การศึกษาหน้าที่ของยีนในพืชดัดแปรพันธุกรรมได้ส่งผลให้เกิดองค์ความรู้ใหม่ๆ ที่เกี่ยวข้องกับกลไกทางชีวเคมีในพืชอย่างมากมาย แต่การจะนำวิธีดังกล่าวมาใช้ให้เกิดประโยชน์อย่างสูงสุดนั้น ปัจจัยพื้นฐานที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนาให้ได้พืชดัดแปรทางพันธุกรรมแต่ละ ชนิดจะต้องถูกพัฒนาให้เกิดขึ้น สำหรับมันสำปะหลังนั้น การศึกษาเพื่อให้ได้โปรโมเตอร์ที่มีความจำเพาะกับการแสดงออกของยีนในเนื้อ เยื่อรากสะสมเป็นสิ่งที่มีความสำคัญในอันดับต้นๆ ในที่นี้ เราได้มุ่งไปที่การศึกษาโปรโมเตอร์ของยีน granule-bound starch synthase (GBSS) ซึ่งเป็นยีนที่มีการแสดงออกอย่างจำเพาะเจาะจงในเนื้อเยื่อที่มีการสะสมแป้ง ในพืชต่างๆหลายชนิด แต่จากข้อมูลของยีนดังกล่าวในมันสำปะหลังมีอยู่อย่างจำกัด เราจึงต้องทำการศึกษาที่ครอบคลุมทั้งการแสดงออกของยีนไปจนถึงการศึกษาบทบาท ของชิ้นส่วนที่ทำหน้าที่เป็นโปรโมเตอร์ของยีน ซึ่งผลที่พบในมันสำปะหลังที่แตกต่างจากที่ได้เคยมีรายงานในพืชชนิดอื่นๆคือ การแสดงออกของยีน GBSS ในเนื้อเยื่อที่สามารถสังเคราะห์แสงได้ เช่น ใบและก้านใบ จะอยู่ในระดับที่สูงกว่าในเนื้อเยื่อรากสะสมอย่างมีนัยสำคัญ ซึ่งจากการศึกษาในที่นี้พบว่า ผลดังกล่าวน่าจะเกิดจากยีนที่มีการแสดงออกในใบมันสำปะหลังมีจำนวนมากกว่าที่ พบในเนื้อเยื่อรากสะสม อย่างไรก็ตาม จากการศึกษา mRNA ที่ได้จากใบมันสำปะหลังทั้ง 2 ชนิด พบว่า mRNA ดังกล่าวมีขนาดที่ใกล้เคียงกัน คือ 2.2 กิโลเบส และยังบรรจุข้อมูลทางพันธุกรรมเพื่อใช้ในการสังเคราะห์โปรตีนที่มีขนาด 67 กิโลดาลตัน จากการคัดแยกชิ้นส่วนที่น่าจะทำหน้าที่เป็นโปรโมเตอร์ของยีน GBSS ในมันสำปะหลัง ด้วยวิธี Inverse PCR พบว่า ชิ้นส่วนที่แยกได้ขนาด 1.2 กิโลเบสมีลำดับเบสตรงกับ TATA box และ cis-acting element ที่เกี่ยวข้องกับการแสดงออกของยีนในพืชหลายส่วนด้วยกัน แต่เนื่องจากระบบที่ใช้ในการถ่ายยีนเข้าสู่มันสำปะหลังพันธุ์ไทยนั้นยังไม่ มีประสิทธิภาพดีเท่าที่ควร การพัฒนาเพื่อให้เกิดมันสำปะหลังดัดแปรพันธุกรรมที่มีการแสดงออกของยีน ?-glucuronidase (GUS) ไม่ประสบความสำเร็จตามที่ได้คาดหมายไว้ในเบื้องต้น นอกจากการศึกษาที่มุ่งไปที่ยีนโดยตรง โครงการนี้ยังนำวิธีทางโปรตีโอมิกส์มาใช้ในการเปรียบเทียบการแสดงออกของ โปรตีนในเนื้อเยื่อรากสะสมของมันสำปะหลังที่ระยะต่างๆ ซึ่งผลที่ได้ทำให้เราสามารถแบ่งโปรตีนในเนื้อเยื่อรากสะสมออกได้เป็น 4 กลุ่ม แต่จากการวิเคราะห์โปรตีนด้วยวิธี Mass spectrometry พบว่าโปรตีนเหล่านี้มีบทบาทในขบวนการทางชีวเคมีที่เกี่ยวข้องกับการดำรงชีพ พื้นฐานของพืช ซึ่งจากการคาดเดาในเบื้องต้น ทางคณะผู้วิจัยยังไม่เห็นประโยชน์ของการศึกษายีนที่เป็นต้นแบบของโปรตีน เหล่านี้ในมันสำปะหลัง