รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2540 ได้บัญญัติให้จัดตั้งองค์กรที่ใช้อำนาจตุลาการที่สำคัญขึ้นใหม่ 2 องค์กร คือ ศาลรัฐธรรมนูญและศาลปกครอง และให้อำนาจศาลรัฐธรรมนูญกำหนดวิธีพิจารณาได้เองในรูปของข้อกำหนดศาลรัฐธรรมนูญว่าด้วยวิธีพิจารณาของศาลรัฐธรรมนูญ ซึ่งต้องกระทำโดยมติเอกฉันท์ของคณะตุลาการศาลรัฐธรรมนูญ สำหรับศาลปกครอง พระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ.2542 ได้บัญญัติให้อำนาจที่ประชุมใหญ่ตุลาการในศาลปกครองสูงสุดออกระเบียบกำหนดหลักเกณฑ์และวิธีการเกี่ยวกับวิธีพิจารณาได้เอง นอกเหนือจากที่บัญญัติไว้ในพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ.2542 ทำให้เกิดปัญหาหลายประการ ทั้งในส่วนที่เกี่ยวกับศาลรัฐธรรมนูญและศาลปกครอง ในส่วนที่เกี่ยวกับศาลรัฐธรรมนูญ การให้อำนาจศาลรัฐธรรมนูญกำหนดวิธีพิจารณาของตนเองนั้น เป็นการขัดต่อหลักการบัญญัติกฎหมายที่โดยหลักแล้วเป็นอำนาจหน้าที่ของรัฐสภาทั้งองค์ประกอบของตุลาการศาลรัฐธรรมนูญในปัจจุบันยังเป็นองค์ประกอบที่ไม่เหมาะสมเนื่องจากรัฐธรรมนูญไม่ได้กำหนดว่าตุลาการต้องเป็นผู้มีความรู้ทางด้านกฎหมายมหาชนและการที่กำหนดให้การออกหรือแก้ไขเพิ่มเติมข้อกำหนดว่าด้วยวิธีพิจารณาของศาลรัฐธรรมนูญต้องกระทำโดยมติเอกฉันท์ ทำให้ไม่อาจออกหรือแก้ไขเพิ่มเติมวิธีพิจารณาได้ในกรณีที่มีตุลาการคนใดคนหนึ่งคัดค้าน ส่วนระบบวิธีพิจารณาไม่ได้มีการแยกออกเป็นวิธีพิจารณาทั่วไปและวิธีพิจารณาเฉพาะคดี ทั้งที่คดีแต่ละประเภทมีลักษณะที่แตกต่างกัน สำหรับปัญหาหลักเกณฑ์ของวิธีพิจารณาคดีรัฐธรรมนูญมีหลายประการ เช่น การที่ศาลรัฐธรรมนูญให้มีการซักค้านกันในการสืบพยานเหมือนในการพิจารณาคดีทั่วไปก็เป็นวิธีพิจารณาที่ไม่เหมาะสม ส่งผลให้การพิสูจน์ความจริงทำได้ไม่เต็มที่ เป็นต้น และข้อกำหนดว่าด้วยวิธีพิจารณาที่ศาลรัฐธรรมนูญออกก็ไม่สอดคล้องกับเจตนารมณ์ของรัฐธรรมนูญและหาได้กำหนดวิธีพิจารณาที่เป็นการรับรองหลักประกันขั้นพื้นฐานของวิธีพิจารณาคดีไม่ ในส่วนที่เกี่ยวกับศาลปกครองนั้น การให้อำนาจศาลปกครองกำหนดวิธีพิจารณาของตนเอง ทำให้ขาดการตรวจสอบระเบียบว่าด้วยวิธีพิจารณาจากสมาชิกวุฒิสภา และทำให้เกิดปัญหาหลักเกณฑ์ของวิธีพิจารณาหลายประการ เช่น หลักเกณฑ์ที่ไม่ชัดเจนเกี่ยวกับการกำหนดวิธีการชั่วคราวก่อนพิพากษาว่ากรณีใดที่ผู้ฟ้องคดีต้องมีคำขอ เป็นต้น จากปัญหาที่กล่าวมานี้ ผู้เขียนจึงขอเสนอให้รัฐสภาซึ่งเป็นองค์กรที่มีหน้าที่บัญญัติกฎหมายและถือเป็นตัวแทนของประชาชน เป็นผู้กำหนดวิธีพิจารณาในส่วนที่เป็นหลักการสำคัญและให้ศาลเป็นผู้กำหนดวิธีพิจารณาในส่วนที่เป็นรายละเอียดเล็กน้อยและเป็นแนวปฏิบัติของศาลเองได้ เพื่อความคล่องตัวในการปฏิบัติหน้าที่ ทั้งนี้ต้องอยู่ในขอบเขตของกฎหมายแม่บทด้วย โดยให้ตราเป็นพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยวิธีพิจารณาของศาลรัฐธรรมนูญในส่วนของศาลรัฐธรรมนูญ และให้มีการแก้ไขพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ.2542 ในส่วนที่เกี่ยวกับศาลปกครอง ข้อเสนอแนะนี้มีเพื่อเป็นแนวทางในการแก้ไขปรับปรุงการให้อำนาจศาลรัฐธรรมนูญและศาลปกครองกำหนดวิธีพิจารณาของตนเองต่อไป