วัตถุประสงค์ของการศึกษานี้ เพื่อค้นหาเครื่องหมายโมเลกุลโปรตีน สำหรับบ่งชี้ลักษณะเนื้อนุ่ม รวมถึง ศึกษาความสัมพันธ์ของเครื่องหมายโมเลกุลดีเอ็นเอ กับลักษณะคุณภาพเนื้อในไก่ไทยพันธุ์ลูกผสม ผลการ วิเคราะห์โปรติโอมิกส์ในกล้ามเนื้อไก่ พบเครื่องหมายโมเลกุลโปรตีน ที่มีความสัมพันธ์กับลักษณะความนุ่ม และ ความสามารถในการอุ้มน้ำ (water holding capacity, WHC) ของเนื้อไก่ไทยพันธุ์ลูกผสม จำนวน 6 เครื่องหมาย ประกอบด้วย PKM2, PGK1, M-CK, TPMb, GAPDH และ PGAM1 โดยไก่ที่มีเนื้อนุ่ม มีระดับการ แสดงออกของโปรตีน PKM2, PGK1, M-CK, GAPDH และ PGAM1 สูงกว่าไก่ที่มีเนื้อเหนียว ในขณะที่ไก่ที่มีเนื้อ เหนียว มีระดับการแสดงออกของโปรตีน TPMb สูงกว่าไก่ที่มีเนื้อนุ่ม อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (p<0.05) สำหรับไก่ที่มีความสามารถในการอุ้มน้ำของเนื้อได้สูงนั้น มีระดับการแสดงออกของโปรตีน M-CK สูงกว่าไก่ที่มี ความสามารถในการอุ้มน้ำของเนื้อได้ต่ำ การแสดงออกของยีน PKM2, PGK1, M-CK, และ PGAM1 ไม่มี ความสัมพันธ์กับระดับการแสดงออกของโปรตีนเป้าหมาย ในขณะที่การแสดงออกของยีนและโปรตีน TPMb มี ความสัมพันธ์เชิงบวกต่อกัน (r=0.914, p<0.01) ผลการวิเคราะห์ความผันแปรทางพันธุกรรมของยีน PGAM1 และ PGK1 พบ single nucleotide polymorphism (SNP) ที่ตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ c.636C>T และ c.111C>T ซึ่งสามารถตรวจสอบความผันแปรของ SNPs ดังกล่าว ได้ด้วยเอ็นไซม์ตัดจำเพาะ MspI และ MboI การ วิเคราะห์ความสัมพันธ์ระหว่างเครื่องหมายโมเลกุลดีเอ็นเอของยีน PGAM1 และ PGK1 กับลักษณะเนื้อสัมผัส ซึ่งประกอบด้วย ค่าแรงตัดเฉือนของชิ้นเนื้อดิบ (raw shear force, RSF), เนื้อสุก (cooked shear force, CSF), ค่าแรงตัดเฉือนเนื้อให้ขาดออกจากกันในระยะทางหนึ่งหน่วยของชิ้นเนื้อดิบ (raw cohesiveness, RCOH), เนื้อสุก (cooked cohesiveness, CCHO), ค่าความสามารถในการอุ้มน้ำของเนื้อ (WHC) และค่าการสูญเสียน้ำของเนื้อเมื่อ ปรุงสุกด้วยความร้อน (cooking loss, CL) นั้น พบว่าเครื่องหมายโมเลกุลของยีน PGAM1 มีความสัมพันธ์กับ ค่าแรงตัดเฉือนชิ้นเนื้อ (RSF, CSF, CCHO) และลักษณะ WHC (p<0.05) สำหรับเครื่องหมายโมเลกุลของยีน PGK1 มีความสัมพันธ์กับ CSF อย่างไรก็ตามยีน PGK1 ไม่มีความสัมพันธ์กับลักษณะ RSF, RCOH, CCOH, WHC และ CL จากข้อมูลดังกล่าวแสดงให้เห็นความสำคัญของโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับเมแทบอลิซึมของพลังงาน ในกล้ามเนื้อหลังสัตว์ตาย และโปรตีนโครงสร้างของกล้ามเนื้อ มีความสัมพันธ์กับลักษณะเนื้อนุ่มและความสามารถ ในการอุ้มน้ำของเนื้อไก่ นอกจากนี้เครื่องหมายโมเลกุลดีเอ็นเอของยีน PGAM1 และ PGK1 อาจสามารถใช้เป็น เครื่องหมายโมเลกุลสำหรับใช้คัดเลือกลักษณะเนื้อนุ่ม และลักษณะความสามารถในการอุ้มน้ำของเนื้อในไก่ไทย พันธุ์ลูกผสมได้ The objectives in this study were to identify the protein markers for meat tenderness and to investigate association of the DNA markers with the meat quality traits in crossbred Thai indigenous chickens. Results of proteomic analysis in chicken meats revealed that 6 protein markers including PKM2, PGK1, M-CK, TPMb, GAPDH and PGAM1 were associated with tenderness and water-holding capacity (WHC) traits. The expression levels of the PKM2, PGK1, M-CK, TPMb, GAPDH and PGAM1 proteins were increased in the tenderness chickens more than those in the toughness chickens. Whereas, the expression level of TPMb was increased in the toughness group comparing to the tenderness group. The high expression of the M-CK protein was found in chicken meat with high- WHC. No significant correlation between genes and proteins expression of PKM2, PGK1, M-CK and PGAM1 were observed . However, positive correlation coefficients were found between the TPMb protein and its gene expression levels (r = 0.914, p<0.01). Polymorphism analysis of the PGAM1 and PGK1 genes reveled 2 single nucleotide polymorphism (SNP) at position c.633C>T and c.111C>T on their open reading frame (ORF). These two SNPs were detected with MspI and MboI, respectively. Association of PGAM1 and PGK1 genes with raw- and cooked-shear force (RSF and CSF), raw- and cooked-cohesiveness (CCOH), water holding capacity (WHC) and cooking loss (CL) traits were analyzed. The PGAM1 marker was associated with the RSF, CSF, CCOH and WHC traits (p<0.05). Association of PGK1 gene with CSF trait was found. However, the PGK1 marker showed no significant effect on the RSF, CCOH, WHC and CL traits. These results indicated that the importance of the energy metabolism protein of muscle in post-mortem period and contractile protein are related to tenderness and water-holding capacity of chicken meat. Additionally, the PGAM1 and PGK1 markers could be used as marker assisted selection for meat tenderness and water-holding capacity traits in the crossbred Thai indigenous chickens.