ไมโครแซเทลไลต์เป็นเครื่องหมายพันธุกรรมที่มีความสำคัญและสามารถนำมาประยุกต์ให้เกิดประโยชน์ต่อการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำและการประมง ในการศึกษานี้ทำการแยกไมโครแซเทลไลต์ที่มีนิวคลีโอไทด์ซ้ำสามและสี่จากห้องสมุดยีน ของกุ้งกุลาดำ 2 แบบคือ ห้องสมุดยีนที่สร้างขึ้นโดยวิธี convention และ enrichment ทำการแยกไมโครแซเทลไลต์จากห้องสมุดยีนที่สร้างขึ้นแบบ convention โดยการไฮบริไดซ์ห้องสมุดยีนที่สร้างขึ้นด้วยตัวติดตามได้แก่ (GAA)(,n), (GATA)(,6), (GGAA)(,5), (CACC)(,5), (CATA)(,6), (TCAG)(,5),(ATG)(,8), (CAT)(,8) จากการหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของโคโลนีที่ได้จากห้องสมุดยีนแบบconvention จำนวน 152 โคโลนี พบไมโครแซเทลไลต์จำนวน 225 ตำแหน่ง เมื่อทำการเปรียบเทียบไมโครแซเทลไลต์ 9 ชนิด ที่ใช้ไฮบริไดซ์ห้องสมุดยีน พบไมโครแซเทลไลต์ชนิด (GAA)(,n)และ (GATA)(,n) เป็นจำนวนมาก จากนั้นทำการสร้างห้องสมุดยีนแบบ enrichment เพื่อคัดเลือกไมโครแซเทลไลต์ชนิด (GAA)(,n) และ (GATA)(,n) จากการหาลำดับเบสของโคโลนีที่ได้จากห้องสมุดยีนแบบ enrichment จำนวน 136 โคโลนี พบไมโครแซเทลไลต์จำนวน169 ตำแหน่ง ชนิดของไมโครแซเทลไลต์ที่พบมากที่สุดเป็นแบบ perfect ทำการออกแบบไพรเมอร์ที่ขนาบข้างไมโครแซเทลไลต์ พบว่าไพรเมอร์ 18 คู่ จากห้องสมุดยีนแบบ convention และ3 คู่จากห้องสมุดยีนแบบ enrichment เมื่อนำมาตรวจสอบยีโนไทป์ของกุ้งกุลาดำ ให้ผลผลิตPCR ที่มีความหลากหลายและมีขนาดอยู่ในช่วงที่คาดหมาย โดยทั่วๆ ไปไมโครแซเทลไลต์ที่แยกได้มีความหลากหลายในระดับสูง พบอัลลีลเฉลี่ยเท่ากับ 17.8 อัลลีล polymorphicinformation content (PIC) เฉลี่ยเท่ากับ 0.82 ค่า observed และ expectedheterozygosity เท่ากับ 0.70 และ 0.84 ตามลำดับ นอกจากนี้ได้ทำการพัฒนาวิธีการวิเคราะห์ไมโครแซเทลไลต์แบบมัลติเพลกซ์ ซึ่งช่วยให้สามารถตรวจสอบยีโนไทป์ของกุ้งได้พร้อมกันทีละหลายตำแหน่ง มัลติเพล็กซ์จำนวน 4 ชุดที่สามารถพัฒนาเพื่อใช้ในการตรวจสอบยีโนไทป์ของกุ้งกุลาดำได้ ประกอบด้วย tetraplex 1 ชุด triplex 2 ชุด และ duplex 1 ชุดทำการตรวจสอบไมโครแซเทลไลต์อัลลีลโดยไม่ใช้สารรังสี โดยนำผลผลิตพีซีอาว์ที่ได้มาแยกขนาดด้วย 8% denaturing polyacrylamide sequencing gel และนำมาย้อมด้วยสารละลายซิลเวอร์ ซึ่งการตรวจสอบไมโครแซเทลไลต์ด้วยการย้อมซิลเวอร์สามารถใช้แทนสารรังสีในการตรวจสอบยีโนไทป์ของกุ้งกุลาดำได้ นอกจากนี้ได้นำเครื่องหมายพันธุกรรมจำนวน10 ตำแหน่ง ตรวจสอบพันธุกรรมของครอบครัวกุ้งกุลาดำที่ใช้ในการสร้างแผนที่จีโนม ข้อมูลผลการตรวจสอบพันธุกรรมที่ได้ถูกนำไปวิเคราะห์ทางสถิติร่วมกับผลการตรวจสอบพันธุกรรมของเครื่องหมายพันธุกรรมชนิด AFLPs เพื่อวิเคราะห์ตำแหน่งบนแผนที่จีโนมของเครื่องหมายพันธุกรรมทั้ง 10 ตำแหน่งนี้ จากการวิเคราะห์พบว่าเครื่องหมายพันธุกรรมจำนวน7 ตำแหน่งสามารถวางบนแผนที่จีโนมได้