เอนไซม์โปรติเอสของเชื้อ HIV-1 เป็นเอนไซม์ที่มีหน้าที่ตัดโปรตีนที่ไม่ สมบูรณ์เป็นโปรตีนที่สมบูรณ์ ซึ่งกระบวนการนี้มีความสำคัญในวงจรชีวิตและการนำไปสู่ สภาพของเชื้อไวรัสที่สามารถก่อโรคได้ เพราะฉะนั้นจึงทำให้มีผู้ทำการศึกษาเอนไซม์ โปรติเอสของเชื้อ HIV-1 อย่างกว้างขวางทั้งในแง่ความหลากหลายทางพันธุกรรม พฤติกรรมของเอนไซม์และความไวต่อสารยับยั้ง ดังตัวอย่างได้มีการศึกษายีนที่สร้างเอนไซม์โปรติเอสจากกลุ่มคนไข้ที่ติดเชื้อ HIV-1 ซับไทพ์บีที่ได้รับการรักษาโดยยา zidovudine แสดงให้เห็นการเปลี่ยนแปลง ของกรดอะมิโนที่ทำให้เกิดการดื้อต่อยากลุ่มยับยั้งเอนไซม์โปรติเอส ในการทดลองนี้เรา ได้ทำการศึกษาการเปลี่ยนแปลงของเอนไซม์โปรติเอสจากเชื้อไวรัส HIV ซับไทพ์อีที่ระบาด ในประเทศไทย โดยได้ทำการศึกษายีนสร้างเอนไซม์โปรติเอสจำนวน 100 ยีน ซึ่งได้จาก คนไข้ที่ติดเชื้อ HIV ที่ได้รับการรักษาโดยยากลุ่มยับยั้งเอนไซม์รีเวอร์สทรานสคริปเทส แต่ไม่เคยได้รับยากลุ่มยับยั้งเอนไซม์โปรติเอสมาก่อน ผลการศึกษาพบว่ามีการเปลี่ยนแปลง ของกรดอะมิโนเกิดขึ้น รวมทั้งการเปลี่ยนแปลงของ M361 และ V821 ที่เกี่ยวข้องกับการ ดื้อยาในกลุ่มยับยั้งเอนไซม์โปรติเอส อย่างไรก็ตามเอนไซม์โปรติเอสที่ได้มีความคล้าย กับเอนไซม์โปรติเอสที่ได้จากเชื้อ HIV สายพันธุ์ CM240 ซึ่งเป็นสายพันธุ์อ้างอิงของ เชื้อ HIV-1 ซับไทพ์อี แต่มีความแตกต่างกันอย่างชัดเจนเมื่อเปรียบเทียบกับเชื้อไวรัส สายพันธุ์อื่น ๆ นอกจากนี้ยังพบการเปลี่ยนแปลงเกิดขึ้นในส่วนของรอยตัดระหว่าง P6 กับ PR ในขณะที่รอยตัดระหว่าง PR และ RT ไม่พบการเปลี่ยนแปลงเลย