การที่เชื้อไข้มาลาเรีย พลาสโมเดียม ฟัลซิปารัม ดื้อต่อยาต้านมาลารียที่ใช้กันอยู่นั้น จึงเป็นความจำเป็นเร่งด่วนในการค้นหายาต้านมาลาเรียใหม่ๆ จากพืชและจุลินทรีย์ เพื่อการรักษาโรคมาลาเรียดื้อยา โครงการนี้มีวัตถุประสงค์หลักเพื่อพัฒนาเทคนิคการตรวจกรองหาสารต้านมาลาเรีย ให้มีประสิทธิภาพสูง และทำการตรวจกรองหาสารต้านมาลาเรียจากพืชและเชื้อจุลินทรีย์บริสุทธิ์สาย พันธ์ต่างๆที่แยกได้จากธรรมชาติและเก็บรักษาโดยศูนย์ไบโอเทค รวมทั้งสารสังเคราะห์จากห้องปฏิบัติการ ได้ทำการพัฒนาระบบตรวจกรองสารต้านมาลาเรีย และนำมาใช้ในการตรวจกรองฤทธิ์ต้านมาลาเรียจำนวน 16,170 ตัวอย่าง โดยพบว่า ร้อยละ 31.8 ของตัวอย่างจากพืชจำนวน 1,915 ตัวอย่างและ ร้อยละ 3.04 ของตัวอย่างจากจุลินทรีย์จำนวน 13,664 ตัวอย่าง มีฤทธิ์ต้านมาลาเรียที่ความเข้มข้นน้อยกว่า 20 ไมโครกรัมต่อมิลลิลิตร เมื่อวิเคราะห์ตัวอย่างจากจุลินทรีย์จำนวน 3,276 สายพันธ์ ที่ได้ทำการตรวจกรองใน 5 ปีทีผ่านมา (พ.ศ. 2539-พ.ศ. 2544) โดยจำแนกตามกลุ่มพบว่า กลุ่มเชื้อจุลินทรีย์ที่พบต้านมาลาเรียมากกว่าร้อยละ 10-20 ของสายพันธุ์ที่ทอสอบจัดอยู่ในกลุ่ม streptomyces (ร้อยละ 19) soil fungi (ร้อยละ 17) alkaline fungi (ร้อยละ 17) mushroom (ร้อยละ 13) coelomycete (ร้อยละ 12) และ ราแมลง (ร้อยละ 11) ทางศูนย์ฯได้ทำการแยกสารเพื่อหาสารต้านมาลาเรียจากจุลินทรีย์เหล่านี้ไปแล้ว หลายชนิดทั้งในกลุ่มของ Cordyceps, Xylaria, Paecelomyces และอื่นๆโดยมุ่งเน้นหาสรต้านมาลาเรียเพื่อการพัฒนาเป็นยาต้านมาลาเรียต่อไป