การพิจารณาคดีที่มีความยุ่งยากซับซ้อนและมีลักษณะพิเศษแตกต่างจากคดีทั่วไป จึงได้มีการจัดตั้งศาลที่มีอำนาจเฉพาะหรือเรียกว่าศาลชำนัญพิเศษ โดยมีวัตถุประสงค์ที่เน้นการ มีวิธีพิจารณาที่เป็นพิเศษแตกต่างจากศาลยุติธรรมอื่นๆ เช่น การให้มีผู้พิพากษามีความรู้ความเข้าใจ ในเรื่องดังกล่าวโดยเฉพาะ หรือระบบการบริหารจัดการที่คล่องตัวเพื่อสนับสนุนการพิจารณาพิพากษาคดีที่สะดวก รวดเร็ว และเป็นธรรมซึ่งในปัจจุบันมีศาลชำนัญพิเศษรวม 4 ศาล ประกอบด้วย ศาลแรงงาน ศาลภาษีอากร ศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศ และศาลล้มละลายกลาง อย่างไรก็ดียังมี 1 ศาลที่ถือเป็นศาลพิเศษ คือ ศาลเยาวชนและครอบครัว เนื่องจากมีวิธีพิจารณาคดี ที่เป็นพิเศษ ดังนั้น การศึกษาวิจัยจึงได้กำหนดนิยามของ ศาลชำนัญพิเศษ หมายถึง ศาลที่มีลักษณะและวิธีการพิจารณาคดีที่เป็นพิเศษ จึงมีขอบเขตการวิจัยที่รวมทั้งศาลชำนัญพิเศษและศาลพิเศษ เป็น 5 ศาลดังกล่าว ผลที่ได้จากการวิจัยพบว่า ในทางปฏิบัติศาลชำนัญพิเศษเหล่านี้ยังมีความขัดข้องในการดำเนินงาน เช่น 1) ด้านบุคลากร ในเรื่องการคัดเลือกผู้ช่วยผู้พิพากษาและผู้พิพากษาเข้ามา ดำรงตำแหน่ง โดยปัจจุบันยังคงใช้ระบบคัดเลือกผู้พิพากษาทั่วไปโดยเน้นการพิจารณาตามระบบอาวุโสมากกว่าการคำนึงถึงความรู้และความเชี่ยวชาญเฉพาะด้าน ทำให้คุณสมบัติของผู้พิพากษาไม่สัมพันธ์ กับความซับซ้อนของคดีชำนัญพิเศษ ซึ่งแตกต่างจากคดีปกติทั่วไป 2) ด้านคุณสมบัติและความจำเป็นของผู้พิพากษาสมทบต่อการร่วมพิจารณาคดี 3) ด้านการพัฒนาองค์ความรู้ของผู้พิพากษา ผู้พิพากษาสมทบ และบุคลากรของ ศาลชำนัญพิเศษยังไม่มีระบบที่ชัดเจนและต่อเนื่องมากนัก 4) ด้านการบริหารจัดการ ระยะเวลาการดำรงตำแหน่งของผู้บริหารและผู้พิพากษา ในศาลชำนัญพิเศษไม่ยาวนานพอต่อการเสริมสร้างและพัฒนาความรู้เฉพาะด้านได้อย่างต่อเนื่อง 5) ด้านการจัดการข้อมูล การจัดการความรู้และระบบข้อมูลยังไม่ครบถ้วน ไม่เป็นระบบและขาดการปรับปรุงข้อมูลให้ทันสมัยอย่างสม่ำเสมอ 6) ด้านการบูรณาการ ขาดความร่วมมืออย่างเต็มที่และเป็นระบบระหว่าง ศาลชำนัญพิเศษกับหน่วยงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง อย่างไรก็ตาม ในการขับเคลื่อนการดำเนินงานของศาลชำนัญพิเศษจำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องมีการกำหนดบทบาทของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องในการรับผิดชอบในภารกิจต่าง ๆ ให้ชัดเจน ได้แก่ คณะกรรมการบริหารศาลยุติธรรม (ก.บ.ศ.) ในการกำหนดโครงสร้างองค์กรศาลชำนัญพิเศษซึ่งมีบทบาทหลักในการแก้ไข/ออกพระราชบัญญัติ พระราชกฤษฎีกา ระเบียบหรือประกาศต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง พิจารณาจัดสรรงบประมาณ จัดการสถานที่ วัสดุอุปกรณ์และสิ่งอำนวยความสะดวกรวมทั้งบุคลากรปฏิบัติงาน คณะกรรมการตุลาการศาลยุติธรรม (ก.ต.) ในเรื่องการบรรจุ แต่งตั้งผู้พิพากษาที่สอดคล้องกับหลักเกณฑ์ที่กำหนดไว้ตามพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการฝ่ายตุลาการศาลยุติธรรม พ.ศ. 2543