วิทยานิพนธ์ฉบับนี้จัดทำขึ้นเพื่อศึกษา ลักษณะกฎหมายว่าด้วยวินัยของข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัย การดำเนินการทางวินัย การลงโทษและการอุทธรณ์โต้แย้งคำสั่งลงโทษทางวินัยของข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัยว่ามีหลักประกันความมั่นคงและเป็นธรรมเพียงพอหรือไม่และเปรียบเทียบกับกฎหมายว่าด้วยวินัยของพนักงานมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐที่ปรับเปลี่ยนจากมหาวิทยาลัยของรัฐซึ่งเป็นส่วนราชการ การดำเนินการทางวินัย การลงโทษ และการอุทธรณ์โต้แย้งคำสั่งลงโทษทางวินัยของพนักงานมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐว่าเหมาะสมหรือไม่ และศึกษาถึงการปรับเปลี่ยนมหาวิทยาลัยของรัฐที่เป็นส่วนราชการ เป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ โดยศึกษาวิเคราะห์เปรียบเทียบการอุทธรณ์โต้แย้งคำสั่งลงโทษทางวินัยของข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัย และการอุทธรณ์โต้แย้งคำสั่งลงโทษทางวินัยของพนักงานมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐเกี่ยวกับการแจ้งสิทธิอุทธรณ์ ระยะเวลาอุทธรณ์ องค์กรวินิจฉัยอุทธรณ์ และผลหลังจากการสั่งอุทธรณ์เพื่อหาแนวทางหรือรูปแบบที่เหมาะสมของการอุทธรณ์โต้แย้งคำสั่งลงโทษของพนักงานมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐเพื่อนำผลที่ได้รับจากการศึกษาวิจัยนี้ไปเป็นแนวทางในการปรับปรุงกฎหมายว่าด้วยวินัยและการอุทธรณ์โต้แย้งคำสั่งลงโทษทางวินัยของพนักงานมหาวิทยาลัย เพื่อรองรับการปรับเปลี่ยนสถานภาพมหาวิทยาลัยของรัฐที่เป็นส่วนราชการเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐให้สอดคล้องกับหลักการกระทำทางปกครองต้องชอบด้วยกฎหมาย และยังสามารถสร้างหลักประกันความมั่นคงให้แก่ข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัยซึ่งต้องเปลี่ยนสถานภาพเป็นพนักงานมหาวิทยาลัยในอนาคต โดยในส่วนที่ส่งผลกระทบต่อพนักงานมหาวิทยาลัยก็คือการแจ้งสิทธิอุทธรณ์ ระยะเวลาอุทธรณ์องค์กรวินิจฉัย และผลหลังจากการสั่งอุทธรณ์ ผู้วิจัย จึงมีความเห็นว่าควรกำหนดให้มีกฎหมายกลางที่วางหลักให้มีการแต่งตั้งองค์กรวินิจฉัยอุทธรณ์โต้แย้งคำสั่งลงโทษทางวินัยโดยต้องเป็นองค์กรกลางภายในมหาวิทยาลัยที่มีความเป็นอิสระไม่อยู่ภายใต้อำนาจบังคับบัญชาของบุคคลใด เพื่อให้มีความเป็นอิสระและสามารถทำหน้าที่พิจารณาวินิจฉัยอุทธรณ์ได้อย่างอิสระสามารถแสดงความคิดเห็นในการพิจารณาวินิจฉัยอุทธรณ์ได้โดยปราศจากการชี้นำของเจ้าหน้าที่ของรัฐอันจะส่งผลดีต่อการพิจารณาวินิจฉัยอุทธรณ์และควรกำหนดให้องค์ประกอบขององค์กรวินิจฉัยส่วนใหญ่มาจากบุคคลภายนอกมหาวิทยาลัยเพื่อให้เกิดความโปร่งใสและเป็นธรรม เนื่องจากผู้พิจารณาวินิจฉัยเป็นผู้ไม่มีส่วนได้ส่วนเสียในการวินิจฉัยอุทธรณ์โดยกำหนดให้สภามหาวิทยาลัยเป็นผู้มีอำนาจแต่งตั้งองค์กรวินิจฉัยนี้ขึ้นภายในมหาวิทยาลัย นอกจากนี้ควรจะได้มีการจัดให้มีหน่วยงานกลางในการรับเรื่องอุทธรณ์เพื่อทำหน้าที่แนะนำผู้อุทธรณ์เกี่ยวกับวิธีการดำเนินการไปจนถึงการฟ้องคดีต่อศาลปกครอง