งต้นแบบสำหรับการสร้างดีเอ็นเอมาตรฐานนั้น มีพื้นฐานจากข้อได้เปรียบทางด้านโครงสร้างของจีโนมที่มีลักษณะเป็นดีเอ็นเอ เส้นคู่ และตำแหน่งจุดตัดของเอนไซม์ตัดจำเพาะบางตัว อีกทั้งได้มีการเก็บจีโนมไว้ในรูปของ full length genomic clone (pRTBVCN) เป็นที่เรียบร้อยแล้ว อันเป็นผลงานจากโครงการ "ผลกระทบต่อการประกอบตัวของไวรัสใบสีส้มในข้าว อันเนื่องมาจากการเหนี่ยวนำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงลำดับรหัสพันธุกรรม" (บุญญานาถและคณะ, 2543) ด้วยทุนสนับสนุนการวิจัยจากศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ การสร้างดีเอ็นมาตรฐานจากจีโนมไวรัสใบสีส้มสายพันธุ์ชัยนาท (pRTBVCN) จึงเป็นการใช้ประโยชน์ต่อยอดจากผลงานเดิม ที่มีรากฐานจากพันธุกรรมของสายพันธุ์ไวรัสที่พบในประเทศไทย และได้ทำการศึกษาโดยคณะผู้วิจัยไทย ตั้งแต่ขั้นแรกคือการสกัดอนุภาคและจีโนมของไวรัส ตลอดจนถึงการหาและวิเคราะห์ลำดับรหัสพันธุกรรมทั้งหมดของไวรัสใบสีส้ม ซึ่งข้อมูลรหัสพันธุกรรมนี้มีความสำคัญอย่างมากต่อการออกแบบดีเอ็นเอมาตรฐาน ในโครงการนี้