สืบเนื่องจากกระบวนการและขั้นตอนบางประการของการสอบสวนคดีพิเศษที่พนักงานสอบสวนคดีพิเศษและผู้ที่เกี่ยวข้องยังมีความรู้ความเข้าใจที่ไม่ชัดเจน ทำให้การปฏิบัติของผู้ที่เกี่ยวข้องไม่สอดคล้องตรงกัน โดยเฉพาะประเด็นเกี่ยวกับขอบเขตอำนาจและวิธีปฏิบัติในการทำความเห็นทางคดีที่ถูกต้องตามเจตนารมณ์ของกฎหมาย และเหมาะสมกับภารกิจของกรมสอบสวนคดีพิเศษ สำนักพัฒนาและสนับสนุนคดีพิเศษ ส่วนพัฒนาระบบงานสืบสวนสอบสวนคดีพิเศษ จึงได้ทำการศึกษาวิเคราะห์ข้อกฎหมายและข้อคิดเห็นของนักกฎหมาย ผู้ทรงคุณวุฒิและบุคลากรของกรมสอบสวนคดีพิเศษ ซึ่งได้จัดเก็บข้อมูลจากการจัดประชุมระดมความคิดเห็นแบบสอบถามและการสัมภาษณ์ สรุปผลการศึกษาได้ดังนี้ (๑) อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษเป็นหัวหน้าคณะทำงานสอบสวนคดีพิเศษ หรือหัวหน้าพนักงานสอบสวนคดีพิเศษโดยตำแหน่ง ซึ่งมีอำนาจหน้าที่ในการสืบสวนสอบสวนคดีพิเศษ นอกเหนือจากการเป็นผู้บังคับบัญชาสูงสุดของกรมสอบสวนคดีพิเศษ และมีฐานะเป็นหัวหน้าคณะทำงานสอบสวนคดีพิเศษและเป็นพนักงานสอบสวนผู้รับผิดชอบในการสอบสวนตามนัยมาตรา ๑๘ แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาเมื่อมีคดีพิเศษเกิดขึ้นและอยู่ในเขตอำนาจการสืบสวนและสอบสวนของสำนักคดีใด โดยปกติพนักงานสอบสวนคดีพิเศษซึ่งสังกัดอยู่ในสำนักคดีแห่งนั้นๆ ย่อมมีอำนาจดำเนินการสืบสวนและสอบสวนคดีพิเศษที่อยู่ในอำนาจของกรมสอบสวนคดีพิเศษ และคณะทำงานสอบสวนคดีพิเศษภายใต้การสั่งการของอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษและเมื่อพนักงานสอบสวนคดีพิเศษได้ดำเนินการสืบสวนและสอบสวนเสร็จสิ้นแล้วต้องเสนอความเห็นต่ออธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษในฐานะพนักงานสอบสวนผู้รับผิดชอบเพื่อมีความเห็นทางคดีเสนอความเห็นต่อพนักงานอัยการ ดังนั้น พนักงานสอบสวนผู้รับผิดชอบ จึงได้แก่อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ และผู้ที่อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ มอบให้มีอำนาจทำความเห็นทางคดีส่งพนักงานอัยการได้ (๒) การปฏิบัติในการลงมติเพื่อทำความเห็นในคดีในชั้นคณะทำงานสอบสวนคดีพิเศษเห็นควรกระทำในรูปแบบของคณะทำงาน เพราะได้ร่วมกันสืบสวนสอบสวนเป็นคณะ การสรุปสำนวนการสอบสวนควรจัดทำรายงานการประชุมเป็นลายลักษณ์อักษร และให้ผู้เข้าร่วมประชุมลงลายมือชื่อทุกคน วิธีการลงมติเพื่อทำความเห็นทางคดีใช้วิธีการนับคะแนนโดยยึดหลักเสียงข้างมาก ซึ่งความเห็นทางคดีของคณะทำงานทุกคนก็ให้ปรากฏไว้อย่างชัดแจ้งในรายงานการประชุมที่แนบสำนวนการสืบสวนสอบสวน หากมีความเห็นต่างย่อมกระทำได้ โดยให้บันทึกความเห็นต่างไว้ในรายงานการประชุมซึ่งจะต้องดำเนินการก่อนการเสนอความเห็นโดยภาพรวมหรือให้บันทึกความเห็นพร้อมเหตุผลไว้ในรายงานการประชุมให้ชัดเจนหรือให้ทำหมายเหตุ พร้อมทำเอกสารประกอบความเห็นแย้งแนบไว้ด้วยและจัดทำบันทึกการรับทราบมติที่ประชุมให้ผู้เข้าร่วมประชุมลงนามรับทราบทุกคน สำหรับผู้ที่ไม่ได้เข้าร่วมประชุมพิจารณา ต้องทำบันทึกการทำความเห็นทางคดีให้หัวหน้าพนักงานสอบสวนรับทราบไว้เป็นหลักฐาน และนำบันทึกความเห็นทางคดีนั้นติดสำนวนการสอบสวนไว้ แต่ต้องยึดถือตามมติที่ประชุมที่ได้ลงความเห็นไว้แล้ว ไม่มีสิทธินำมาเปลี่ยนแปลงผลการลงมติได้อีก (๓) ผู้มีอำนาจในการลงมติเพื่อทำความเห็นทางคดีในชั้นคณะทำงานสอบสวนคดีพิเศษควรเป็นอำนาจหน้าที่ของพนักงานสอบสวนคดีพิเศษเท่านั้น โดยพนักงานสอบสวนคดีพิเศษทุกคนที่มีชื่อในคณะทำงานจะต้องมีความเห็นทางคดีทุกคนโดยยึดหลักเสียงข้างมาก