ประสิทธิภาพการสกัดน้ำตาล คือ จำนวนร้อยละของน้ำตาลในอ้อยที่สามารถหีบสกัดออก มาได้ ฤดูกาลหีบอ้อยปี 2540/41 โรงงานน้ำตาลในประเทศไทยมีประสิทธิภาพการสกัดน้ำตาล ระหว่างร้อยละ 91.14 ถึง 97.06 หรือค่าเฉลี่ย 94.88 ซึ่งต่ำกว่าเป้าหมายที่ควรจะทำได้คือ ร้อยละ 95 โดยยังมีโรงงานน้ำตาลอีก 16 โรงงานจาก 46 โรงงานทั่วประเทศ มีประสิทธิภาพ การสกัดน้ำตาลต่ำกว่าร้อยละ 95 เนื่องจากปัจจัยเหล่านี้คือ สภาพของอ้อยที่โรงงานรับเข้าหีบ เป็นอ้อยอายุไม่ครบกำหนด ยอดยาว มีกาบใบติดมาก การควบคุมการทำงานของชุดลูกหีบอยู่ใน สภาวะไม่เหมาะสมทำให้ค่าโพลน้ำอ้อยจากลูกหีบชุดสุดท้าย โพลในกากอ้อย ความชื้นในกากอ้อย และการสูญเสียน้ำตาลในกากอ้อยมีค่าสูง อ้อยที่โรงงานรับเข้าหีบเป็นอ้อยไฟไหม้ถึงร้อยละ 57 จากจำนวนอ้อยทั้งสิ้น 42.2 ล้านตัน การเปรียบเทียบคุณภาพของน้ำอ้อยระหว่างอ้อยสดกับอ้อย ไฟไหม้จากลูกหีบชุดที่ 1 พบว่า น้ำอ้อยจากอ้อยสดมีคุณภาพดีกว่าน้ำอ้อยจากอ้อยไฟไหม้ น้ำอ้อย จากอ้อยไฟไหม้มีปริมาณกรดแลคติคทั้งหมด จำนวนแบคทีเรียแลคติดทั้งหมด และปริมาณ เอธิลแอลกอฮอล์สูงกว่าอ้อยสด สาเหตุมาจากกิจกรรมของจุลินทรีย์ ส่งผลต่อการทำลายอ้อยและ การสูญเสียน้ำตาล สำหรับแนวทางในการเพิ่มประสิทธิภาพการสกัดน้ำตาลของโรงงานน้ำตาลนั้น ควรให้ข้อมูลที่ถูกต้องแก่ชาวไร่เพื่อลดปัญหาอ้อยไฟไหม้ เลือกเก็บเกี่ยวอ้อยแปลงที่อายุครบ กำหนด ทางด้านโรงงานต้องควบคุมการทำงานของชุดลูกหีบ ให้อยู่ในสภาวะเหมาะสมเพื่อให้ ค่าโพลน้ำอ้อยจากลูกหีบชุดสุดท้ายต่ำกว่าร้อยละ 2 โพลในกากอ้อยต่ำกว่าร้อยละ 2 ความชื้น ในกากอ้อยอยู่ระหว่างร้อยละ 49-51 และการสูญเสียน้ำตาลในกากอ้อยต่ำกว่าร้อยละ 5 หาก โรงงานน้ำตาลทั้ง 16 โรงงาน ปรับปรุงประสิทธิภาพการสกัดน้ำตาลได้ถึงร้อยละ 95 จะสามารถ ลดการสูญเสียน้ำตาลเป็นจำนวนถึง 10,236 ตัน