ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

การวิเคราะห์ทางอณูพันธุศาสตร์ที่ปรับปรุงใหม่สำหรับยีนที่เป็นสาเหตุของโรคไตเป็นถุงน้ำชนิด autosomal dominant (ADPKD): วิธีตรวจที่มีประสิทธิภาพโดยใช้ denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC)

หน่วยงาน สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : การวิเคราะห์ทางอณูพันธุศาสตร์ที่ปรับปรุงใหม่สำหรับยีนที่เป็นสาเหตุของโรคไตเป็นถุงน้ำชนิด autosomal dominant (ADPKD): วิธีตรวจที่มีประสิทธิภาพโดยใช้ denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC)
นักวิจัย : วรรณา ทองนพคุณ
คำค้น : ADPKD , autosomal dominant polycystic kidney disease , DHPLC , PKD1 , PKD2
หน่วยงาน : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2557
อ้างอิง : http://elibrary.trf.or.th/project_content.asp?PJID=RMU5180045 , http://research.trf.or.th/node/8697
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

โรคไตเป็นถุงน้าชนิด ADPKD เป็นโรคพันธุกรรมที่คุกคามชีวิตซึ่งพบได้บ่อยที่สุดโรคหนึ่งในประชากรทั่วโลก เกิดจากการกลายพันธุ์ที่ยีน PKD1 หรือ PKD2 ร้อยละ 85 และ 15 ตามลาดับ การตรวจยีนทั้งสองต้องทาให้ครบตลอดทั้งยีนก่อนที่จะสรุปผลได้ จึงทาให้เป็นงานที่ต้องใช้เวลามาก ต้องอาศัยเทคนิคอย่างสูงและค่าใช้จ่ายแพง งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาชนิดและอุบัติการณ์ของการกลายพันธุ์ในยีน PKD1 และ PKD2 ในผู้ป่วยโรค ADPKD ในประเทศไทย โดยประยุกต์ใช้เทคนิคที่มีประสิทธิภาพสูงคือ denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC) เพื่อพัฒนาแนวทางและวิธีการที่ได้มาตรฐาน คุ้มค่า เหมาะสมกับสภาวะของผู้ป่วยไทย โดยใช้ตัวอย่างเลือดจากผู้ป่วยโรค ADPKD รวม 70 ครอบครัวที่ไม่ได้เกี่ยวข้องเป็นญาติกัน การศึกษานี้ครอบคลุมบริเวณสาคัญทั้งหมดของยีนทั้งสอง รวมใช้ primer ทั้งสิ้น 78 คู่ เป็น primer สาหรับยีน PKD1 จานวน 61 คู่ (long-range PCR จานวน 2 คู่ และ nested PCR จานวน 59 คู่) และ primer สาหรับยีน PKD2 จานวน 17 คู่ โดยเลือกใช้อุณหภูมิที่เหมาะสมต่อการเกิด partial denaturation ของแต่ละ amplicon ในเครื่อง DHPLC สาหรับวิเคราะห์หาการกลายพันธุ์ด้วยการเลือกลักษณะ peak ที่ผิดปกติออกมาเพื่อตรวจยืนยันด้วย DNA sequencing ผลการวิจัยพบข้อมูลการกลายพันธุ์ในยีนทั้งสองที่มีความหลากหลายมาก และแต่ละชนิดมักพบในครอบครัวเดียวเป็นส่วนใหญ่ ในส่วนของยีน PKD1 มีการกลายพันธุ์ที่เป็นข้อมูลค้นพบใหม่ จานวน 35 ชนิด (ซึ่งเป็น definite mutations 15 ชนิด) กับที่เคยมีรายงานแล้วอีก 11 ชนิด รวมเป็น 46 ชนิด ส่วนของยีน PKD2 มีการกลายพันธุ์ที่พบใหม่จานวน 5 ชนิด (เป็น definite mutation 2 ชนิด) กับที่เคยรายงานแล้วอีก 5 ชนิด รวมเป็น 10 ชนิด ซึ่งนับเป็นรายงานการตรวจพบการกลายพันธุ์ในยีน PKD2 เป็นครั้งแรกของประชากรชาวไทยซึ่งพบถึงร้อยละ 25.0(16/64) ของการกลายพันธุ์ที่พบทั้งหมด อย่างไรก็ตาม การค้นพบ missense variants จานวนมากในงานวิจัยนี้ยังคงต้องการการตรวจสอบเพิ่มเติมว่าเป็นสาเหตุของโรคจริงหรือไม่ ส่วนในผู้ป่วยที่ยังตรวจไม่พบการกลายพันธุ์ใดๆ อาจเป็นเพราะมี large deletions หรือ points mutations ในบริเวณที่การตรวจครั้งนี้ครอบคลุมไปไม่ถึง ข้อมูลผลงานวิจัยที่ได้จะได้เสนอเข้าไปสมทบกับฐานข้อมูลสากล ADPKD mutation database ต่อไป เพื่อขยายขอบเขตของฐานข้อมูลให้กว้างขวางครอบคลุมกลุ่มประชากรโลกเพิ่มขึ้น และยังได้นาไปใช้ประโยชน์ทางการแพทย์ และการให้คาปรึกษาแนะนาทางพันธุศาสตร์ต่อไป จากงานวิจัยนี้ประเมินได้ว่า DHPLC เป็นเทคนิคที่มีประสิทธิภาพสูง มีความไว เชื่อถือได้ ได้มาตรฐาน คุ้มค่า มีอัตราการตรวจพบการกลายพันธุ์อยู่ที่ประมาณร้อยละ 91.4 (64/70) โดยที่เป็น definite mutation ถึงร้อยละ 54.3 (38/70) และเป็น indeterminate variant ร้อยละ 37.1 (26/70) จึงนับเป็นเครื่องมือที่มีสมรรถนะสูงในการใช้สาหรับตรวจวินิจฉัยทางอณูพันธุศาสตร์ของโรค ADPKD ซึ่งสมควรนามาใช้จริงในงานบริการทางการแพทย์ อย่างไรก็ดี แนวทางและวิธีการตรวจวิเคราะห์ทั้งสองยีนนี้ยังสามารถพัฒนาให้ดียิ่งขึ้นได้อีกในอนาคต โดยอาศัยเทคนิคอื่นมาช่วยประกอบ เพื่อช่วยลดเวลาและแรงงานในการตรวจวิเคราะห์ลงได้อีก Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is one of the most common life-threatening disorder caused by mutations in PKD1 and PKD2 genes which are responsible for about 85% and 15% of all ADPKD cases, recpectively. Complete mutation analysis in both genes must be performed before giving a definite diagnosis. This makes identification of PKD1 and PKD2 mutations time consuming, technically demanding and expensive. This study aimed to apply the efficient technique, denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC) to develop the standard and cost-effective strategy and method which are appropriate for Thai population via mutation screening in blood samples obtained from 70 unrelated ADPKD patients. The experimental design covers all coding sequences of PKD1 and PKD2 comprising a total of 78 amplicons (of which 61 in PKD1: 2 long-range PCR and 59 nested PCR, and 17 PCR amplicons in PKD2). A range of optimum temperatures for partial fragment denaturation of each amplicon in DHPLC system was used in the mutation analysis. Mutations were identified by their distinct elution peak patterns (non-wild-type profiles) on the chromatogram and were confirmed by DNA sequencing. Heterogeneous mutations in both genes were identified, most of them were found in a single family. For PKD1 mutations, 35 out of 46 were novel (of which 15 were definite), while the rest 11 were reported. For PKD2 mutations, 5 out of 10 were novel (of which 2 were definite), while the rest 5 were reported. This study is the first report for PKD2 mutations in Thai population which account for 25.0% 25.0%25.0% (16/64) of all identified mutations. However, a large number of missense variants found in this study requires more approval whether they were pathogenic. In the patients whose mutations could not be identified, the causative changes might be large deletions or points mutations located in regulatory elements and/or intronic regions distant from the coding region that are not covered by the test. The mutation data from this project will be submitted to the ADPKD mutation database to extend the database for more ethnic groups and further used in clinical practice as well as for genetic counseling. DHPLC technique was evaluated to be efficient, sensitive, reliable, standard, cost-effective and having a high mutation detection rate of 91.4% (64/70), of which 54.3% (38/70) were definite mutations and 37.1% (26/70) were indeterminate variants, thus being a powerful method for molecular diagnosis of ADPKD that should be implemented as a routine test for proper clinical care. Nevertheless, the strategy and method for mutation detection of PKD1 and PKD2 could be better developed in the future by any modified techniques to save the time and labor of the genetic testing.

