การศึกษาครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อหาแนวทางการจัดเก็บค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสียจากประชาชน เนื่องจากกรุงเทพมหานครยังไม่สามารถออกข้อบัญญัติเฉพาะเกี่ยวกับการจัดเก็บค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสีย ซึ่งเป็นผลจากความล่าช้าในการตีความข้อกฎหมายที่เกี่ยวข้องซึ่งมีอยู่ด้วยกันหลายฉบับและซ้ำซ้อน และจากประสบการณ์ในการเก็บค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสียของเมืองพัทยาและเทศบาลป่าตอง และการเก็บค่าธรรมเนียมเก็บขนขยะของกรุงเทพมหานคร พบว่า การเก็บค่าธรรมเนียมอย่างมีประสิทธิผลจะขึ้นอยู่กับการมีรูปแบบการจัดเก็บที่เหมาะสม ซึ่งประกอบด้วย อัตราค่าธรรมเนียมที่เหมาะสม นั้นคือ สอดคล้องกับค่าใช้จ่ายในการเดินระบบและบำรุงรักษา และการมีหน่วยงานจัดเก็บค่าธรรมเนียมที่มีประสิทธิภาพ นั่นคือ สามารถจัดเก็บได้ครอบคลุมครัวเรือนจำนวนมาก มีค่าใช้จ่ายในการบริหารจัดการต่ำ และสามารถจัดเก็บรายได้เพียงพออย่างน้อยกับค่าใช้จ่ายในการเดินระบบและบำรุงรักษา กรุงเทพมหานครมีนโยบายที่จะเก็บค่าธรรมเนียมในอัตรา 2 บาทต่อน้ำเสีย 1ลบ.ม. จากประชาชนในพื้นที่ที่โรงบำบัดน้ำเสียสี่พระยา กรุงรัตนโกสินทร์ และช่องนนทรีเดินระบบอยู่ โดยต้นทุนในการเดินระบบและบำรุงรักษาจากโรงบำบัดน้ำเสีย 3แห่งเฉลี่ยเท่ากับ 1.97 บาทต่อ ลบ.ม. ซึ่งเป็นอัตราที่เหมาะสมเพราะสอดคล้องกับค่าใช้จ่ายในการเดินระบบและบำรุงรักษา สำหรับหน่วยงานที่เหมาะสมในการจัดเก็บค่าธรรมเนียม จากการเปรียบเทียบกรณีที่กรุงเทพมหานครจัดเก็บเอง โดยแบ่งออกเป็นการจัดส่งพนักงานออกจัดเก็บค่าธรรมเนียมตามบ้านเรือน และการให้ประชาชนเดินทางมาชำระค่าธรรมเนียมที่เขต และกรณีที่การประปานครหลวงเป็นผู้รับผิดชอบ พบว่าการประปานครหลวงเป็นผู้รับผิดชอบโดยการจัดทำใบแจ้งหนี้ค่าน้ำเสียร่วมกับค่าน้ำประปาเป็นวิธีที่เหมาะสมมากที่สุด เพราะสามารถจัดเก็บได้ครอบคลุมผู้ใช้น้ำถึงร้อยละ98.46 มากกว่ากรณีที่กรุงเทพมหานครรับผิดชอบ และสามารถจัดเก็บรายได้ครอบคลุมค่าใช้จ่ายในการเดินระบบและค่าใช้จ่ายในการบริหารจัดการ โดยมีรายได้สุทธิ 347,876.11 บาทต่อเดือนในขณะที่กรุงเทพมหานครจัดเก็บรายได้ต่ำกว่าค่าใช้จ่ายในการเดินระบบ อีกทั้งการประปานครหลวงมีค่าใช้จ่ายในการบริหารจัดการและการจัดเก็บค่าธรรมเนียมต่ำกว่ากรณีที่กรุงเทพมหานครเป็นผู้รับผิดชอบ ดังนั้น กรุงเทพมหานครควรขอความร่วมมือจากการประปานครหลวงในการจัดเก็บค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสีย อย่างไรก็ตามจะมีข้อจำกัดสำหรับครัวเรือนที่อยู่ในพื้นที่บำบัดน้ำเสียแต่ไม่ได้ใช้น้ำประปานครหลวงจะไม่สามารถจัดเก็บค่าธรรมเนียมได้ ดังนั้นกรุงเทพมหานครควรจัดเก็บจากกลุ่มนี้เอง