| ชื่อเรื่อง | : | การพัฒนาฐานข้อมูลและโครงสร้างพื้นฐานสำหรับการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างไมโครอาร์เอ็นเอและโปรโมเตอร์จีโนมมนุษย์ |
| นักวิจัย | : | จิตติมา พิริยะพงศา |
| คำค้น | : | Database , human , microRNA , promoter target site , ฐานข้อมูล , ตำแหน่งเป้าหมายบนยีนโปรโมเตอร์ , มนุษย์ , ไมโครอาร์เอ็นเอ |
| หน่วยงาน | : | สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย |
| ผู้ร่วมงาน | : | - |
| ปีพิมพ์ | : | 2557 |
| อ้างอิง | : | http://elibrary.trf.or.th/project_content.asp?PJID=TRG5580011 , http://research.trf.or.th/node/8834 |
| ที่มา | : | - |
| ความเชี่ยวชาญ | : | - |
| ความสัมพันธ์ | : | - |
| ขอบเขตของเนื้อหา | : | - |
| บทคัดย่อ/คำอธิบาย | : | งานวิจัยนี้มุ่งเน้นการจัดตั้งฐานข้อมูลสำหรับการศึกษาวิจัยด้านกลไกที่พบใหม่ของ ไมโครอาร์เอ็นเอ ในการควบคุมการแสดงออกของยีนผ่านการจับกับตำแหน่งเป้าหมายบนยีน โปรโมเตอร์ คณะผู้วิจัยได้พัฒนาฐานข้อมูลสาธารณะในรูปแบบเว็บไซต์ที่ชื่อว่า microPIR (microRNA-Promoter Interaction Resource) ซึ่งแสดงข้อมูลตำแหน่งเป้าหมายของไมโคร อาร์เอ็นเอที่อยู่บนลำดับเบสโปรโมเตอร์ทั่วจีโนมมนุษย์ ที่ได้มาจากการทำนายด้วยวิธีทาง คอมพิวเตอร์โดยอาศัยข้อมูลการทดลองที่มีมาก่อนในการสร้างกฎการทำนาย รวมทั้งได้รวมเอา ข้อมูลการทดลองอื่นๆที่เกี่ยวข้องเข้าไว้ในฐานข้อมูล เพื่อเป็นข้อมูลสนับสนุนให้นักวิจัยสามารถ ประเมินคุณภาพและพิจารณาเลือกตำแหน่งเป้าหมายที่น่าสนใจได้ นอกจากนี้ ยังได้เชื่อมโยง ข้อมูลจีโนมต่างๆที่สำคัญจำนวนมากมาไว้ด้วยกัน เพื่อให้ผู้ใช้สามารถศึกษาความสัมพันธ์ ระหว่างตำแหน่งเป้าหมายที่ได้จากการทำนายและคุณลักษณะจีโนมอื่นๆ ระบบฐานข้อมูลยัง ประกอบไปด้วยการแสดงผลในรูปแบบกราฟิกผ่านจีโนมเบราว์เซอร์ในตัว ซึ่งสามารถให้บริการ มุมมองที่ครอบคลุมข้อมูลที่มีหลายมิติในจีโนมบริเวณเดียวกัน ลักษณะทั้งหมดนี้ทำให้ฐานข้อ มูล microPIR ถือได้ว่าเป็นคลังข้อมูลแบบบูรณาการแหล่งแรกของข้อมูลตำแหน่งเป้าหมายของ ไมโครอาร์เอ็นเอบนลำดับเบสโปรโมเตอร์ ฐานข้อมูลนี้เป็นแหล่งข้อมูลที่มีประโยชน์ซึ่งสามารถ ส่งเสริมแนวคิดในการพัฒนาเทคนิคใหม่ในการรักษาโรค ผ่านการควบคุมการแสดงออกของยีน ที่เกี่ยวข้องกับการเกิดโรคดังกล่าวได้ในอนาคต และยังเป็นองค์ความรู้ที่สามารถนำมาใช้ในการ ระบุกลไกทางชีววิทยาที่ไม่ทราบแน่ชัดที่ส่งผลต่อลักษณะฟีโนไทป์ของมนุษย์ นอกจากนี้ การ คัดกรองตำแหน่งเป้าหมายที่ตรงกับความสนใจของนักวิจัยแต่ละคนโดยใช้ฐานข้อมูลนี้ก่อนการ ศึกษาเชิงลึก ยังสามารถช่วยลดเวลาและค่าใช้จ่าย รวมทั้งเพิ่มโอกาสความสำเร็จในการ ดำเนินงานวิจัย ฐานข้อมูล microPIR เปิดให้ใช้งานได้ฟรีที่ http://www4a.biotec.or.th/micropir ปัจจุบันอยู่ในระหว่างการพัฒนาฐานข้อมูลเวอร์ชั่นใหม่ ซึ่งรวมเอาข้อมูลตำแหน่งเป้าหมายใน จีโนมหนูและโมดูลการเปรียบเทียบตำแหน่งเป้าหมายระหว่างจีโนมมนุษย์และหนูไว้ด้วย This research focused on the construction of an integrated database to facilitate the exploration of a novel microRNA regulatory mechanism through promoter targeting. We developed an open-access web-based database hosting predicted microRNA target sites located within human promoter sequences and their associated genomic features, called microPIR (microRNA-Promoter Interaction Resource). A computational method was used to identify all potential target sites based on the prediction rules created from the previously reported experimental information. Various experimentally confirmed data are presented as supporting information for researchers to appraise the quality of predicted target sites. The database integrates considerable resources of annotated genomic data offering users the facility to extensively explore relationships among target sites and other genomic features. The system is also equipped with the built-in genome browser, which provides a comprehensive view of multidimensional genomic data. All these features make the microPIR database the first comprehensive repository of microRNA promoter target site information. This database could be a valuable resource which provides insights into currently uncharacterized mechanisms for some observed phenotypes and the development of a novel therapeutic technique for various diseases through controlling the expression of disease-associated target genes. The customizable filtering tool assists scientists to identify good target candidates that fit with their interest, thus saving tremendous amount of time and expenses and facilitating the success of experimental validation. The database is freely available at http://www4a.biotec.or.th/micropir. The new version of microPIR, which includes the target information for mouse genome and the comparative features of human-mouse target sites, is in development. |
| บรรณานุกรม | : |
จิตติมา พิริยะพงศา . (2557). การพัฒนาฐานข้อมูลและโครงสร้างพื้นฐานสำหรับการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างไมโครอาร์เอ็นเอและโปรโมเตอร์จีโนมมนุษย์.
กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย. จิตติมา พิริยะพงศา . 2557. "การพัฒนาฐานข้อมูลและโครงสร้างพื้นฐานสำหรับการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างไมโครอาร์เอ็นเอและโปรโมเตอร์จีโนมมนุษย์".
กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย. จิตติมา พิริยะพงศา . "การพัฒนาฐานข้อมูลและโครงสร้างพื้นฐานสำหรับการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างไมโครอาร์เอ็นเอและโปรโมเตอร์จีโนมมนุษย์."
กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย, 2557. Print. จิตติมา พิริยะพงศา . การพัฒนาฐานข้อมูลและโครงสร้างพื้นฐานสำหรับการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างไมโครอาร์เอ็นเอและโปรโมเตอร์จีโนมมนุษย์. กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย; 2557.
|
