การวิจัยครั้งนี้มีวัตถุประสงคเพื่อศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมและจำแนกกลุ่มพันธุกรรมของโค พื้นเมืองไทยด้วยการวิเคราะห์ความหลากหลายของขนาดไมโครเซทเทิลไลท์และความหลากหลายของลำดับเบสของ ดีเอ็นเอของไมโตคอนเดรียที่บริเวณ D-loop การวิจัยครั้งนี้ใช้โคพื้นเมืองจาก 4 สานพันธุ์หลัก ได้แก่ โคขาวลำพูน โค อีสาน โคลาน และโคซน จากภาคเหนือ ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ภาคกลาง และภาคใต้ ภายใต้โครงการการศึกษา ผลผลิตและระบบการผลิตโคพื้นเมืองของเกษตรกรโดยการสนับสนุนจากกองทุนสนับสนุนการวิจัย (สกว.) ทำการสุ่ม โคประมาณ 20-30 ตัวต่อสายพันธุ์ จากแต่ละพื้นที่ รวมโคที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้ 10 8ตัว การวิเคราะห์ไมโครเซทเทิลไลท์ จำนวน 20 ตำแหน่ง รวม 193 อัลลีน พบว่าขนาด (fragment size) และจำนวนอัลลีนของไมโครเซทเทิลไลท์ที่ พบในการศึกษาครั้งนี้มีความหลากหลายกว่าที่เคยมีรายงานไว้ในโคพันธุ์ต่างประเทศอื่นๆ ในทุกตำแหน่ง โดยพบอัลลีน ใหม่ที่แตกต่างจากโคพันธุ์ต่างประเทศหลายอัลลีล ซึ่งแสดงให้เห็นว่าโคพื้นเมืองไทยมีความหลากหลายทาง พันธุกรรมค่อนข้างสูง เมื่อพิจารณาจากค่า heterozygosity พบว่าพันธุกรรมของโคพื้นเมืองไทยในแต่ละภาคมีความ หลากหลายของยีนแต่ละตำแหน่งแตกต่างกัน การวิเคราะห์การจัดกลุ่มโคพื้นเมืองจากระยะห่างทางพันธุกรรม (Nei’s genetic distance) ด้วย phylogenetic tree พบว่า โคพื้นเมืองภาคใต้มีพันธุกรรมแตกต่างจากโคพื้นเมืองกลุ่มอื่นๆ มากที่สุด โดยมีระยะห่างทางพันธุกรรมมากกว่า 63% โคภาคเหนือนั้นสามารถจำแนกออกจากโคกลุ่มอื่น ๆ ได้เช่นกัน ขณะที่โคภาคกลางและโคภาคอีสานมีพันธุกรรมใกล้ชิดกันและยังไม่สามารถจำแนกพันธุกรรมออกจากกันได้อย่าง ชัดเจน ซึ่งสอดคล้องกับพันธุกรรมของบริเวณ D-loop ของไมโตคอนเดรีย ซึ่งพบว่าโคพื้นเมืองไทยกลุ่มภาคใต้และ ภาคเหนือนั้นมีพันธุกรรมที่สามารถจำแนกออกจากโคกลุ่มอื่น ๆ ในขณะที่กลุ่มโคอีสานและภาคกลางนั้นยังไม่ สามารถจำแนกพันธุกรรมออกจากกันได้อย่างชัดเจนเช่นกัน อย่างไรก็ตามผลการวิเคราะห์พันธุกรรมรายตัวด้วยการ วิเคราะห์ CCC-plot (Cubic Criterion Clustering – Plot) พบว่าจำนวนกลุ่มโคพื้นเมืองไทยมีพันธุกรรมที่แตกต่างกัน เพียงพอในการจำแนกออกเป็นกลุ่ม โดยจำนวนกลุ่มที่เหมาะสมควรเป็น 4 กลุ่ม การวิเคราะห์โครงสร้างทาง พันธุกรรมพบว่าโคพื้นเมืองในแต่ละสายพันธุ์มีความแตกต่างทางพันธุกรรมไม่มากนัก (FST = 0.043) แต่มีความ หลากหลายของพันธุกรรมโครายตัวภายในแต่ละพันธุ์ค่อนข้างสูง การศึกษาครั้งนี้พบอัลลีลที่สามารถใช้เป็นดีเอ็นเอ บ่งชี้โคพื้นเมืองในแต่ละกลุ่มได้โดยมีความน่าจะเป็นทำนายถูกต้องแตกต่างกัน โดยพบว่ามี microsatellite จำนวน 5 ตำแหน่ง ที่มีความเกี่ยวข้องกับการจำแนกโคพื้นเมือง และใช้ในการทำนายโคกลุ่มภาคเหนือและภาคกลาง ได้แม่นยำมากกว่า 70% This research aimed to study the genetic diversity and genetic classification of Thai Native cattle using fragment polymorphisms of microsatellites and nucleotide polymorphisms at D-loop of mitochondria. Four varieties of native cattle: North, Northeast (Esarn), Central, and South from the North, Northeast, Central, and South of Thailand under TRF production system project were used in the study. Twenty to thirty cattle per area was sampled. A total of 108 cattle were used. The analysis of 193 alleles from 20 loci of microsatellites found that the fragment size and number of alleles in Thai native callte were higher than previous reports in extotic breeds in all loci. Several new alleles were found. This result showed that Thai native cattle have flourishing of genetic diversity. The analysis of heterozygosity revealed that each variety of Thai native cattle has different allelic polymorphisms. The phylogenetic analysis from Nei’s genetic distance showed that Southern native cattle group was different from other groups with genetic distance between groups over 63%. The Northern native cattle could also be classified into different group. The cattle from Esarn and Central were difficultt to show the differentiation. The nucleotide analysis at D-loop of mitochondria showed that Southern and Norhern native cattle could be notably classified from other groups while E-sarn and Central native cattle were difficult to differentiate, which was agreeable with the microsattlite analysis. However, the CCC plot revealed that Thai native cattle should be genetically divided into four groups. The analysis of genetic structure showed the lightly of genetic difference between four groups (FST = 0.043), however, the genetic diversity in individual level was found very high. This study also found the specific alleles for using as marker to indicate the gentic group of Thai native cattle with the various percent of correctedness. It was found that five loci of microsatellite were found associate the genetic group. The markers from this study could be used to classify Thai native cattle from the North and Central with concodance greater than 70%.