จากการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของกุ้งกุลาดำ จำนวน 5 แหล่งตัวอย่างในประเทศไทย (สตูล ตรัง พังงา ชุมพร และ ตราด) ด้วยวิธี PCR-RFLP ของยีน 16S ribosomal (r) DNA ด้วย Mbo I และ intergenic region ของ cytochrome oxidase subunits I - II (COI-COII) ด้วย Alu I, Mbo I, Hin fI and Dde I พบ composite haplotypes ทั้งสิ้นจำนวน 33 haplotypes เมื่อสร้าง UPGMA dendrogramจากระยะห่างทางพันธุกรรมของแต่ละ composite haplotypes สามารถแบ่ง haplotypes ดังกล่าวออกเป็น 2 กลุ่ม (A และ B lineages) ซึ่งมีระยะห่างทางพันธุกรรมเท่ากับ 2.56% จากการศึกษายังพบว่า รูปแบบ haplotypes จากการย่อย intergenic COI-COII ด้วย Alu I สามารถแสดงความถี่ของ lineages A และ B ได้อย่างแม่นยำ ส่งผลให้การวิเคราะห์ความถี่ phylogenetic lineages ในกุ้งกุลาดำมีความง่ายขึ้น ค่าเฉลี่ยของ haplotype diversity มีค่าเท่ากับ 0.851 ? 0.001 ในขณะที่ค่าเฉลี่ย nucleotide diversity ภายใน และ ระหว่างตัวอย่างมีค่าเท่ากับ 2.793% และ 2.832% ตามลำดับ ทั้งนี้พบว่า nucleotide divergence ของ 5 กลุ่มตัวอย่างมีค่าเท่ากับ 0.038% แสดงถึงการแบ่งแยกโครงสร้างทางพันธุกรรมของประชากรกุ้งกุลาดำในประเทศไทย เมื่อทำการวิเคราะห์ geographic heterogeneity พบว่ากุ้งกุลาดำจากฝั่งทะเลอันดามันมีความแตกต่างทางพันธุกรรมกับกุ้งกุลาดำ จากฝั่งอ่าวไทยอย่างมีนัยสำคัญยิ่งทางสถิติ (P < 0.0001) จากการทดลองครั้งนี้สามารถแบ่งกุ้งกุลาดำที่ศึกษาออกเป็น 2 กลุ่มประชากร (stocks) ประกอบด้วย ประชากร A (สตูล ตรัง และ พังงา) และประชากร B (ชุมพร และ ตราด) ผลจากการศึกษาครั้งนี้ยังแสดงถึง biased female gene flow ระหว่าง ชุมพร และ ตราด ซึ่งลักษณะดังกล่าวยังไม่เคยมีรายงานในกุ้งสกุล Penaeus มาก่อน