สกัดไมโตคอนเดรีย-ดีเอ็นเอจากตับและไข่ปลาดุกอุย 134 ตัวโดยเก็บตัวอย่างจาก 3 จังหวัดที่อยู่ตามแม่น้ำเจ้าพระยาคือ อยุธยา, ปทุมธานี และ กรุงเทพฯ และนำมาตัดด้วยเอนไซม์ ตัดจำเพาะ 4 ชนิดคือ EcoRI, HindIII, AvaII และ Sau3AI ผลปรากฎว่าสามารถแบ่งลักษณะดีเอ็นเอภาพหลังการตัดได้เป็น 18 ฮาโพล์ไทป์ ตัวอย่างจากอยุธยามี 8 ฮาโพล์ไทบ์ ปทุมธานี มี 14 ฮาโพลไทป์ และกรุงเทพมี 7 ฮาโพลไทป์เมื่อคำนวณค่าความแตกต่าง ของนิวคลีโอไทด์ของประชากรภายในแต่ละจังหวัดมีค่าเท่ากับ 0.01062, 0.01079 และ 0.00474 ตามลำดับ แสดงว่าปลา จากอยุธยาและปทุมธานีมีความแปรปรวนที่ใกล้เคียงกัน ส่วนปลา จากกรุงเทพฯ มีความแปรปรวนน้อยที่สุด แต่ฮาโพล์ไทป์ที่พบมีความ คล้ายคลึงกันระหว่างจังหวัดทำให้ความแตกต่างของนิวคลีโอไทด์ ระหว่างจังหวัดมีค่าค่อนข้างต่ำคือ ระหว่างอยุธยาและปทุมธานี เท่ากับ 0.00081 อยุธยากับกรุงเทพเท่ากับ 0.00140 และ กรุงเทพกับปทุมธานีเท่ากับ 0.00126 ซึ่งผลได้แสดงว่าประชากร ปลาดุกอุยของอยุธยาและปทุมธานีมีลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ใกล้เคียงกันมาก จนดูเหมือนว่ามีที่มาจากแหล่งเดียวกัน