การตรวจสอบความแตกต่างของประชากรปลาสลิด โดยศึกษา จากไอโซไซม์นั้นควรทดสอบหาไอโซไซม์ ชนิดบัฟเฟอร์และอวัยะที่ เหมาะสมสำหรับใช้ในการทดสอบก่อน จากการนำตัวอย่างปลาสลิด มาตรวจหาไอโซไซม์ในบัฟเฟอร์ Tris-citrate pH. 7.0 และ pH 8.0 และบัฟเฟอร์ Tris-EDTA-borate pH 8.0 และ pH 8.3 โดยทดสอบกับไอโซไซม์ 14 ชนิด คือ AAT, AK, EST, FUM, GCDH, PGI, HK, IDDH, MDH, ME, MPI, PGDH, PGM และ PK ใช้ กล้ามเนื้อ ตับ ไต เลือด และหัวใจเป็นอวัยวะทดสอบ พบว่า ตับเป็นอวัยวะที่สามารถใช้ตรวจหาไอโซไซม์เพื่อหาความแตกต่างทาง พันธุกรรมของประชากรปลาสลิดได้มากชนิดที่สุดและให้ผลดี เมื่อใช้ บัฟเฟอร์ Tris-citrate pH 8.0 จากการตรวจสอบไอโซไซม์ ของประชากรปลาสลิดจาก 5 แหล่ง พบว่าประชากรปลาสลิดจาก จังหวัดสมุทรปราการและพิษณุโลกมีค่า genetic identity สูงที่สุดเท่ากับ 0.985 ค่า genetic identity ต่ำสุดเท่ากับ 0.0015 ส่วนประชากรปลาสลิดจากจังหวัดพิษณุโลกและปัตตานีมีค่า genetic identity ต่ำสุดเท่ากับ 0.923 และมีค่า genetic distance สูงสุดเท่ากับ 0.080 แสดงให้เห็นว่าประชากรปลาสลิด จากจังหวัดสมุทรปราการและ พิษณุโลกมีความคล้ายคลึงทางพันธุกรรม มากที่สุด ขณะที่ประชากรปลาสลิดจากจังหวัดพิษณุโลกและปัตตานีมีความ แตกต่างทางพันธุกรรมมากที่สุด จากการศึกษาลักษณะภายนอกของ ประชากรปลาสลิดจาก 5 แหล่ง พบว่าปลาสลิดจากจังหวัดพิษณุโลก มีลักษณะภายนอกแตกต่างจากปลาสลิดจากแหล่งอื่น ๆ มากที่สุด โดย มีค่าอัตราส่วนความยาวหัวต่อความยาวลำตัวมาตรฐานเท่ากับ 0.32 ส่วนปลาสลิดจากจังหวัดสมทุรปราการมีลักษณะภายนอกไม่แตกต่างจาก ปลาสลิดจากจังหวัดสุพรรณบุรี และปลาสลิดจากจังหวัดอุบลราชธานีมี ลักษณะภายนอกไม่แตกต่างจากปลาสลิดจากจังหวัดปัตตานี โดยมีค่า อัตราส่วนความยาวหัวต่อความยาวลำดับมาตรฐานเท่ากับ 0.28 และ 0.27 ตามลำดับ