จุลินทรีย์กลุ่มหลักที่พบในกระบวนการผลิตขนมจีนแป้งหมัก คือ แบคทีเรียกรดแล็กทิกและปริมาณของเชื้อมีความสัมพันธ์กับ % Titratable acidity (%TA) ของกรดแล็กทิกที่เปลี่ยนแปลงในระหว่างการผลิต เมื่อจำแนกระดับจีนัสของแบคทีเรียกรดแล็กทิกที่คัดแยกได้ 253 ไอโซเลตจากข้าวหมักของโรงงานแสงจันทร์ (RE) และสถานประกอบการบ้านประโดก(PD) จีนัสหลักที่พบคือ ~iLactobacillus~i รองลงมาคือ ~iLeuconostoc, Enterococcus,Lactococcus, Pediococcus~i และ ~iStreptococcus~i เกณฑ์การคัดเลือกแบคทีเรียกรดแล็กทิกเบื้องต้นพิจารณาจากคุณสมบัติในการย่อยสตาร์ช การสร้างกรด และการยับยั้งจุลินทรีย์ก่อโรค พบว่า ไอโซเลต RE33 และ PD110 สามารถย่อยสาตร์ชได้ และไอโซเลต PD110 ยังสามารถผลิตกรดสูงถึง 1.2 เปอร์เซ็นต์ ไอโซเลต PD26, PD28, PD32, PD40, PD51, PD55, PD110,PD112 และ PD128 มีความสามารถยับยั้งการเจริญของ ~iBacillus cereus, Eshcherichia coli,Samonella~i Typhimurium และ ~iStaphylococcus aureus~i โดยเฉพาะไอโซเลต PD40,PD51, PD112 และ PD128 สามารถผลิตสารยับยั้ง ~iS. aureus~i ได้ 66.67, 33.33, 66.67และ 133.33 ยูนิต/มิลลิลิตร ตามลำดับ นอกจากนี้ไอโซเลต PD55, PD110, PD112 และ PD128สามารถทำลาย ~iS. aureus~i และ ~iE. coli~i ในข้าวหมักได้หมดภายใน 44 ชั่วโมง เมื่อจำแนกระดับสปีชีส์ของแบคทีเรียกรดแล็กทิกที่คัดเลือกจากคุณสมบัติต่าง ๆ พบว่า ไอโซเลต PD26,PD51 และ PD110 จัดเป็น ~iLactobacillus plantarum~i ไอโซเลต RE33, PD32, PD40,PD55 และ PD112 จัดเป็น ~iLb. cellubiosus~i ไอโซเลต PD28 จัดเป็น ~iEnterococcusfaecalis~i ขณะที่ไอโซเลต PD128 จัดเป็น ~iLeuconostoc lactis~i ผลการตรวจสอบความไวต่อปฏิชีวนะ 14 ชนิด โดยวิธี disc diffusion พบว่าเกือบทุกสายพันธุ์ต้านทานต่อสารปฏิชีวนะ5 ชนิด ได้แก่ Vancomycin, Kanamycin, Norfloxacin, Ciprofloxacin และ Polymycin Bและทุกสายพันธุ์ไวต่อ Penicillin G, Ampicillin, Cephazolin, Tetracycline,Chloramphenical, Erythromycin, Clindamycin นอกจากนี้ เกือบทุกสายพันธุ์ไวต่อ Nitrofuratoinและ Furazolidone เมื่อศึกษาอัตราการรอดชีวิตในสภาวะกระเพาะอาหาร และลำไส้เล็กจำลอง พบว่า~iLb. plantarum~i PD110 และ ~iLeuco. lactis~i PD128 เป็นสายพันธุ์ที่มีอัตราการรอดชีวิตสูงกว่าสายพันธุ์อื่นที่ศึกษา และเมื่อมีขนมจีนร่วมอยู่ด้วยจะช่วยให้อัตราการรอดชีวิตเพิ่มขึ้น การศึกษาใช้ ~iLb. plantarum~i PD110 ~iLeuco. lactis~i PD128และ ~iLb. cellobiosus~i RE33 เป็นกล้าเชื้อผลิตขนมจีนแป้งหมัก พบว่า ~iLb. plantarum~iPD110 และ ~iLeuco. lactis~i PD128 สามารถทำลาย ~iS. aureus,~i Coliform และ ~iE. coli~iได้หมดตั้งแต่ขั้นตอนการนอนน้ำแป้ง pH ในขั้นตอนการผลิตลดลง และ %TA ของกรดแล็กทิกเพิ่มขึ้นอย่างมีนัยสำคัญ (P(+,.)0.05) รวมทั้งคุณลักษณะด้านต่างๆ ของขนมจีนแป้งหมักมีคุณภาพดีขึ้น