HIV-1 แบ่งลักษณะทางพันธุกรรมได้หลายกลุ่มย่อยตามความแตกต่างของลำดับยีนส่วน ~ienv~i และ ~igag~i ในประเทศไทยผู้ป่วยที่ติดเชื้อ HIV-1 กลุ่มย่อยอีมีประมาณ 90% ในขณะที่ผู้ป่วยที่ติดเชื้อ HIV-1 กลุ่มย่อยบีมี 10% เนื่องจากพบว่าการเปลี่ยนแปลงยีนของ เอนไซม์โปรติเอสของเชื้อ HIV-1 อาจก่อให้เกิดเชื้อที่ดื้อต่อยาได้ และความไวต่อยาของ เชื้อ HIV-1 กลุ่มย่อยอีต่อยากลุ่มยับยั้งเอนไซม์โปรติเอสยังไม่มีการศึกษามาก่อน ข้อมูล ความหลากหลายของลำดับยีนโปรติเอสของกลุ่มย่อยอีในระดับ ~iin vivo~i จะทำให้ความ เข้าใจของการตอบสนองของเอนไซม์ต่อตัวยับยั้งของเชื้อ HIV-1 กลุ่มย่อยอีชัดเจนขึ้น การ ศึกษาครั้งนี้ได้วิเคราะห์ลำดับสายพันธุกรรมของเอนไซม์โปรติเอส จำนวน 100 สาย จาก ผู้ป่วยคนไทยที่ไม่เคยได้รับยาต้านเชื้อ HIV ชนิดใดๆ มาก่อนจำนวน 10 คน วิธีการทดลอง กล่าวโดยสรุปคือ ใช้เทคนิค polymerase chain reaction ในการเพิ่มปริมาณยีนโปรติเอส จาก DNA ของโปรไวรัสซึ่งแยกได้จากเซลล์เม็ดเลือดขาว จากข้อมูลพบว่าลำดับสายพันธุกรรม ของโปรติเอสกลุ่มย่อยอีมีลักษณะจำเพาะและแตกต่างจากลำดับสายพันธุกรรมของโปรติเอสอ้างอิง ของกลุ่มย่อยบีคือ HIVHXB2CG อย่างชัดเจนใน 8 ตำแหน่งคือ V3I I13V E35D M36I S37N R41K H69K และ L89M ความแปรปรวนของโปรติเอสวิเคราะห์ในผู้ป่วยคนเดียวกันมีลักษณะที่ คล้ายกัน และต่างจากผู้ป่วยคนอื่นๆ ความถี่ของการเปลี่ยนกรดอะมิโนที่ตำแหน่งสำคัญซึ่งสัมพันธ์ กับการดื้อต่อยาต่ำมาก พบเพียง 1 โคลนที่กรดอะมิโนตำแหน่ง 82 เปลี่ยนจาก valine เป็น isoleucine และความถี่ของการเปลี่ยนกรดอะมิโนที่ตำแหน่งซึ่งสัมพันธ์กับการดื้อยารองลงมาคือ ที่ตำแหน่ง 10 36 63 และ 88 พบเพียง 1.18% นอกจากนี้มีการวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอที่อยู่ ส่วนหน้าและส่วนหลังของลำดับยีน PR ซึ่งอยู่ในส่วนตัดระหว่าง p6* กับ PR และ PR กับ RT ตามลำดับ พบว่าความถี่ของการเปลี่ยนลำดับกรดอะมิโนของส่วนหน้าเป็น 45.20% ในขณะที่บริเวณ ส่วนหลังไม่มีการเปลี่ยนแปลงโดยสิ้นเชิง