สร้างแผนที่พันธุกรรมของกุ้งกุลาดำประเทศไทย โดยใช้ไพรเมอร์เอเอฟแอลพีจำนวน 117 คู่ผสม โดยทำการวิเคราะห์กับตัวอย่างกุ้งกุลาดำลูกผสมรุ่นที่ 2 (G2) จากพ่อแม่เดียวกันจำนวน 100 ตัวอย่าง ผลการวิเคราะห์ได้ตรวจพบเครื่องหมายพันธุกรรมชนิดเอเอฟแอลพีที่มีโพลิมอร์ฟิ ซึมจำนวน 462 เครื่องหมาย โดยเครื่องหมายเอเอฟแอลพีจำนวน 72 และ 27 แถบมีความสัมพันธ์เบื้องต้นอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติกับน้ำหนักและเพศกุ้ง ตามลำดับ (P < 0.05) ในจำนวนนี้มีเครื่องหมายเอเอฟแอลพีจำนวน 26 เครื่องหมายที่นำมาพัฒนาเป็นเครื่องหมายพันธุกรรมชนิด SCAR เมื่อนำไพรเมอร์ดังกล่าวไปวิเคราะห์กับตัวอย่างดีเอ็นเอของกุ้งกุลาดำ พบว่ามีไพรเมอร์ 11 คู่ที่ให้แถบดีเอ็นเอที่โพลิมอร์ฟิซึมทั้งหมด 26 แถบ ในจำนวนนี้มี 5 และ 4 แถบ ที่มีความสัมพันธ์เบื้องต้นกับน้ำหนักและเพศกุ้งอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ ตามลำดับ (P < 0.05) เมื่อนำเครื่องหมายพันธุกรรมทั้งหมดมาวิเคราะห์พบว่าเครื่องหมายเอเอฟแอลพี จำนวน 233 เครื่องหมายและเครื่องหมายSCAR จำนวน 21 เครื่องหมาย มีค่า segregation ratio เท่ากับ1:1 และมีความแตกต่างในพ่อและแม่กุ้ง จึงเครื่องหมายพันธุกรรมดังกล่าวได้นำมาสร้างแผนที่พันธุกรรมของกุ้งกุลาดำ ของประเทศไทยโดยใช้โปรแกรม MAPMAKER 3.0 ที่ค่า LOD เท่ากับ 3.0 และค่า recombination fraction เท่ากับ 0.5 ผลการวิเคราะห์พบว่าแผนที่พันธุกรรมของกุ้งตัวเมียและกุ้งตัวผู้ประกอบด้วย 31 และ 20 กลุ่มลิงค์เกจ มีผลรวมระยะห่างระหว่างเครื่องหมายเท่ากับ 761 cM และ 614 cM ตามลำดับ โดยในแผนที่พันธุกรรมของกุ้งตัวเมียประกอบด้วยเครื่องหมายเอเอฟแอลพี จำนวน 86 เครื่องหมาย และเครื่องหมายSCAR จำนวน 10 เครื่องหมาย และแผนที่พันธุกรรมของกุ้งกุลาดำตัวผู้ประกอบด้วยเครื่องหมายเอเอฟแอลพี จำนวน 64 เครื่องหมาย และเครื่องหมายSCAR จำนวน 7 เครื่องหมาย ได้นำแผนที่พันธุกรรมมาวิเคราะห์หาตำแหน่ง QTLs โดยใช้โปรแกรม NQTL พบ QTL 2 ตำแหน่งคือ qG1947m ซึ่งมีความสัมพันธ์กับน้ำหนักกุ้งโดยมีค่า PVE เท่ากับ 13.8% และ qS1041f ซึ่งมีความสัมพันธ์กับเพศกุ้งโดยมีค่า PVE เท่ากับ 14.0% ทำการค้นหาไมโครแซทเทไลต์ชนิด Type I จากฐานข้อมูล EST ของกุ้งกุลาดำจำนวน 10100 โคลน พบESTจำนวน 997 EST ที่มีไมโครแซทเทไลต์ โดยพบไมโครแซทเทไลต์ ที่มีเบสซ้ำชนิด AT มากกว่าเบสซ้ำชนิดอื่นๆ ทั้งนี้เมื่อทำการเปรียบเทียบความเหมือนของ ESTที่มีไมโครแซทเทไลต์ กับฐานข้อมูล GenBank สามารถแบ่งกลุ่มเป็นESTที่มีลำดับนิวคลีโอไทด์เหมือนกับยีนที่ทราบหน้าที่ จำนวน 8.6% ESTที่เหมือนกับ hypothetical protein จำนวน 27.8% และ ESTที่ไม่เหมือนกับข้อมูลในฐานข้อมูลจำนวน 63.6% เมื่อตรวจสอบความหลากหลายของไมโครแซทเทไลต์กับตัวอย่างกุ้งจากธรรมชาติจำนวน 35