การปรับปรุงพันธุ์มะเขือเทศต้านทานโรคโดยใช้ DNA marker ชนิด RFLP และ CAPS ช่วยคัดเลือก สามารถย่นระยะเวลาและขั้นตอนในการคัดเลือกได้มาก เชื้อพันธุกรรมมะเขือเทศที่เป็นแหล่งของยีนต้านทานโรค และการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่าง ยีนต้านทานโรคและตำแหน่งบนแผนที่โครโมโซมของยีนนั้นๆ ทำให้สามารถนำDNA Marker ที่มีตำแหน่งอยู่ใกล้ยีนต้านทานโรค มาใช้เป็นเครื่องมือช่วยคัดเลือกลักษณะต้านทานโรคนั้นได้ ปัจจุบันในโครงการปรับปรุงพันธุ์มะเขือเทศต้านทานโรคได้ใช้ DNA marker สำหรับยีนต้านทานโรค 7 โรค ได้แก่ โรคทางรากที่เกิดจากไส้เดือนฝอย โรคไวรัส TMV โรคไวรัส Tomato spotted wilt โรคเหี่ยวที่เกิดจากเชื้อ Fusarium โรคราแป้งที่เกิดจากเชื้อ Leveillula taurica โรคใบจุดที่เกิดจากเชื้อ Pseudomonas syringae pv. tomato และโรคเหี่ยวที่เกิดจากเชื้อ Ralstonia solanacearum เพื่อใช้คัดเลือกมะเขือเทศในการผสมกลับ คาดว่าจะได้มะเขือเทศพันธุ์ต้านทานโรคที่เหมาะสมกับสภาพแวดล้อมของประเทศไทย และสามารถถ่ายทอดเทคโนโลยีให้กับนักปรับปรุงพันธุ์มะเขือเทศ และบริษัทเมล็ดพันธุ์ได้