วัตถุประสงค์ในการศึกษาครั้งนี้ เพื่อค้นหาและพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลดีเอ็นเอสำหรับบ่งชี้ลักษณะประจำพันธุ์ของไก่ประดู่หางดำ เทคนิค Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) ถูกนำมาใช้ค้นหาเครื่องหมายโมเลกุลที่มีความสัมพันธ์กับไก่ประดู่หางดำ นอกจากนั้นเครื่องหมายโมเลกุล single nucleotide polymorphisms (SNPs) บนยีน MC1R ของไก่ประดู่หางดำถูกวิเคราะห์เปรียบเทียบกับไก่เหลืองขาว ไก่แดงและไก่ชี พบว่าเครื่องหมายโมเลกุล AFLP ที่มีความสัมพันธ์กับไก่ประดู่หางดำ เหลืองหางขาว แดง และชี มีจำนวนรวม 65 เครื่องหมาย สำหรับเครื่องหมายโมเลกุล SNPs บนยีน MC1R มีความผันแปรทางพันธุกรรมระหว่างไก่ทั้ง 4 สายพันธุ์ มีจำนวน 8 ตำแหน่ง ประกอบด้วย c.69C>T, c.212C>T, c.274A>G, c.314T>C,c.573T>C, c.636G>A, c.829T>A และ g.1259T>C ตามลำดับ จากเครื่องหมายโมเลกุล AFLP และ MC1R สามารถพัฒนาเป็นเครื่องหมายโมเลกุลอย่างง่ายได้จำนวน 27 และ 3 เครื่องหมายตามลำดับ โดยเครื่องหมายโมเลกุลเหล่านี้ ถูกนำไปใช้สำหรับวิเคราะห์จีโนไทป์ และศึกษาความสัมพันธ์กับไก่พันธุ์พื้นเมืองไทย พบว่าเครื่องหมายโมเลกุลดีเอ็นเอที่มีความสัมพันธ์กับไก่ประดู่หางดำ มีจำนวน 9 เครื่องหมาย ในขณะที่เครื่องหมายโมเลกุลที่มีความสัมพันธ์กับพันธุ์ไก่เหลืองหางขาว ไก่แดง และชี มีจำนวน 9, 8 และ 11 เครื่องหมาย ตามลำดับและเครื่องหมายโมเลกุลเหล่านี้ถูกนำไปสร้างสมการสำหรับทำนายพันธุ์ไก่ด้วยวิธี logistic regression พบว่าสามารถจำแนกไก่พื้นเมืองจำนวน 400 ตัว ออกจากกันได้ถูกต้องประมาณ 85-94 เปอร์เซ็นต์ โดยสามารถทำนายไก่พันธุ์ประดู่หางดำได้ถูกต้อง 89.97 เปอร์เซ็นต์ สำหรับไก่เหลืองหางขาว ไก่แดง และชี สมการสามารถทำนายได้ถูกต้อง มีค่าเท่ากับ 89.05, 93.75 และ 85.34 เปอร์เซ็นต์ ตามลำดับ ผลการศึกษาในครั้งนี้แสดงให้เห็นว่า เครื่องหมายโมเลกุล AFLP และ MC1R มีความสัมพันธ์กับศักยภาพต่อการบ่งชี้พันธุ์ไก่ประดู่หางดำนอกจากนี้เครื่องหมายโมเลกุลดังกล่าวยังสามารถจำแนกไก่เหลืองขาว ไก่แดง และไก่ชี ออกจากกันได้