บทเรียนของการเปลี่ยนแปลงสังคมไทยตั้งแต่ปี พ.ศ.2535 สรุปได้ว่าพลังขับเคลื่อนการแก้ปัญหาสังคมที่สำคัญอยู่ที่ความร่วมมือระหว่างภาคประชาสังคม การเมืองและวิชาการ ทางด้านสุขภาพนั้นมีการเคลื่อนไหวทางประชาสังคมอย่างมาก มีนักการเมืองร่วมเคลื่อนไหวอย่างเต็มที่ เช่น การปฏิรูประบบสุขภาพ การประกันสุขภาพถ้วนหน้าเป็นต้น การกระจายอำนาจและกระจายความเจริญเป็นมิติที่สำคัญในวิวัฒนาการนี้ การกระจายดังกล่าวจะต้องเกิดขึ้นควบคู่กับการเจริญเติบโตทางวิชาการขององค์กรวิชาการในส่วนภูมิภาค มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์เป็นมหาวิทยาลัยในภูมิภาคเป็นที่ยอมรับในระดับชาติและนานาชาติ มีผลงานวิชาการด้านชุมชนอยู่ไม่น้อย แต่ยังไม่ได้เชื่อมอยู่กับกิจกรรมประชาสังคมมากนัก การขับเคลื่อนให้มีการวิจัยและพัฒนาที่ตอบสนองความต้องการของภาคได้อย่างต่อเนื่องเป็นระยะยาว จะต้องมีสถาบันที่จัดการเรื่องนี้เป็นจุดหลัก สถาบันวิจัยและพัฒนาสุขภาพภาคใต้ (วพส.) จึงจัดตั้งขึ้นเมื่อเดือนมกราคม พ.ศ.2547 เพื่อความร่วมมือด้านการวิจัยและการใช้ประโยชน์จากผลงานวิจัยระหว่างสำนักงานกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ (สสส.) สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย (สกว.) และมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ โดยมีหน่วยระบาดวิทยาเป็นผู้รับผิดชอบ สสส. และ สกว. สนับสนุนมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ในการจัดตั้งและดำเนินงานของ วพส. เป็นระยะเวลา 3 ปี (ระหว่างวันที่ 2 เดือนมกราคม 2547 ถึงวันที่ 1 มกราคม 2550) โดยแบ่งการสนับสนุนเป็น 2 ระยะ ระยะที่ 1 เป็นเวลา 6 เ ดือน ระหว่าง 2 มกราคม ถึง 1 กรกฎาคม 2547 ได้รับงบประมาณ 5,310,000 บาท เพื่อเป็นค่าใช้จ่ายในการจัดตั้งองค์กรให้เป็นหลักเป็นฐานและมีธรรมาภิบาลในระบบมหาวิทยาลัย จัดตั้งสำนักงาน สร้างและแสวงหาพันธมิตรจัดการให้ได้ข้อมูลพื้นฐานอื่น ๆ ของภาคใต้ในระยะแรก ผลการดำเนินงานในระยะที่ 1 คือ การจัดตั้งสถาบันโดยผ่านความเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัย ปรับปรุงห้องเพื่อเป็นสำนักงาน การวางระบบบริหารจัดการให้เป็นไปตามหลักธรรมาภิบาล ดำเนินงานตามยุทธศาสตร์ที่ได้วางไว้ ดังตัวอย่างโครงการที่สำคัญ เช่น โครงการประชุมระดมสมอง เรื่อง “นักวิชาการ งานวิจัยและชุมชนภาคใต้” โครงการศึกษาความเป็นไปได้ของการขยายบทบาทคณะแพทยศาสตร์ในการพัฒนาการแพทย์และสาธารณสุขในเขตสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ ควบคู่กับการผลิตแพทย์แบบใหม่ โครงการบัณฑิตอาสา เป็นต้น ระยะที่ 2 เป็นเวลา 2 ปี 6 เดือน ระหว่าง 2 กรกฎาคม 2547 ถึง 1 มกราคม 2550 ร่างงบประมาณสนับสนุน 84,690,000 บาท สำหรับสร้างองค์ความรู้และระดมนักวิชาการชั้นสูงของภาคใต้ แผนการดำเนินงานในระยะที่ 2 คือ การดำเนินงานตาม 3 ยุทธศาสตร์ที่ได้วางไว้ คือหนึ่ง สนับสนุนและเสริมความเข้มแข็งด้านวิชาการของสาขาระบาดวิทยาและสาขาวิชาการอื่น ๆ รวมทั้งสร้างนักวิชาการรุ่นใหม่ สอง พัฒนาระบบจัดการงานวิจัยและการจัดการความรู้ของชุดโครงการวิจัย ทำงานร่วมกับหน่วยส่งเสริมวิจัยอื่น ๆ ในภูมิภาคและเปิดช่องทางใหม่เพื่อการสื่อสารทางวิชาการกับชุมฃนโดยตรง สาม วิเคราะห์ทิศทางการพัฒนาสุขภาพภาคใต้ เพื่อสนับสนุนให้เกิดการวิจัยไปในทิศทางที่เหมาะสม การดำเนินงานตามยุทธศาสตร์ ได้มีการระดมนักวิชาการชั้นสูงร่วมกันวางประเด็นและแผนงานเบื้องต้น 5 ชุดโครงการ คือ ชุดโครงการ Southern Health Watch, ชุดโครงการ Safety and Health Protection, ชุดโครงการ Innovative Product for Self Health, ชุดโครงการ Culture, Lifestyle and Health และชุดโครงการ Health Responsiveness และเกิดชุดโครงการอื่น ๆ ได้ตามความเหมาะสม