การประทับเวลาไม่สามารถบ่งชี้ได้อย่างแน่ชัดว่า ข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์ที่ได้รับการประทับเวลาถูกสร้างขึ้นหรือแก้ไขครั้งล่าสุดเมื่อใด เนื่องจากการประทับเวลาจะเกิดขึ้นหลังจากเวลาที่ถูกสร้างหรือแก้ไขเสมอ ดังนั้นการประทับเวลาจึงเป็นเรื่องสำคัญ โดยระบบของผู้ให้บริการประทับเวลาในปัจจุบันมีสองวิธี คือ การประทับเวลาแบบไม่เชื่อมต่อกัน และ การประทับเวลาแบบเชื่อมต่อกัน วิธีแรก การประทับเวลาแบบไม่เชื่อมต่อกัน เป็นไปตามมาตรฐาน RFC3161 โดยผู้ขอประทับเวลาจะส่งค่า Hash ของข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์ที่ต้องการประทับไปยังผู้ให้บริการประทับเวลา ผู้ให้บริการประทับเวลาจะเพิ่มเวลา และลงลายมือชื่อดิจิทัลลงข้อมูลดังกล่าว แล้วส่งลายมือชื่อดิจิทัลนั้นซึ่งเรียกว่า Time-Stamp กลับไปยังผู้ขอประทับเวลา การประทับเวลาด้วยวิธีนี้ไม่ซับซ้อน แต่ต้องคำนึงถึงเรื่องความน่าเชื่อถือของผู้ให้บริการประทับเวลา และการใช้งานได้ของกุญแจส่วนตัว (Private Key) ที่ใช้ประทับเวลา จึงต้องมีการประทับเวลาซ้ำก่อนกุญแจที่ใช้ประทับเวลาจะหมดอายุลง อีกวิธีหนึ่งคือ การประทับเวลาแบบเชื่อมต่อกัน ซึ่งใช้คุณสมบัติของค่า Hash ที่ไม่สามารถคำนวณย้อนกลับได้ นำมาใช้เชื่อมต่อ Time-Stamp เมื่อนำค่าดังกล่าวไปเผยแพร่ยังสื่อสาธารณะจะทำให้ไม่สามารถปฏิเสธเวลาที่ออกไปกับ Time-Stamp ได้ เนื่องจาก Time-Stamp ที่ออกไปทุกค่า จะขึ้นอยู่กับค่าที่เผยแพร่ การประทับเวลาแบบนี้ไม่ขึ้นความน่าเชื่อถือของผู้ให้บริการประทับเวลา เนื่องจากไม่สามารถแก้ไขย้อนหลังได้ และไม่ขึ้นกับอายุของใบรับรองของผู้ให้บริการประทับเวลา แต่ขึ้นอยู่กับความปลอดภัยของ Hash Algorithm ที่ใช้ ข้อเสียคือระบบมีความซับซ้อน และปัจจุบันได้มีระบบที่ให้บริการประทับเวลาอยู่หลายระบบ มีทั้งระบบที่ใช้การประทับเวลาแบบไม่เชื่อมต่อกัน และระบบที่ใช้การประทับเวลาแบบเชื่อมต่อกัน ตัวอย่างเช่น OpenTSA เป็นโครงการพัฒนาซอฟต์แวร์แบบโอเพนซอร์สสำหรับการประทับเวลา โดยเป็นการประทับเวลาแบบไม่เชื่อมต่อกัน DigiStamp เป็นผู้ให้บริการประทับเวลา และให้บริการซอฟต์แวร์สำหรับการประทับเวลา โดยเป็นการประทับเวลาแบบไม่เชื่อมต่อกัน Certum เป็นผู้ให้บริการออกใบรับรองแห่งบริษัท Unizeto Technologies S.A. ประเทศโปแลนด์ โดยทำหน้าที่ให้บริการประทับเวลาด้วยซึ่งเป็นการประทับเวลาแบบไม่เชื่อมต่อกัน บริษัท Surety, LLC เป็นผู้ให้บริการประทับเวลาแห่งหนึ่งในประเทศสหรัฐอเมริกา ทำหน้าที่ให้บริการรับจดทะเบียนและประทับเวลาบนข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์แบบเชื่อมต่อกัน และ Cybernetica AS เป็นผู้ให้บริการประทับเวลาของประเทศเอสโตเนีย โดยให้บริการประทับเวลาแบบเชื่อมต่อกัน