มะละกอ ( Carica papaya L. ) ที่ปลูกในประเทศไทยจำนวน 30 พันธุ์ ได้ศึกษาความสัมพันธุ์ทางพันธุกรรมโดยใช้เทคนิค Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) จากการใช้ไพรเมอร์ชนิด EcoRI และ MseI จำนวน 12 คู่ ให้แถบ DNA ทั้งสิ้น 734 แถบ โดย 485 markers เป็นเครื่องหมายโมเลกุลที่ให้ polymorphism ระหว่างตัวอย่าง คิดเป็น 66.08 เปอร์เซ็นต์ของเครื่องหมายโมเลกุลทั้งหมด ค่า Polymorphic Information Contents (PICs) มีค่าระหว่าง 0.00-0.50 โดย 235 markers หรือ 48.45 เปอร์เซ็นต์ของเครื่องหมายโมเลกุล มีค่า PIC อยู่ในช่วง 0.00-0.05 และ 47 markers หรือ 9.70 เปอร์เซ็นต์ของเครื่องหมายโมเลกุล มีค่า PIC อยู่ในช่วง 0.15-0.20 ค่าเฉลี่ย PIC มีค่า 0.202 ค่าความเหมือนทางพันธุกรรมคำนวณตามวิธีของ Nei (Nei Similarity Coefficient) มีค่าระหว่าง 0.74-0.90 เมื่อวิเคราะห์โดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์ NTSYSpc 2.02 i เพื่อแบ่งกลุ่มตัวอย่างมะละกอโดยวิธี UPGMA สามารถแบ่งมะละกอออกเป็น 6 กลุ่ม การจัดกลุ่มด้วยวิธีการนี้ให้ผลสอดคล้องกับการจัดด้วยลักษณะทางสัณฐานวิทยา และสัมพันพันธ์กับแหล่งที่มาของพันธุ์มะละกอ ข้อมูลพื้นฐานทางพันธุกรรมเหล่านี้จะเป็นประโยชน์กับการปรับปรุงพันธุ์ มะละกอในอนาคต