สำหรับเจ้าหน้าที่คดีพิเศษ พนักงานราชการหรือลูกจ้างที่ได้รับการแต่งตั้งเป็นคณะทำงานฯ นั้น ทำหน้าที่เป็นผู้ช่วย พนักงานสอบสวนคดีพิเศษจึงไม่มีหน้าที่ในการลงมติเพื่อทำความเห็นทางคดีแต่อย่างใด (๔) อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ และผู้บริหารในทุกลำดับชั้นซึ่งเป็นผู้บังคับบัญชาและกำกับดูแลคณะทำงานฯ ตามสายงาน (ผู้บริหารในลำดับที่สูงกว่าหัวหน้าคณะทำงานสอบสวนคดีพิเศษ) มีฐานะเป็นพนักงานสอบสวนคดีพิเศษมีอำนาจในการเรียกตรวจสำนวนการสอบสวนได้ และมีอำนาจหน้าที่ในการทำความเห็นในทางคดีตามลำดับชั้นและกรณีที่ผู้บังคับบัญชา และอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ หรือผู้รักษาการแทนเห็นว่ายังมีประเด็นที่ต้องรวบรวมข้อเท็จจริงและหลักฐานเพิ่มเติม สามารถที่จะมีคำสั่งให้หัวหน้าคณะทำงานดำเนินการเพื่อให้เป็นไปตามคำสั่งนั้นได้เพื่อให้การทำงานของคณะทำงานฯ มีประสิทธิภาพและประสิทธิผลมากยิ่งขึ้นซึ่งไม่ถือเป็นการก้าวล่วงการทำงานของคณะทำงานฯ แต่เป็นการตรวจสอบการทำงานและเป็นที่ปรึกษาของคณะทำงานฯ อันจะเป็นประโยชน์ต่อการพิจารณาตัดสินใจทำความเห็นทางคดีของอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ ซึ่งเป็นพนักงานสอบสวนผู้รับผิดชอบต่อไป (๕) การทำความเห็นทางคดีตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาและพระราชบัญญัติการสอบสวนคดีพิเศษนั้นถือเป็นการดำเนินงานตามกระบวนการยุติธรรมทางอาญา ซึ่งมาตรา ๔ แห่งพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. ๒๕๓๙กำหนดให้พระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. ๒๕๓๙ มิให้ใช้บังคับแก่การดำเนินงานตามกระบวนการยุติธรรมทางอาญาดังนั้น จึงไม่สามารถนำบทบัญญัติในพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครองฯ มาบังคับใช้โดยอนุโลมได้อีกทั้งการสอบสวนคดีพิเศษไม่ใช่การปฏิบัติราชการปกติ ซึ่งไม่ควรไปอิงกับกฎหมายอื่น หรือไม่อาจนำกฎหมายอื่นมาเทียบเคียงขยายความใช้กับอำนาจการสอบสวนที่มีกฎหมายวางหลักเกณฑ์โดยเฉพาะไว้แล้วได้ นอกจากนั้น ยังมีข้อคิดเห็นที่น่าสนใจอีกหลาย ๆ ประการ เช่นการทำความเห็นทางคดีเป็นเรื่องการบริหารงานภายในองค์กรแต่ละองค์กรเป็นอำนาจในการใช้ดุลพินิจของอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ หากมีการมอบอำนาจไปแล้ว ก็มิได้หมายความว่าอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ จะพ้นจากความรับผิดชอบ นอกจากนี้อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษในฐานะเป็นผู้มีอำนาจสูงสุดขององค์กรยังสามารถเรียกสำนวนคดีพิเศษกลับเข้ามาพิจารณาเองได้ตลอดเวลาทั้งนี้ ควรทำการศึกษาวิเคราะห์เจตนารมณ์ของกฎหมายว่าด้วยการสอบสวนคดีพิเศษและไม่ควรจะไปเทียบเคียงกับพนักงานสอบสวนผู้รับผิดชอบตามประมวลวิธีพิจารณาความอาญา ซึ่งรับผิดชอบคดีทั่ว ๆ ไป ที่ไม่ใช่คดีสำคัญหรือคดีพิเศษ และสำหรับกรณีการทำความเห็นแย้ง ซึ่งเป็นอำนาจของอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ ตามพระราชบัญญัติการสอบสวนคดีพิเศษฯ มาตรา ๓๔ นั้น โดยหากเทียบเคียงกับกรณีของสำนักงานตำรวจแห่งชาติก็พบว่ามีการปฏิบัติเช่นเดียวกัน กล่าวคือ ปกติคดีที่สำนักงานตำรวจแห่งชาติรับผิดชอบ หากเป็นคดีสำคัญ ๆ ที่อยู่ในความสนใจของประชาชน ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติก็อาจเป็นพนักงานสอบสวนผู้รับผิดชอบเอง และเมื่อเกิดกรณีต้องมีการทำความเห็นแย้ง อำนาจการทำความเห็นแย้งดังกล่าวก็ยังเป็นอำนาจของผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติเช่นกัน