แผนงานวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีการป้องกันกำจัดโรคข้าวมีวัตถุประสงค์ศึกษาวิจัยให้ได้เทคโนโลยีการป้องกันกำจัดโรคข้าวที่มีประสิทธิภาพ ปลอดภัย และยั่งยืน โดยเน้นการควบคุมโรคโดยชีววิธี โดยใช้เชื้อแบคทีเรียปฏิปักษ์ เชื้อราเอนโดไฟต์ในข้าว สารสกัดจากพืชหรือสารธรรมชาติ ใช้ชีวภัณฑ์ต่างๆ และการปลูกข้าวแบบหลายสายพันธุ์ รวมทั้งหาสารป้องกันกำจัดโรคพืชที่มีประสิทธิภาพในการควบคุมโรคข้าว ตลอดจนการใช้วิธีการจัดการโรคข้าวแบบผสมผสาน ประกอบด้วย 3 โครงการ ได้แก่ การควบคุมโรคข้าวโดยไม่ใช้สารเคมี การควบคุมโรคข้าวโดยใช้สารเคมี และการจัดการโรคข้าวแบบผสมผสาน ผลงานวิจัย ปี2551-2553 พบว่าโครงการการควบคุมโรคข้าวโดยไม่ใช้สารเคมี สามารถคัดเลือกแบคทีเรียปฏิปักษ์และพัฒนาเป็นสูตรสำเร็จรูปผงที่มีประสิทธิภาพดีในการควบคุมโรคถอดฝักดาบของข้าวในแปลงนาได้ 4 ไอโซเลท คือ BAK-131, BAK-088, BAK-016 และ BAK-117 สำหรับการทดสอบประสิทธิภาพในการควบคุมโรคถอดฝักดาบของข้าวในเรือนทดลองโดยใช้ชีวภัณฑ์ จากร้านค้าจำนวน 4 ชนิด คือ super bio (น้ำสกัดจากพืชและจุลินทรีย์), super cheto (Chaetomium cupreum), Bacillus subtilis และ Trichoderma spp. พบว่า การใช้ Bacillus subtilis สามารถควบคุมอาการโรคถอดฝักดาบได้ดีที่สุด การศึกษาหาสารสกัดจากพืชเพื่อใช้ทดแทนสารป้องกันกำจัดโรคเมล็ดด่างของข้าว พบว่าการพ่นสารจากกากเมล็ดชาในรูปน้ำอัตรา 250 และ 150 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรือพ่นสารจากกากเมล็ดชาในรูปผงอัตรา 250 และ 150 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร จำนวน 3 ครั้ง ในระยะข้าวตั้งท้อง ข้าวเริ่มโผล่รวงออกจากกาบหุ้มรวงได้ 5 เปอร์เซ็นต์ และข้าวออกรวงทุกต้นแล้ว สามารถควบคุมโรคเมล็ดด่างของข้าวให้มีระดับความรุนแรงของโรคต่ำกว่ากรรมวิธีเปรียบเทียบอย่างมีนัยสำคัญ ส่วนการควบคุมโรคไหม้พบว่าการพ่นสารจากกากเมล็ดชาชนิดผง อัตรา 60 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร ให้ผลในการควบคุมโรคดีที่สุด การศึกษาเพื่อแยกและคัดเลือกเชื้อราเอนโดไฟต์ที่อยู่ในต้นข้าวเพื่อควบคุมโรคกล้าเน่าในกระบะเพาะสามารถแยกได้เชื้อราเอนโดไฟต์ 320 ไอโซเลท และจัดจำแนกได้ 41 taxa เมื่อนำเชื้อราเอนโดไฟต์จำนวน 175 ไอโซเลท มาทดสอบประสิทธิภาพการยับยั้งการเจริญของเชื้อราสาเหตุโรค สามารถคัดเลือกเชื้อราเอนโดไฟต์ ได้ 7 