การตรวจสอบความแตกต่างของประชากรปลาสลิด โดยศึกษา จากไอโซไซม์นั้นควรทดสอบหาไอโซไซม์ ชนิดบัฟเฟอร์และอวัยวะ ที่เหมาะสมสำหรับใช้ในการทดสอบก่อน จากการนำตัวอย่างปลา สลิดมาตรวจหาไอโซไซม์ในบัฟเฟอร์ Tris-citrate pH 7.0 และ pH 8.0 และบัฟเฟอร์ Tris-EDTA-borate pH 8.0 และ pH 8.3 โดยทดสอบกับไอโซไซม์ 14 ชนิด คือ AAT, AK, EST, FUM, GCDH, PGI, HK, IDDH, MDH, ME, MPI, PGDH, PGM และ PK ใช้กล้าม เนื้อ ตับ ไต เลือด และหัวใจเป็นอวัยวะทดสอบ พบว่าตับเป็น อวัยวะที่สามารถใช้ตรวจหาไอโซไซม์เพื่อหาความแตกต่างทาง พันธุกรรมของประชากรปลาสลิดได้มากชนิดที่สุดและให้ผลดี เมื่อใช้บัฟเฟอร์ Tris-citrate pH 8.0 จากการตรวจสอบ ไอโซไซม์ของประชากรปลาสลิดจาก 5 แหล่ง พบว่าประชากรปลาสลิด จากจังหวัดสมุทรปราการและพิษณุโลกมีค่า genetic identity สูงที่สุดเท่ากับ 0.985 ค่า genetic distance ต่ำที่สุด เท่ากับ 0.015 ส่วนประชากรปลาสลิดจากจังหวัดพิษณุโลกและ ปัตตานีมีค่า genetic identity ต่ำสุดเท่ากับ 0.923 และมี ค่า genetic distance สูงสุดเท่ากับ 0.080 แสดงให้เห็น ว่าประชากรปลาสลิดจากจังหวัดสมุทรปราการและพิษณุโลกมีความ คล้ายคลึงทางพันธุกรรมมากที่สุด ขณะที่ประชากรปลาสลิดจาก จังหวัดพิษณุโลกและปัตตานีมีความแตกต่างทางพันธุกรรมมาก ที่สุด จากการศึกษาลักษณะภายนอกของประชากรปลาสลิดจาก 5 แหล่ง พบว่าปลาสลิดจากจังหวัดพิษณุโลกมีลักษณะภายนอก แตกต่างจากปลาสลิดจากแหล่งอื่น ๆ มากที่สุด โดยมีค่าอัตรา ส่วนความยาวหัวต่อความยาวลำตัวมาตรฐานเท่ากับ 0.32 ส่วน ปลาสลิดจากจังหวัดสมุทรปราการมีลักษณะภายนอกไม่แตกต่าง จากปลาสลิดจากจังหวัดสุพรรณบุรี และปลาสลิดจากจังหวัด อุบลราชธานีมีลักษณะภายนอกไม่แตกต่างจากปลาสลิดจากจังหวัด ปัตตานี โดยมีค่าอัตราส่วนความยาวหัวต่อความยาวลำตัวมาตรฐาน เท่ากับ 0.28 และ 0.27 ตามลำดับ