มันสำปะหลังเป็นพืชที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจของประเทศไทย แป้งที่สะสมอยู่ในรากถูกนำมาใช้ในทางอุตสาหกรรมหลายประเภท ในงานวิจัยนี้ใช้เทคนิค cDNA-AFLP เพื่อค้นหายีนที่เกี่ยวข้องกับการสร้างรากสะสมอาหารของมันสำปะหลัง cDNA จากมันสำปะหลังถูกนำมาเปรียบเทียบรูปแบบการแสดงออกของยีนในใบ รากฝอย และ รากสะสมอาหาร (cortex และ parenchyma) โดยใช้ไพรเมอร์ 64 คู่ จากผลการทดลองพบยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (TDFs) ซึ่งถูกนำไปหาลำดับเบสและ สามารถจัดกลุ่มยีนตามหน้าที่ของโปรตีนได้ทั้งหมด 11 กลุ่มรวม 100 TDFs พบว่ากลุ่มยีนที่พบมากที่สุด 3 กลุ่มแรกคือ กลุ่มยีน (TDFs) ที่ไม่มีความคล้ายคลึงกับโปรตีนในฐานข้อมูล (26%) กลุ่มยีนที่เกี่ยวข้องกับ cellular metabolism และ biosynthesis (18%)และ กลุ่มยีนที่ยังไม่ทราบหน้าที่ (15%) ตามลำดับ 5 TDFs ที่พบการแสดงออกเฉพาะในรากโดยวิธี cDNAAFLP [TDFD82 (sulfite reductase), TDFD83 (calcium-dependent protein kinase), TDFD102 (mitotic checkpoint protein), TDFD106 (ent-kaurene synthase) และ TDFD154 (hexose transporter)] ถูกนำมาวิเคราะห์ อีกครั้งด้วยวิธี semi-quantitative RT-PCR โดยใช้ตัวอย่างที่ปลูกในช่วงหน้าฝนอายุเก็บเกี่ยว 12 สัปดาห์ จากการศึกษาพบว่าทั้ง 5 TDFs มีการแสดงออกสูงในรากสะสมอาหารโดยเฉพาะในช่วงพัฒนาจากรากฝอยเป็นรากสะสมอาหาร TDFD106 อาจมีส่วนในการสร้าง GA และ TDFD154 เพิ่มการนำน้ำตาลโมเลกุลเดี่ยวเข้าสู่เซลซึ่งส่งผลกระตุ้นการแสดงออกของ TDFD83 เพื่อส่งสัญญาณกระตุ้นการเริ่มพัฒนาของรากสะสมอาหาร TDFD82มีการแสดงออกเพิ่มขึ้นตามการพัฒนาของรากสะสมซึ่งอาจเกี่ยวข้องกับการดูดซึมซัลเฟอร์เพื่อใช้ในกระบวนการสังเคราะห์กรดอะมิโน และในการลดความเป็นพิษของไซยาไนท์ TDFD102 เกี่ยวข้องกับการควบคุมการแบ่งเซลล์ที่ระดับ DNA ในช่วงการพัฒนาของเนื้อเยื่อลำเลียงโดยเฉพาะในระหว่างการพัฒนารากฝอยเป็นรากสะสม ยีนเหล่านี้จะถูกนำไปศึกษาเพิ่มเติมและเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลทางด้าน transcriptomicsและ proteomics ต่อไป Cassava (Manihot esculenta Crantz) is an important food crop in Thailand for exporting and utilizing in starch processing industries. The different starch compositions, granule size, and crystalline structure were observed in cassava root that harvested at different ages. Gaining information in the groups of gene expression at different stages of storage root development would lead to the thorough understanding of genes involving in controlling; the storage root formation & development, starch biosynthesis, and crystalline formation. To unravel genes associated with storage root formation, cDNA‐Amplified Fragment Length Polymorphism (cDNAAFLP) was employed. The gene expression profiles were compared among fibrous roots and storage roots (cortex and parenchyma) of cassava cultivar Kasetsart 50 (KU 50) at different developmental stages and the expression profiles of leaf were used as a control. From 64 primer combinations, 100 transcript‐derived fragments (TDFs) were sequenced, characterized, and then classified into 11 groups by their functions based on deduced amino acid sequences. The 3 main groups were: no similarity (26%), cellular metabolism and biosynthesis (18%) and hypothetical or unknown protein (15%). The differential expressions of 5 storage roots specific TDFs were confirmed by semi‐quantitative RT‐PCR on 12 week‐old wet crop samples: TDFD82 (sulfite reductase), TDFD83 (calcium‐dependent protein kinase), TDFD102 (mitotic checkpoint protein), TDFD106 (ent‐kaurene synthase) and TDFD154 (hexose transporter). They exhibited significant expression in storage roots especially in the initiation and early developmental stages. TDFD106 and TDFD154 may involve in transiently induction of TDFD83 expression, which might play important role in signaling pathway of storage root initiation. TDFD82 potentially played role in cyanide detoxification, which may lead to biosynthesis of aspartate that involved in storage root development. TDFD102 might involve in maintaining genomic DNA integrity via mitotic checkpoint mechanisms during cell division especially at the storage root initiation stage. The full‐length gene of these 5 TDFs will be cloned for further functional analysis.