เมื่อเกิดการปฏิรูปประเทศในสมัยรัชกาลที่ ๕ ที่มุ่งพัฒนาประเทศแบบโลกตะวันตกมีการเปลี่ยนแปลงในระบบการบริหารราชการ อำนาจของส่วนกลางขยายตัวไปสู่ภูมิภาคเพื่อผนวกพื้นที่ต่าง ๆ ที่เคยอยู่นอกอำนาจการปกครองของราชสำนักกรุงเทพฯ ให้เป็นหนึ่งเดียวกัน มีการวางแผนจัดการศึกษาให้แพร่หลายไปทั่วพระราชอาณาจักร ตามประกาศจัดการเล่าเรียนในหัวเมือง พ.ศ. ๒๔๔๑ โดยความรับผิดชอบของสมเด็จพระมหาสมณเจ้ากรมพระยาวชิรญาณวโรส การลงไปจัดการศึกษาในหัวเมือง ทำให้คณะสงฆ์ได้รับรู้แบบแผนธรรมเนียมของการศาสนาในท้องถิ่นที่แตกต่างจากธรรมเนียมแบบแผน และโลกทัศน์ทางศาสนาของราชสำนักและชนชั้นนำ นอกจากนี้การปกครองคณะสงฆ์ที่มีแต่อดีต ยังเป็นไปอย่างไม่เข้มงวด จึงมีการจัดระเบียนการปกครองคณะสงฆ์ใหม่ ให้สอดคล้องกับระบบการปกครองแผ่นดินในระบบมณฑลเทศาภิบาล ด้วยการออกพระราชบัญญัติลักษณะปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ. ๑๒๑(พ.ศ. ๒๔๔๕) ผลการศึกษาพบว่า โดยการออกพระราชบัญญัติลักษณะการปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ. ๑๒๑ทำให้คณะสงฆ์ทั่วพระราชอาณาจักรอยู่ภายใต้แบบแผนการปกครองที่เป็นหนึ่งเดียวกันทำให้คณะสงฆ์ทั่วประเทศได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของระบบราชการ รัฐบาลและคณะสงฆ์ส่วนกลางยังใช้อำนาจที่มีอยู่คอยจัดการให้แบบแผนธรรมเนียมในท้องถิ่น ถูกแทนที่ด้วยแบบแผนธรรมเนียมจากส่วนกลาง ทั้งด้วยการใช้กลไกในการปกครองและการศึกษา ทำให้พุทธศาสนาที่เคยหลากหลายในสังคมไทย เกิดความเป็นเอกภาพ ขณะเดียวกันก็ทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างคณะสงฆ์กับชาวบ้านแปรเปลี่ยนไปด้วย