ปัญหาข้อขัดข้องการบังคับใช้กฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาที่แก้ไขใหม่ในส่วน ที่เกี่ยวกับพยานหลักฐานมีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาผลกระทบและข้อจำกัดของกฎหมายพยานหลักฐาน โดยทำการศึกษาหลักการดำเนินคดีอาญาที่เกี่ยวกับพยานหลักฐานทั้งในอดีตจนถึงปัจจุบันเปรียบเทียบมาตรการในการดำเนินคดีอาญาที่เกี่ยวกับพยานหลักฐานในประเทศไทยและต่างประเทศ ผลการศึกษาได้ข้อสรุปในภาพรวมว่า การแก้ไขประมวลกฎหมายวิธีพิจารณา ความอาญาในส่วนพยานหลักฐานนั้น ส่วนใหญ่เป็นการแก้ไขที่สอดคล้องกับแนวทางปฏิบัติที่ศาล ได้ดำเนินการมาแล้วในกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาก่อนที่จะมีการแก้ไข มีข้อสรุปใน 4 ประเด็นปัญหา ดังนี้ 1) การรับฟังพยานหลักฐานที่ได้มาโดยมิชอบ ตามมาตรา 226/1 มีข้อ ที่ยังเป็นที่สงสัยและอาจเป็นปัญหาในทางปฏิบัติได้ คือ ปัจจัยสี่ข้อที่กำหนดไว้เพื่อให้ศาลพิจารณานั้น ศาลจะพิจารณาอย่างไร ซึ่งคณะผู้วิจัยมีความเห็นว่า การปรับใช้ปัจจัยทั้ง 4 ข้อ ควรปรับใช้ไปพร้อมกันไม่ใช่ปรับเพียงข้อใดข้อหนึ่งแล้วสามารถให้คำตอบได้ ในปัจจัยสองข้อแรกเป็นการพิจารณาให้เห็น ถึงประโยชน์ในการรับฟังว่าพยานหลักฐานที่ได้มานั้นมีคุณค่าในเชิงพิสูจน์สูง มีความเกี่ยวข้องกับคดี ที่มีความร้ายแรง ทำให้มีน้ำหนักไปในทางที่จะรับฟังเนื่องจากเป็นประโยชน์ต่อการอำนวยความยุติธรรม ในขณะที่ปัจจัยสองข้อหลังเป็นการพิจารณาให้เห็นถึงผลเสียที่เกิดขึ้นในการรับฟัง หากประชาชนได้รับความเสียหายหรือถูกละเมิดสิทธิเสรีภาพอันเกิดจากการกระทำที่มิชอบของเจ้าพนักงานหรือไม่ได้มีมาตรการในการลงโทษเจ้าพนักงานที่เหมาะสมแล้ว ศาลก็ไม่ควรรับฟังพยานหลักฐานที่ได้มามิชอบนั้น 2) การรับฟังพยานบอกเล่า ตามมาตรา 226/3 คณะผู้วิจัยมีความเห็นว่าบทบัญญัติ ในมาตรา 226/3 เป็นบทบัญญัติที่เหมาะสมและสอดคล้องกับหลักที่กำหนดไว้ในต่างประเทศแล้ว 3) การชั่งน้ำหนักพยานบอกเล่า ตามมาตรา 227/1 คณะผู้วิจัยมีความเห็นว่าการบัญญัติเนื้อหาตามมาตรา 227/1 มีลักษณะเป็นการให้แนวทางแก่ศาลในการชั่งน้ำหนักพยานที่มี ความบกพร่อง โดยเป็นการกำหนดในลักษณะที่กว้างและยืดหยุ่นซึ่งเป็นการเหมาะสมแล้ว เมื่อศาลจะใช้พยานหลักฐานในกลุ่มนี้เพื่อพิจารณาลงโทษจำเลย ศาลต้องใช้ความระมัดระวังและหากจะใช้โดยลำพัง ก็ย่อมต้องอธิบายว่าสอดคล้องกับสิ่งที่กำหนดไว้ในมาตรา 227/1 อย่างไร 4) การเดินเผชิญสืบและการส่งประเด็นไปสืบ ตามมาตรา 230 คณะผู้วิจัย มีข้อเสนอแนะว่าบทบัญญัติมาตรา 230 ไม่ได้กล่าวถึงเรื่องที่จำเลยต้องตามเผชิญสืบไปด้วยหรือไม่ จึงควรเพิ่มเติมส่วนนี้ให้เกิดความชัดเจน เนื้อหาทั้งในส่วนเดินเผชิญสืบและส่งประเด็นไปสืบควรแก้ไข ให้จำเลยสามารถสละสิทธิที่จะไม่ตามเผชิญสืบหรือตามประเด็นไปสืบได้ภายใต้เงื่อนไขว่า ต้องมีทนายความของจำเลยเป็นผู้ตามเผชิญสืบหรือตามประเด็นไปสืบโดยได้รับอนุญาตจากศาลและควรใช้กับคดีอาญาทุกประเภทไม่ว่าจะมีโทษในลักษณะใดก็ตาม