บรรณานุกรม :
วรรณา ทองนพคุณ . (2557). การวิเคราะห์ทางอณูพันธุศาสตร์ที่ปรับปรุงใหม่สำหรับยีนที่เป็นสาเหตุของโรคไตเป็นถุงน้ำชนิด autosomal dominant (ADPKD): วิธีตรวจที่มีประสิทธิภาพโดยใช้ denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC).
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย.
วรรณา ทองนพคุณ . 2557. "การวิเคราะห์ทางอณูพันธุศาสตร์ที่ปรับปรุงใหม่สำหรับยีนที่เป็นสาเหตุของโรคไตเป็นถุงน้ำชนิด autosomal dominant (ADPKD): วิธีตรวจที่มีประสิทธิภาพโดยใช้ denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC)".
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย.
วรรณา ทองนพคุณ . "การวิเคราะห์ทางอณูพันธุศาสตร์ที่ปรับปรุงใหม่สำหรับยีนที่เป็นสาเหตุของโรคไตเป็นถุงน้ำชนิด autosomal dominant (ADPKD): วิธีตรวจที่มีประสิทธิภาพโดยใช้ denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC)."
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย, 2557. Print.
วรรณา ทองนพคุณ . การวิเคราะห์ทางอณูพันธุศาสตร์ที่ปรับปรุงใหม่สำหรับยีนที่เป็นสาเหตุของโรคไตเป็นถุงน้ำชนิด autosomal dominant (ADPKD): วิธีตรวจที่มีประสิทธิภาพโดยใช้ denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC). กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย; 2557.