การพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุล SSR โดยวิธีมาตรฐานเป็นวิธีที่มีขั้นตอนเกี่ยวข้องหลายขั้นตอน ใช้เวลาในการพัฒนาและค่าใช้จ่ายสูง แต่เมื่อพัฒนาได้แล้วเครื่องหมายโมเลกุล SSR เป็นเครื่องหมายที่สามารถนำไปใช้ได้อย่างสะดวก และมีประสิทธิภาพในการวิเคราะห์จีโนไทป์เนื่องจากสามารถแสดงจีโนไทป์แบบข่ม ร่วม ให้โพลิมอร์ฟิซึมสูงระหว่างจีโนไทป์ และมีความแน่นอนในการทำการทดลองซ้ำ ในปัจจุบันการค้นพบเครื่องหมายโมเลกุล SSR ใน ESTs ทำให้การพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุล SSR ทำได้ง่ายมากขึ้นโดยการทำเหมืองข้อมูลจากฐานข้อมูล EST ในอ้อยมีฐานข้อมูล SUCEST (the sugarcane expressed sequence tag project) ที่นับเป็นฐานข้อมูล ESTs ที่มีความสมบูรณ์มาก สามารถนำมาใช้ประโยชน์ได้อย่างหลากหลายโดยเฉพาะในด้านการปรับปรุงพันธุ์อ้อย ในการวิจัยนี้เป็นการพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุล SSR จากเหมืองข้อมูล ESTs ทั้งหมดของฐานข้อมูล SUCEST ซึ่งมีจำนวน 42,890 กลุ่ม จากคลังข้อมูล cDNA ที่พัฒนาจากเนื้อเยื่ออ้อยจำนวน 36 ชนิด ลำดับเบส SSR ที่วิเคราะห์ได้จากฐานข้อมูลจะถูกเลือกเพื่อพัฒนาเป็นเครื่องหมายโมเลกุล ประมาณ 400 เครื่องหมาย จากนั้นจะทำการวิเคราะห์โพลีมอฟิซึมระหว่างคู่พ่อแม่ Phil6607 x S6 (S. spontaneum) ซึ่งใช้ในการสร้างแผนที่ AFLP ของอ้อยจากการทดลองก่อนหน้านี้ เครื่องหมาย SSR ที่แสดงโพลีมอฟิซึมจะถูกนำไปรวมกับแผนที่ AFLP แผนที่เครื่องหมาย AFLP และ SSR ทั้งหมดจะถูกนำไปวิเคราะห์หา QTLs ของลักษณะต่างๆ ทั้งทางพืชไร่และดรคพืชที่ศึกษาในการทดลอง