แบคทีเรียเป็นสาเหตุสำคัญที่ทำให้คุณภาพน้ำนมเกิดการเปลี่ยนแปลง ดังนั้นการสำรวจแบคทีเรียในน้ำนมตั้งแต่ฟาร์มถึงการกระจายผลิตภัณฑ์ สามารถใช้เป็นข้อมูลในการพัฒนาคุณภาพนมในประเทศต่อไป จากการสำรวจและเก็บตัวอย่างน้ำนมจากสหกรณ์โคนมในจังหวัดต่าง ๆ 3 แห่ง ได้แก่ สหกรณ์โคนมนครปฐม จ.นครปฐม สหกรณ์โคนมวังน้ำเย็น จ.สระแก้ว และสหกรณ์โคนม บ้านบึง จ.ชลบุรี พบว่าจำนวนแบคทีเรียทั้งหมดในน้ำนมดิบ ที่เกษตรกรนำส่งของสหกรณ์ฯ ส่วนใหญ่เกินค่ามาตรฐานน้ำนมดิบของกระทรวงสาธารณสุข 400,000 โคโลนี/มิลลิลิตร และจำนวนแบคทีเรียจะเพิ่มขึ้นตามขั้นตอนการเก็บรักษาก่อนเข้ากระบวนการพาสเจอไรซ์ เมื่อผ่านกระบวนการพาสเจอไรซ์แล้ว แบคทีเรียทั้งหมดจะลดลงเหลือประมาณ 100 โคโลนี/มิลลิลิตรและมีจำนวนเพิ่มขึ้นเล็กน้อยจนถึงการกระจายผลิตภัณฑ์ ซึ่งจำนวนแบคทีเรียดังกล่าวก็ยังต่ำกว่าค่ามาตรฐานของกระทรวงสาธารณสุข ส่วนปริมาณแบคทีเรียโคลิฟอร์มและอีโคไล พบเฉพาะในขั้นตอนก่อนการพาสเจอไรซ์ สำหรับแบคทีเรียทนร้อน มีค่าเฉลี่ยประมาณ 50 โคโลนี/มิลลิลิตรในทุกขั้นตอนการเก็บตัวอย่าง และเมื่อสุ่มโคโลนีแบคทีเรียจาก Aerobic plate count และจากพวก Thermoduric bacterial count มา 25 โคโลนีในทุกตัวอย่าง เพื่อทดสอบความสามารถในการย่อยโปรตีน ย่อยไขมันและสร้างกรด พบว่า แบคทีเรียกลุ่มที่สามารถย่อยโปรตีนและกลุ่มที่ย่อยไขมันจะมีมากกว่า 50% ของแบคทีเรียทั้งหมด ส่วนกลุ่มที่สร้างกรดได้มีน้อยมากและไม่ทนร้อน