โครงการโบราณคดีบนพื้นที่สูงในอำเภอปางมะผ้า จังหวัดแม่ฮ่องสอน ระยะที่สอง เป็นงานวิจัยเชิงพื้นที่และเป็นโครงการบูรณาการประกอบด้วยโบราณคดี มานุษยวิทยากายภาพ (กระดูกคนและฟัน) วงปีไม้และสิ่งแวดล้อม ชาติ พันธุ์วรรณนาทางโบราณคดี และระบบข้อมูลสารสนเทศภูมิศาสตร์ วัตถุประสงค์ของโครงการ คือ 1) เพื่อวิเคราะห์และสังเคราะห์ข้อมูลต่างๆ ที่ได้รวบรวมจากโครงการวิจัยระยะที่หนึ่ง อย่างละเอียด และลุ่มลึก 2) เพื่อสร้างองค์ความรู้ใหม่ พัฒนาแนวคิดทฤษฎีและวิธีวิทยาของสาขาโบราณคดีมานุษยวิทยากายภาพ วงปีไม้และละอองเรณู 3) เพื่อบูรณาการองค์ความรู้ที่ได้จากผลการวิเคราะห์ข้อมูลของศาสตร์ต่างๆ 4) เพื่อตรวจสอบว่าวัฒนธรรมดั้งเดิม มีลักษณะเป็นอย่างไร และเริ่มเกิดความหลากหลายทางวัฒนธรรมขึ้นเมื่อใด 5) เพื่อศึกษาเปรียบเทียบความเหมือน/ความแตกต่างของ คน วัฒนธรรมและสภาพแวดล้อมระหว่างอดีตกับปัจจุบัน 6) เพื่อนำองค์ความรู้ที่ได้ไปใช้ประโยชน์ในการพัฒนาและเสริมสร้างความเข้มแข็งทางวัฒนธรรมให้กับชุมชนท้องถิ่น ผลการวิจัย คือ 1) วิเคราะห์หลักฐานทางโบราณคดีที่ได้จากการสำรวจและขุดค้นด้วยเทคนิควิธีของแต่ละศาสตร์ 2) ได้สร้างองค์ความรู้ใหม่เกี่ยวกับประวัติศาสตร์วัฒนธรรมของคนบนพื้นที่สูงในอำเภอปางมะผ้า ว่ามีการอยู่อาศัยในพื้นที่ตั้งแต่สมัยไพลสโตซีนตอนปลาย ประมาณ 32,380 ปีมาแล้ว จนกระทั่งปัจจุบัน แสดงให้เห็นว่าพัฒนาการทางสังคมและวัฒนธรรมมีความต่อเนื่อง และยังได้พัฒนาแนวคิดทฤษฎีทางโบราณคดี ตลอดจนประยุกต์ใช้เครื่องมือทางการแพทย์ในการวิเคราะห์งานด้านมานุษยวิทยากายภาพ ซึ่งยังไม่เคยมีการทำมาก่อนในวงการโบราณคดีในประเทศไทย 3) ทำให้บูรณาการองค์ความรู้เกี่ยวกับเรื่องของคน สังคม วัฒนธรรมและสิ่งแวดล้อมโบราณ 4) ทำให้ทราบว่าวัฒนธรรมดั้งเดิมในสมัยไพลสโตซีนตอนปลาย คือ วัฒนธรรมหินกะเทาะ ความหลากหลายทางวัฒนธรรมเริ่มปรากฏในสมัยโฮโลซีนตอนปลาย คือวัฒนธรรมโลงไม้ และสมัยต่อมา 5) ทำให้ทราบว่ามีการเปลี่ยนแปลงของสิ่งแวดล้อมโบราณตั้งแต่สมัยไพลสโตซีนตอนปลาย จนถึงปัจจุบัน ซึ่งเกิดโดยปัจจัยทางธรรมชาติและมนุษย์ นอกจากนี้ยังทราบว่าการเคลื่อนย้ายไปมาภายในพื้นที่นี้มีมาแล้วตั้งแต่ในอดีต ซึ่งก็ทำให้เกิดการผสมผสานทางวัฒนธรรมและชาติพันธุ์เกิดขึ้นและ 6) ผลของงานวิจัยได้นำไปเผยแพร่และใช้ประโยชน์ในแง่การสร้างประวัติศาสตร์ท้องถิ่นและพัฒนาแหล่งโบราณคดีเพื่อการท่องเที่ยวอย่างยั่งยืน โจทย์การวิจัย รูปแบบและพฤติกรรมการเลือกใช้พื้นที่ในภูมิประเทศต่างๆ เป็นสิ่งที่แสดงถึงรูปแบบการตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ในอดีต เป็นความสัมพันธ์ระหว่างมนุษย์ วัฒนธรรมและสิ่งแวดล้อม ซึ่งเกิดจากการปรับตัวให้สอดคล้องกับวิถีชีวิตและสภาพพื้นที่ในแต่ละภูมิประเทศ ดังนั้น การศึกษารูปแบบการใช้พื้นที่ตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ในแต่ละยุคสมัยและวัฒนธรรมจึงน่าจะช่วยให้เข้าใจวิถีชีวิตของมนุษย์ในอดีตได้ดียิ่งขึ้น