เศรษฐศาสตร์การคลังเพื่อสุขภาพกระทรวงสาธารณสุขได้รับจัดสรรงบประมาณในช่วงแผนพัฒนาเศรษฐกิจฉบับที่ 1-3 เฉลี่ยประมาณร้อยละ 3-3.5 ของงบประมาณทั้งหมดของประเทศซึ่งค่อนข้างน้อยจนกระทั่งช่วงแผนพัฒนาฯ ฉบับที่ 7 กระทรวงสาธารณสุขได้รับงบประมาณเพิ่มสูงขึ้น คิดเป็นร้อยละ 6.16 แผนพัฒนาการ สาธารณสุขฉบับปัจจุบันระบุว่า มีปัญหาการกระจายทรัพยากรให้แก่งานด้านการรักษาพยาบาลมากกว่าด้านการส่งเสริมสุขภาพ การป้องกันโรคและการฟื้นฟูสภาพ การกระจายทรัพยากรเป็นไปอย่างไม่เท่าเทียมกันระหว่างเมืองและชนบท มีการใช้ทรัพยากรอย่างสิ้นเปลืองโดยเฉพาะเครื่องมือแพทย์ที่มีราคาแพง การใช้ยาบางประเภทที่ไม่จำเป็น ตลอดจนการมีระบบประกันสุขภาพบางประเภทที่ไม่มีการควบคุมค่าใช้จ่ายที่เหมาะสม ทำให้ค่าใช้จ่ายด้านสุขภาพโดยรวมของสังคมสูงขึ้นเพื่อให้ประชาชนมีหลักประกันในเรื่องบริการสุขภาพขั้นพื้นฐานและบริการทางการแพทย์ที่จำเป็นและระบบสาธารณสุขสามารถพึ่งตนเองทางการเงินได้ รัฐบาลควรพยายามหารายได้เพิ่มขึ้นจากผู้ใช้บริการของรัฐที่สามารถจ่ายค่ารักษาพยาบาลสำหรับตนเองได้ โดยการกำหนดค่าบริการให้เหมาะสมกับต้นทุนหรือค่าใช้จ่ายที่เพิ่มขึ้น ส่งเสริมการประกันสุขภาพที่ผู้มีฐานะดีและผู้มีรายได้ปานกลาง สามารถช่วยตนเองได้เพื่อช่วยลดภาระงบประมาณให้มีเหลือสำหรับใช้จ่ายในแผนงานบริการสุขภาพอื่น ๆ ที่จำเป็นนอกจากนี้ควรสนับสนุนให้มีการนำเอาระบบภาษีที่มีการนำเอาระบบภาษีที่มีการหักรายได้ส่วนหนึ่งจากภาษีบางรายการที่เรียกเก็บจากสินค้า และบริการที่มีผลกระทบต่อสุขภาพของประชาชนมาใช้เพื่อสนับสนุนงานด้านสาธารณสุขโดยเฉพาะด้วย ในส่วนของกระทรวงสาธารณสุขยังคงต้องการการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงให้เหมาะสมกับ สภาพปัญหาและความต้องการที่แท้จริงของประชาชน ตลอดจนสถานะทางการเงินการคลังของประเทศด้วยลักษณะของตลาดภาคสุขภาพนำไปสู่ความล้มเหลวของตลาด (Market failure) รัฐบาลจึงต้องเข้ามาแทรกแซง ขณะเดียวกันความล้มเหลวของรัฐบาล(government failure) ก็อาจเกิดขึ้นได้ หากการดำเนินงานของรัฐบาลขาดประสิทธิภาพ การกำกับดูแลภาคเอกชนในการให้บริการที่เหมาะสมประกอบกับการพิจารณาจัดสรรทรัพยากรที่มีอยู่ให้เกิดประโยชน์สูงสุด โดยเฉพาะในเรื่องบริการสุขภาพและการแพทย์เพื่อประโยชน์สุขแก่คนส่วนใหญ่ของ ประเทศเป็นสิ่งที่จำเป็นนอกจากต้องอาศัยความร่วมมือร่วมใจของประชาชน ชุมชน องค์กรพัฒนาเอกชนทุกฝ่ายแล้วสถาบันทั้งภาครัฐและเอกชนยังต้องมีจิตสำนึก ร่วมกันรับผิดชอบต่อเป้าหมายสุขภาพดีถ้วนหน้า การพัฒนาสาธารณสุขจะประสบผลสำเร็จได้ด้วยดีก็ต่อเมื่อผู้นำรัฐบาลและ ผู้บริหารของกระทรวงมีวิสัย-ทัศน์กว้างไกล และตระหนักถึงคุณค่าของการพัฒนาทรัพยากรมนุษย์อย่างแท้จริง

สถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข