Evaluasi hubungan genetik telah dilakukan pada 40 individu dari 4 populasi kelapa genjah, yaitu Genjah Hijau Jombang (GHJ), Genjah Raja (GRA), Genjah Hijau Nias (GHN), dan Genjah Malabar (GMB) menggunakan penanda RAPD. Dari 9 primer acak 10-mer yang digunakan (diseleksi dari 35 primer acak decamer) dihasilkan 108 pita dan 77% diantaranya merupakan pita polimorfik. Jumlah pita berkisar antara 7 dan 15 pita per primer yang berukuran antara 250-2500 pb. Berdasarkan analisis data biller dari pita RAPD dengan metode UPGMA (Unweighted Pair-Group Method Arithmetic) melalui program NTSYS (Numerical Taxonomy and Multivariate System) versi 1.80, menunjukkan bahwa individu pohon kelapa Genjah mengelompok kedalam populasinya masing-masing. Kemiripan genetik pohon kelapa di dalam populasi GRA relatif lebih dekat dibandingkan di dalam populasi lainnya. Hubungan genetik kelapa antar populasi GHN dan GMB relatif lebih dekat dibandingkan terhadap GID atau GRA Kedekatan jarak geografi tempat asal populasi kelapa Genjah dan kesamaan warna buah tidak menjamin kedekatan hubungan genetik antar populasi kelapa Genjah berdasarkan penanda RAPD. Analisis komponen utama, berhasil melacak pita yang berperan dalam mengelompokkan keempat populasi kelapa Genjah. Pita RAPD OPA-082500, OPA-081250 dan OPC-05550 dapat digunakan untuk membedakan populasi kelapa GID atau GMB dari kelapa GRA dan GHN, sedangkan pita OPA-13300 membedakan populasi kelapa GRA atau GMB dari kelapa GHJ dan GHN. Pita RAPD OPB-08350 dapat digunakan sebagai penanda populasi kelapa GRA yang membedakannya dati ketiga populasi kelapa lainnya.

D0200477