ปัญหาเฉพาะของจังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นปัญหาที่เกิดจากความขัดแย้งในด้านต่าง ๆ ที่มีรูปแบบเชื่อมโยงซึ่งกันและกันทั้งด้านเศรษฐกิจ สังคม และการเมือง รัฐบาลได้พยายามดำเนินการแก้ไข โดยกำหนดนโยบายเฉพาะเกี่ยวกับการบริหารราชการและระบบการบริหารงานบุคคลตลอดมา แต่ปัญหาดังกล่าวยังคงอยู่ การวิจัยนี้ จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาสภาพปัจจุบันปัญหา และสาเหตุ เกี่ยวกับโครงสร้างการบริหารราชการ และระบบการบริหารงานบุคคลในจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยรวบรวมข้อมูลทั้งจากเอกสารและการสัมภาษณ์บุคลากรที่เกี่ยวข้องและใช้วิธีวิเคราะห์เนื้อหา ผลการศึกษาอาจสรุปได้ดังนี้ 1. ด้านโครงสร้างการบริหารราชการ พบว่ามีความหลากหลายในการจัดองค์กรของกระทรวง ทบวง กรม ต่าง ๆ ทำให้เกิดความแตกต่างในโครงสร้างและการบริหารงาน ซึ่งส่วนใหญ่เป็นการรวบรวมอำนาจไว้ที่ส่วนกลาง 2. ด้านบทบาทของศอ.ตบ. 3. ด้านระบบการบริหารงานบุคคล พบว่า มีความหลากหลายในการจัดองค์กรกลางบริหารงานบุคคล ทำให้เกิดความเหลื่อมล้ำในการบริหารงาน ข้าราชการส่วนใหญ่ในจังหวัดชายแดนภาคใต้มีคุณสมบัติไม่สอดคล้องตามมติครม. การบรรจุแต่งตั้งมาจากส่วนกลาง มีการขอย้ายกลับภูมิลำเนาเดิม และการขอยืมตัวไปช่วยราชการจำนวนมาก ทำให้ทุกน่วยงานขาดบุคลากร การพัฒนาบุคคลของศอ.บต. ล่าช้า ไม่สามารถทำการปฐมนิเทศข้าราชการที่บรรจุหรือย้ายมาใหม่ได้หมดในระยะเริ่มแรกของการทำงาน เนื่องจากสถานที่คับแคบ ขาดงบประมาณและบุคลากรสวัสดิการไม่เพียงพอ หลักเกณฑ์ ระเบียบและอัตราที่ได้รับไม่เหมาะสมทำให้ไม่สามารถจูงใจให้ข้าราชการมาปฏิบัติงานในจังหวัดชายแดนภาคใต้ การให้บำเหน็จความชอบประจำปีกรณีพิเศษไม่เป็นธรรม ขาดหลักเกณฑ์ด้านคุณสมบัติที่ไม่เหมาะสมทำให้ข้าราชการที่ดีเกิดความท้อแท้ ขาดการกระตือรือร้นในการปฏิบัติงาน การลงโทษข้าราชการขาดความจริงจังและความฉับพลันในการสอบสวนและลงโทษ ผลการศึกษามีข้อเสนอแนะดังนี้ 1. ควรปรับปรุงบทบาทและแนวทางปฏิบัติด้านการบริหารงานบุคคลที่ไม่ชัดเจน และเหลื่อมล้ำ 2. ควรจัดองค์กรภายในของ ศอ.บต.ใหม่ โดยเน้นบทบาทความมั่นคงด้านสังคมจิตวิทยา การเมืองและการปกครองเป็นหลัก บุคลากรที่ปฏิบัติงานในศอ.บต. ควรมีความรู้ความสามารถและความเข้าใจในปัญหาและวัฒนธรรมท้องถิ่น ตลอดจนเป็นที่ยอมรับของข้าราชการจากหน่ายงานต่าง ๆ 3. กระทรวงมหาดไทย ควรประสานงานกับหน่วยราชการในกระทรวงอื่น ให้มีการปฏิบัติตามมติครม. เกี่ยวกับการบริหารงานบุคคลในจังหวัดชายแดนภาคใต้ 4. ศอ.บต. ควรเน้นการพัฒนาบุคลากรทั้งระยะแรกและระหว่างปฏิบัติงาน โดยปฐมนิเทศและพัฒนาบุคลากรอย่างครอบคลุมทุกหน่วยงาน 5. ควรเน้นการให้สวัสดิการและประโยชน์อย่างเป็นธรรมและทั่วถึง ทั้งระหว่างหน่วยงานและระหว่างพื้นที่อำเภอภายในจังหวัด 6. ควรพิจารณาสอบสวนและลงโทษข้าราชการที่กระทำความผิดอย่างจริงจังและเฉียบพลัน เพื่อมิให้เกิดปัญหาการช่วยเหลือและกลั่นแกล้งทำให้เสียสิทธิแก่ข้าราชการ