ในการกำหนดความผันแปรทางพันธุกรรมภายในสปีซีส์ (intraspecific heterogeneity) ของ ราข้าวแดง Monascus purpureus นั้นได้ศึกษากลุ่มราข้าวแดงที่แยกได้จากข้าวแดงและเต้าหู้ยี้ของ ประเทศในแถบเอเซียที่มีแหล่งกำเนิดต่างภูมิศาสตร์กัน จำนวน 31 ไอโซเลท สามารถพบความผัน แปรดังกล่าวจากการกำหนดกลุ่มการเข้ากันได้ของเส้นใย (MCGs) ได้อย่างน้อย 6 กลุ่ม โดยการ พิจารณาปฏิกริยาการเข้ากันได้ของเส้นใยจำนวน 496 คู่ ทั้งนี้ MCGs สองกลุ่มใหญ่ ประกอบด้วย จำนวนไอโซเลทส่วนใหญ่ที่ใช้ศึกษากลุ่มละ 11 ไอโซเลท ซึ่ง ได้แก่ ราข้าวแดงจากจีน ไต้หวัน ไทย และอินโดนีเซีย ซึ่งรวมทั้งไอโซเลทที่เป็น type culture จาก ATCC ด้วย ถึงสามไอโซเลท คือ ATCC16365, ATCC26264 และ ATCC16427 สำหรับ MCGs อื่นๆ จะเป็นกลุ่มย่อย ซึ่งประกอบ ด้วยไอโซเลทจำนวน 2-3 ไอโซเลท รวมทั้งราข้าวแดงจากญี่ปุ่นจำนวน 2 ไอโซเลท และอีกหนึ่งไอ โซเลทจาก ATCC ราข้าวแดงจากญี่ปุ่นไอโซ เลทหนึ่งจัดอยู่ในกลุ่ม MCG เดียวกับราข้าวแดง ของไทย ส่วนอีกหนึ่งไอโซเลทของญี่ปุ่นจัดอยู่ในกลุ่ม MCG เดียวกับ ATCC16360 ทั้งนี้ทุกไอโซ เลทของราข้าวแดงที่อยู่ในกลุ่ม MCG เดียวกันจะแสดงปฏิกริยาการเข้ากันได้ (compatible reaction) ของเส้นใย ทั้งลักษณะที่เป็น self-self และ noneself-self reactions และมักตรวจพบการ รวมตัวกันของเส้นใย (anastomosis) ได้เสมอ ในทางตรงกันข้ามราที่แสดงปฏิกริยาการเข้ากันไม่ ได้ของเส้นใย (incompatible reactions) จะปรากฎลักษณะของปฏิกริยาที่แตกต่างกันอยู่ 3 แบบ คือ มีการสร้างโคโลนีที่อยู่ใกล้ชิดกันโดยเส้นใยไม่เข้าผสมรวมเป็นโคโลนีเดียวกัน หรือ พบการสร้าง แถบหรือแนวของเส้นใยหนาทึบกั้นระหว่างโคโลนีที่จับคู่กัน ซึ่งในบางไอโซเลทจะพบการสลายตัว ของเส้นใยในโคโลนีที่อยู่ด้านหนึ่งของคู่ที่จับกัน นอกจากนี้ยังพบการสร้างใยอากาศ (aerial mycelia) ประปรายอยู่ระหว่างแนวปฏิกริยาของโคโลนีที่อยู่เผชิญหน้ากัน แต่ไม่พบแนวใสที่ ปราศจากเส้นใยเลย (mycelial free zone) และจากการศึกษาวิจัยนี้ยังพบแนวโน้มในการใช้ nit mutants เพื่อศึกษาวิเคราะห์ vegetative incompatibility (vic หรือ het) gene(s) จากการใช้ heterokaryon complementation test กับ M. purpureus การวิจัยนี้ชี้ให้เห็นว่าราที่ใช้เป็นหัวเชื้อรา ข้าวแดงจากจีนได้นำมาใช้ทั่วไปในประเทศแถบเอเซียนี้นับแต่โบราณ และยังคงใช้กันอยู่ดังที่พบ เห็นได้ในตลาดทั่วไป แต่ราข้าวแดงของญี่ปุ่นจะแตกต่างไปจากราข้าวแดงส่วนใหญ่ที่ใช้ในกระบวน การหมักอาหารอย่างเห็นได้ชัด อาจเนื่องจากมีการคัดเลือกสายพันธุ์ เพื่อใช้ประโยชน์ในการอื่น เช่น เพื่อใช้ในการผลิตสีผสมอาหารจากธรรมชาติ การแลกเปลี่ยนพันธุกรรมของราข้าวแดงนั้นควร เกิดจากการรวมตัวของเส้นใยโดยผ่านกระบวนการ parasexual cycle นอกจากนี้ยังสันนิษฐานว่า แม้ M. purpureus จะเป็น homothallic fungus แต่ความผันแปรทางพันธุกรรมนั้นอาจเกิดจากการ ผสมข้าม (outbreeding) ได้ To investigate genetic variation within species (intraspecific heterogeneity) of M. purpureus isolated from red rice and fermented red soybean cheese (sofu) obtaining from different geographic origins of Asian countries, mycelial compatibility groups (MCGs) of 31 monoconidial isolates of this fungus were determined. At least six MCGs were found based on compatible reactions of either self-self or nonself-self reactions of 496 mycelial pairings. Most of the Thai isolates were in two big MCGs, MCG1 and MCG2. Each of them consisted of 11 isolates including Chinese, Indonesia, Taiwan, and Thai isolates. ATCC16365 and ATCC26264 were in MCG1 while ATCC16427 were in MCG2 with the only one Chinese isolate (T9.1). MCG3 and MCG4 consisted of the rest of Thai isolates. Two Japanese isolates, M20 and M22, were in MCG5 and MCG6, repectively. However, M20 was in the same MCG with some Thai isolates while M22 and ATCC16360 were the only two members of MCG6. At least three kinds of mycelial incompatibility reactions were found at interaction zone of confront colonies; 1) closely forming of mycelial net, 2) sparsely forming of aerial mycelis at antagonistic zone, and 3) thickly forming of mycelial band or strip at interaction zone following by mycelial deterioration of one partner of the pairs. No mycelial free zone was forund in this stydy. Based on this investigation, nit mutants of M. purpureus are possible to be generated on chlorate-amended medium. This allows one to determine vegetative incompatibility (vic or het) gene(s) using heterokaryon complementation test. This research indicated Chinese isolates have been imported and used for red rice production among Asian countries. However, Japanese isolates tend to be different from others due to their different applications, for example, specific selection for color production. Genetic exchange in M. purpureus occurs by hyphal fusion or anatomosis through parasexual cycle. However, it is doubted that genetic variation in M. purpureus, a homothallic fungus, tends to occur by outbreeding.