การศึกษาการเปลี่ยนแปลงคุณภาพน้ำในแม่น้ำบางปะกง ได้ทำการเก็บตัวอย่างน้ำ เดือนละครั้งระหว่างเดือนมกราคม ถึงเดือนธันวาคม 2542 บริเวณสถานีเก็บตัวอย่าง ทั้งสิ้น 13 สถานี คุณภาพน้ำที่ศึกษาได้แก่ อุณหภูมิน้ำ ความโปร่งใส ความนำไฟฟ้า ของแข็งแขวนลอยทั้งหมด ของแข็งละลายน้ำทั้งหมด ความเป็นด่าง ความกระด้าง ความเค็ม ออกซิเลนละลาย บีโอดี คาร์บอนไดออกไซด์ความเป็นกรดเป็นด่าง ไนไตรท์ไนโตรเจน ไนเตรตไนโตรเจน แอมโมเนียไนโตรเจน ออร์โธฟอสเฟตฟอสฟอรัสทั้งหมด และคลอโรฟิลล์ เอ ผลการศึกษาพบว่า คุณภาพน้ำในแม่น้ำบางปะกงมีค่าเฉลี่ยตลอดลำน้ำ ดังนี้ อุณหภูมิน้ำ 30.0 องศาเซลเซียส ความโปร่งใส 31.4 เซนติเมตร ความนำไฟฟ้า 13,990 ไมโครซีเมนส์ต่อ เซนติเมตร ของแข็งแขวนลอยทั้งหมด 195 มิลลิกรัมต่อลิตร ของแข็งละลายน้ำทั้งหมด 7,801 มิลลิกรัมต่อลิตร ความเป็นด่าง 70 มิลลิกรัมต่อลิตร ความกระด้าง 78 มิลลิกรัมต่อลิตร ความเค็ม 9.1 ส่วนในพัน ออกซิเจนละลาย 5.8 มิลลิกรัมต่อลิตร บีโอดี 2.4 มิลลิกรัม ต่อลิตร คาร์บอนไดออกไซด์ 9.0 มิลลิกรัมต่อลิตร ความเป็นกรดเป็นด่าง 7.13 ไนไตรท์ ไนโตรเจน 0.0445 มิลลิกรัมต่อลิตร ไนเตรตไนโตรเจน 0.2476 มิลลิกรัมต่อลิตร แอมโมเนีย ไนโตรเจน 0.1557 มิลลิกรัมต่อลิตร ออร์โธฟอสเฟต 0.0706 มิลลิกรัมต่อลิตร ฟอสฟอรัสทั้งหมด 0.1687 มิลลิกรัมต่อลิตร และคลอโรฟิลล์ เอ 7.8033 มิลลิกรัมต่อลูกบาศก์เมตร ซึ่งคุณภาพ น้ำที่ทำการตรวจสอบโดยเฉลี่ยทั้งหมด อยู่ในเกณฑ์มาตรฐานแหล่งน้ำธรรมชาติ มีเพียง ค่าเฉลี่ย ความนำไฟฟ้า ของแข็งละลายน้ำทั้งหมด และความเค็ม ที่เกินค่ามาตรฐานแหล่งน้ำ ธรรมชาติที่กำหนดไว้ ทั้งนี้เนื่องจากแม่น้ำบางปะกง ได้รับอิทธิพลจากการรุกล้ำของ น้ำทะเลตามฤดูกาล สำหรับการเปลี่ยนแปลงคุณภาพน้ำระหว่างสถานีเก็บตัวอย่างต่างๆ พบว่า ส่วนใหญ่มี ลักษณะการเปลี่ยนแปลงที่คล้ายคลึงกัน โดยมีแนวโน้มค่าคุณภาพน้ำเพิ่มสูงขึ้น จากบริเวณ ต้นน้ำไปยังบริเวณปลายลำน้ำ เช่น ความนำไฟฟ้า ของแข็งแขวนลอยทั้งหมด ของแข็ง ละลายน้ำทั้งหมด ความเป็นด่าง ความกระด้าง ความเค็ม และความเป็นกรดเป็นด่าง เป็นต้น ส่วนคุณภาพน้ำอื่นๆ มีลักษณะการเปลี่ยนแปลงไม่แน่นอน โดยมีค่าแตกต่างกันในแต่ละสถานี เก็บตัวอย่าง ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับสภาพแวดล้อม เช่น ลักษณะการใช้ประโยชน์ที่ดิน กิจกรรม ต่างๆ ของมนุษย์ และลักษณะพื้นที่หรือลักษณะภูมิประเทศ เป็นต้น อย่างไรก็ตามโดยภาพรวม พบว่าคุณภาพน้ำในแม่น้ำบางปะกง จัดเป็นน้ำที่ยังมีคุณภาพดีอยู่ในเกณฑ์ปกติของแหล่งน้ำ ธรรมชาติทั่วไป ซึ่งสามารถเอื้ออำนวยประโยชน์ต่อการใช้สอยในด้านต่างๆ ต่อไป