นกยูงไทย (Pavo muticus) เป็นสัตว์ป่าใกล้สูญพันธุ์ (Endangered species) ของไทย ขณะที่ IUCN จัดให้อยู่ในสถานะภาพมีแนวโน้มสูญพันธุ์ (Vulnerable species) ห้วยขาแข้งเป็นพื้นที่ที่มีความสำคัญของนกในประเทศไทย เพราะพบนกที่หายากและถูกคุกคามของไทย เช่นนกยูง นอกจากนั้นยังเป็นผืนป่าต่อเนื่องกันใหญ่ที่สุด และมีประชากรนกยูงมากที่สุดของไทย การศึกษาการแพร่กระจายและความชุกชุมของนกยูงในแม่น้ำห้วยขาแข้งเปรียบเทียบกันระหว่างการศึกษาในเดือนมีนาคม 2549 และเดือนมกราคม 2551 พบว่าการแพร่กระจายของนกยูงในพื้นที่ที่ศึกษาในครั้งหลัง นกยูงแพร่กระจายลงมาทางใต้อีกราวกิโลเมตรครึ่งซึ่งอยู่ในอุทยานแห่งชาติเขื่อนศรีนครินทร์ ที่โคออร์ดิเนทที่ 1646340N และ 0511216E แต่ความชุกชุมของนกยูงทั้งตัวและร่องรอยเพิ่มขึ้นทั้งห้วยทับเสลา ห้วยสองทาง แม่น้ำแม่กลอง และเขื่อนศรีนครินทร์ตอนเหนือ มีค่าเท่ากับ 1.43, 0.90, 1.04, 0.33, และ 5.43, 1.40, 2.80, 1.42 ตัวต่อกิโลเมตรตามลำดับ แต่ในห้วยขาแข้งตั้งแต่หน่วยเก่ากรึงไกรไปถึงปากแม่น้ำมีความชุกชุมลดลงจาก 2.07 เป็น 0.64 ตัวต่อกิโลเมตร ทั้งนี้เนื่องจากสภาพทางกายภาพเปลี่ยนแปลง นอกจากนั้นการรบกวนจากมนุษย์และกิจกรรมต่างๆ มีผลต่อความชุกชุมของนกยูงในพื้นที่ด้วย