มารดาที่ติดเชื้อไวรัสเอชไอวีมีความชุกในการติดเชื้อไวรัสเฮอร์ปีส์ซิมเพล็กซ์ไทป์ 1 (67.5%) และ ไซโตเมกาโลไวรัส (97.5%) ไม่แตกต่างจากมารดาที่ไม่มีการติดเชื้อไวรัสเอชไอวี (มารดาปกติ 75% และ 100% ตามลำดับ) แต่มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติในการติดเชื้อไวรัสเฮอร์ปีส์ซิมเพล็กซ์ไทป์ 2 (65% vs 35%, p-value = 0.05) จากการเก็บตัวอย่างพลาสมา เม็ดเลือดขาว และปัสสาวะจากทารกแรกคลอด ตรวจหาสารพันธุกรรมของไวรัสเฮอร์ปีส์ซิเพล็ก พบว่าตัวอย่างทั้งสามชนิดให้ผลไม่แตกต่างกันระหว่างมารดาทั้งสองกลุ่ม แต่กรณีไซโตเมกาโลไวรัส ตัวอย่างปัสสาวะ นับเป็นตัวอย่างที่ดีที่สุด เพราะพบความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญ (90.91%, p-value = 0.04) การตรวจจำนวนชนิดตัวอย่างที่เพิ่มขึ้นเป็นการยืนยันการติดเชื้อในทารกแรกคลอดได้เป็นอย่างดี เมื่อคำนวณอัตราติดเชื้อไซโตเมกาโลไวรัสจากมารดาสู่บุตรในครรภ์ พบว่า ระหว่างมารดาที่ติดเชื้อไวรัสเอชไอวีและมารดาปกติมีความแตกต่างกันเลยคิดเป็น 43.50% และ 40% (p-value=1) และอัตราการติดเชื้อไวรัสเฮอร์ปีส์ซิมเพล็กซ์ทั้งสองชนิดจากมารดาสู่บุตรในครรภ์ ก็ไม่พบความแตกต่างเช่นกัน คือ 46.15% และ 33.33% (p-value=0.40) มีข้อน่าสังเกตคือ กลุ่มมารดาสองกลุ่มที่เคยติดเชื้อไวรัสเอชไอวีและกลุ่มมารดาปกติ ที่มารดาเคยมีการติดเชื้อไซโตเมกาโลไวรัสแล้ว และไม่สามารถตรวจพบสารพันธุกรรมของไวรัสในตัวอย่างพลาสมาและหรือเม็ดเลือดขาวในขณะคลอด สามารถพบอัตราการติดเชื้อของไวรัสไซโตเมกาโลไวรัสในทารกแรกคลอดได้ 27.78% และ 27.27% (p-value=1) ไม่แตกต่างกัน เช่นเดียวกับไวรัสเฮอร์ปีส์ซิมเพล็กซ์ เป็นไปได้ว่าในระหว่างการตั้งครรภ์มีการ (reactivation) กลับมาของโรคเป็นระยะๆ เพราะไวรัสทั้งสามนี้มีคุณสมบัติการติดเชื้อแบบหลบซ่อน (latent infection) อย่างไรก็ตามในมารดาที่ติดเชื้อไวรัสเอชไอวีและมีการติดเชื้อครั้งแรกของไวรัสเฮอร์ปีส์ซิมเพล็กซ์ อัตรราการติดเชื้อไวรัสจากมารสู่ทารกคิดเป็น 100% ในขณะที่กลุ่มมารดาปกติที่มีการติดเชื้อครั้งแรกไม่พบมีการติดเชื้อในทารกเลย (0%) เชื่อว่าความสามารถในการพัฒนาภูมิคุ้มกันจำเพาะต่อไวรัสเฮอร์ปีส์ซิมเพล็กซ์แตกต่างกัน