ไนโตรเจนเป็นธาตุที่มีความสำคัญชนิดหนึ่งในการจัดการระบบการเพาะเลี้ยงสัตว์ น้ำ สารประกอบไนโตรเจนในการเลี้ยงกุ้งทะเลมีการเปลี่ยนแปลงโดยกระบวนการที่ เกี่ยวข้องกับสิ่งมีชีวิตในระบบนิเวศของบ่อเลี้ยงกุ้ง การศึกษาของโครงการศึกษาการหมุนเวียนของไนโตรเจนในบ่อเลี้ยงกุ้งทะเลแบบปิด หมุนเวียนครั้งนี้ ได้เปรียบเทียบกับการเลี้ยงกุ้งระบบเปิด พบว่าไนโตรเจนที่เติมลงไปในบ่อในรูปของอาหารกุ้งมีปริมาณไม่แตกต่างกันมาก นัก แต่ไนโตรเจนที่สะสมในน้ำของบ่อเลี้ยงกุ้งระบบปิดหมุนเวียนเพิ่มขึ้นของเร็ว กว่าการเลี้ยงกุ้งระบบเปิด โดยที่สารประกอบไนโตรเจนในน้ำส่วนใหญ่จะเป็นสารประกอบไนโตรเจนอินทรีย์ละลาย และไนโตรเจนอินทรีย์ในอนุภาค และมีไนโตรเจนในปริมาณถึงเกือบ 70% ที่ไม่ได้สะสมอยู่ในน้ำแต่จะไปสะสมอยู่ในตัวกุ้งและตะกอนดินพื้นบ่อ การเปลี่ยนแปลงสารประกอบไนโตรเจนในน้ำมีกระบวนการหลักคือ ไนตริฟิเคชันที่พบการค่อนข้างน้อยในช่วงแรกของการเลี้ยงและพบมากขึ้น เมื่อเลี้ยงกุ้งได้เกือบ 2 เดือน อัตราการเกิดกระบวนการไนตริฟิเคชันขั้นที่ 1 และขั้นที่ 2 ทั้งที่เปลี่ยนแปลงเป็นบวกและลบสลับกัน ชี้ให้เห็นถึงความไม่มีเสถียรภาพของกระบวนดังกล่าวในบ่อเลี้ยงกุ้งและรูปแบบ ความสัมพันธ์ของปัจจัยสิ่งแวดล้อมและการเกิดไนตริฟิเคชันในบ่อเลี้ยงกุ้ง ระบบปิดหมุนเวียนมีความ ซับซ้อนมากกว่าระบบเปิด ตะกอนดินมีบทบาทสำคัญในการควบคุมการหมุนเวียนของไนโตรเจนในบ่อเลี้ยงกุ้ง ปริมาณแอมโมเนีย ไนไตรท์ และไนเตรทในตะกอนดินของบ่อเลี้ยงกุ้งระบบปิดหมุนเวียนมีค่าเฉลี่ยที่สูงกว่า บ่อระบบเปิดเล็กน้อย โดยเฉพาะ ในช่วงที่การเลี้ยงกุ้งเริ่มมีปัญหาการกินอาหาร ดินตะกอนจะมีปริมาณแอมโมเนียและไนโตรเจนรวมอยู่ 70 มก.ไนโตรเจน/กก. ดินแห้ง และ 3,500 มก.ไนโตรเจน/กก. ดินแห้ง บทบาทของตะกอนดินที่มีผลกระทบต่อการกินอาหารลดลงคือ ฟลักซ์ของแอมโมเนียออกจากตะกอนดินและปริมาณสารอินทรีย์ไนโตรเจนละลาย (r2 = 0.74) ที่ทำให้น้ำมีคุณภาพแย่ลงในช่วงที่กุ้งกินอาหารลดลง การนำน้ำใช้เลี้ยงกุ้งแล้ว 1 รุ่น (ปริมาณ 55% ของปริมาตรน้ำทั้งหมดที่ใช้เลี้ยงกุ้ง) นำกลับมาใช้ใหม่อีกครั้งในการเลี้ยงกุ้งระบบปิดหมุนเวียน เปรียบเทียบกับการเลี้ยงกุ้งระบบเปิด พบว่า กุ้งที่เลี้ยงในบ่อระบบปิดหมุนเวียนจะมีน้ำหนัก ความยาว อัตราการเจริญเติบโต ปริมาณการกินอาหารสะสม และผลผลิตที่สูงกว่ากุ้งในบ่อเลี้ยงระบบเปิด โดยเท่ากับ 7.81?2.00 ก., 9.7?0.9 เซนติเมตร, 0.085 ก./ตัว/ว., 1,152 กก. และ 930.2 กก./บ่อ (465 กก./ไร่) ตามลำดับ ส่วนการสะสมของสารประกอบไนโตรเจนตลอดการเลี้ยง พบว่าไม่มีความแตกต่างกันของปริมาณไนโตรเจนสะสมในบ่อเลี้ยงอันเนื่องมากจาก การให้อาหาร และปริมาณ ไนโตรเจนรวมในน้ำ ถึงแม้ว่าจุดเริ่มต้นของการเลี้ยงในน้ำของบ่อเลี้ยงกุ้งระบบปิดหมุนเวียนมี ไนโตรเจนรวมสูงกว่าบ่อเลี้ยงกุ้งระบบเปิด การศึกษาดุล (Budget) ของธาตุไนโตรเจนในการเลี้ยงกุ้งระบบปิดหมุนเวียน โดยใช้ผลการเลี้ยงกุ้งในครั้งที่ 1 ซึ่งมีค่าอัตราแลกเนื้อค่อนข้างสูงคือ 3.08 และ 4.01 พบว่า พบว่าไนโตรเจนเข้าสู่ระบบของการเลี้ยงกุ้งในปริมาณมากจาก 2 ทางคือ การให้อาหาร และฟลักซ์สุทธิที่ตะกอนดินปล่อยออกจากบ่อเลี้ยงกุ้ง โดยมีค่า194.84 และ 336.96 กก./รุ่น ในการเลี้ยงกุ้งระบบเปิด และมีค่า191.91 และ 705 กก./รุ่น และไนโตรเจนออกจากระบบนั้น พบว่าในกุ้งที่จับได้และน้ำทิ้งในระหว่างเลี้ยงมีค่า 30.93 และ 180.17 กก./รุ่น และ 23.42 และ 67.49 กก./รุ่นในการเลี้ยงกุ้งระบบเปิดและระบบปิดหมุนเวียนตามลำดับ ผลจากการดุลไนโตรเจนทำให้สมารถประเมินอัตราการปล่อยก๊าซไนโตรเจนจาก ปฏิกิริยาดีไนตริฟิเคชัน (N2 loss) เท่ากับ 49.08 กก./รุ่น ซึ่งเท่ากับ 25.6% ของไนโตรเจนในอาหาร ในบ่อเลี้ยงกุ้งระบบเปิด และเท่ากับ 124.04 กก./รุ่น ซึ่งเท่ากับ 64.6% ของไนโตรเจนในอาหาร