ไอโซเลทที่มีประสิทธิภาพในการยับยั้งการเจริญของเชื้อราสาเหตุโรคและส่งเสริมการเจริญเติบโตของต้นข้าว การลดความรุนแรงของโรคไหม้ของข้าว โดยการปลูกแบบหลายสายพันธุ์ในภาคเหนือตอนล่าง พบว่า การปลูกสายพันธุ์ UBN03005-6-3 -26-10-49-10 ร่วมกับ UBN03004-3-16-20-11-100-4 ให้ผลในการ ลดความรุนแรง ของ โรคไหม้ได้ เช่นเดียวกับที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ การนำเมล็ดข้าวสายพันธุ์ IR77924-62-71-1-2 และ IR77954-27-39 มาผสมกัน แล้วปลูกแบบนาดำ เป็นวิธีการที่สามารถลดระดับความรุนแรงของโรคไหม้ของข้าวได้ทั้งในระยะกล้าและระยะคอรวง โครงการการควบคุมโรคข้าวโดยใช้สารเคมี พบสารป้องกันกำจัดโรคขอบใบแห้งของข้าวที่ให้ผลดีที่สุดคือ 1. แบคบิเคียว 2. ไตรเบสิค คอปเปอร์ซัลเฟต 3. สเตร็พโตมัยซิน ซัลเฟต ออกซิเททราไซคลิน ไฮโดรคลอไรด์ 4. คอปเปอร์ไฮดร็อกไซด์ และ 5. ไอโซโปรไธโอเลน ตามลำดับ ส่วนการป้องกันกำจัดโรคกล้าเน่าในกระบะเพาะที่ให้ผลดีที่สุด คือ 1. การแช่เมล็ดด้วยแมนโคเซบ และการแช่เมล็ดด้วยแมนโคเซบ+คาร์เบนดาซิม สำหรับการทดสอบประสิทธิภาพของสารป้องกันกำจัดโรคพืช จำนวน 8 ชนิด ในการควบคุมโรคไหม้ข้าว ผลการทดลองพบว่าสารป้องกันกำจัดโรคไหม้คาซูกาไมซิน มีประสิทธิภาพการควบคุมโรคไหม้ได้ดีที่สุด โครงการการจัดการโรคข้าวแบบผสมผสาน พบว่า การหมักฟาง 30 วันแล้วไถกลบ การใช้ข้าวพันธุ์ดีของรัฐบาล การปักดำ การตรวจเช็คศัตรูข้าว และการใช้สารเคมีตามความจำเป็น เป็นการป้องกันกำจัดแบบผสมผสานที่ให้ผลดีสำหรับโรคใบจุดสีน้ำตาล และช่วยลดต้นทุนการผลิต ในภาพรวมยังเป็นการปฏิบัติที่เหมาะสมสำหรับ การป้องกันกำจัดศัตรูข้าวอื่นๆ ด้วย สำหรับโรคขอบใบแห้งของข้าว พบว่า การใช้อัตราเมล็ดพันธุ์ และปุ๋ยตามคำแนะนำกรมการข้าว คือใช้อัตราเมล็ดพันธุ์ 20 ก.ก./ไร่ ใส่ปุ๋ย 2 ครั้ง ครั้งที่ 1ใส่ปุ๋ยสูตร16-20-0 อัตรา 30 ก.ก./ไร่ ประมาณ 30 วันหลังหว่านข้าว และ ครั้งที่ 2 ใส่ปุ๋ยยูเรีย (46-0-0) อัตรา10 ก.ก./ไร่ ที่ระยะกำเนิดช่อดอก หรือ 30 วันก่อนข้าวออกดอก ร่วมกับการพ่นสาร bacbicure25%WP 20 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร (3 วันหลังจากปลูกเชื้อ) สามารถลดระดับความรุนแรงของโรคขอบใบแห้ง หลังปลูกเชื้อแบคทีเรียX. oryzae pv. oryzae 14 - 35 วันได้ นอกจากนี้การพ่นสาร bacbicure25%WP ยังสามารถลดระดับความรุนแรงของโรคขอบใบแห้งของส่วนใบยอด คือใบที่ 1 (ใบธง) และใบที่ 2ได้ดี