การจำแนกเชื้อสาเหตุของโรคกอตะไคร้อ้อย เปรียบเทียบกับโรคใบขาว และโรคพืช ที่เกิดจากเชื้อไฟโตพลาสมาอื่น ๆ ด้วยวิธี Polymerase chain reaction (PCR) โดยใช้ universal primer ที่สร้างขึ้นจากยีน 16S rRNA ของเชื้อไฟโตพลาสมา พบว่าเชื้อสาเหตุ โรคกอตะไคร้สามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอ และให้รูปแบบดีเอ็นเอที่แตกต่างจากเชื้อ ไฟโตพลาสมาสาเหตุโรคใบขาว และโรคอื่น ให้ดีเอ็นเอ 3 ขนาด คือ (GGS1) 1174 (GGS2) 827 และ (GGS3) 556 เบส การตรวจวินิจฉัย ด้วยเทคนิค Southern blot และ Hybridization พบว่า ดีเอ็นเอ GGS1 มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับดีเอ็นเอขนาด 1174 เบส ของใบขาว faba bean phyllody และ clover proliferation การโคลนดีเอ็นเอที่เพิ่ม ปริมาณจากโรคกอตะไคร้ GGS1 GGS2 และ GGS3 การหาลำดับเบสของดีเอ็นเอ และเปรียบเทียบ กับฐานข้อมูล (GenBank database) พบว่าลำดับเบสของ GGS1 มีความเหมือนกับเชื้อ สาเหตุโรคใบขาว เท่ากับ 93.8% และมีความสัมพันธ์กับเชื้อไฟโตพลาสมาอื่น 78.6- 100% ส่วน GGS2 และ GGS3 มีความสัมพันธ์ 7.3% และ 59.6-81.5% ผลการทดลองนี้สรุปว่า เชื้อสาเหตุของโรคกอตะไคร้ คือ เชื้อไฟโตพลาสมา และมีพันธุกรรมใกล้เคียงกับเชื้อ สาเหตุของโรคใบขาว