การนับระยะเวลาการฟ้องคดีพิพาทเกี่ยวกับสัญญาทางปกครองนั้น มาตรา 51 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ. 2542 ได้บัญญัติว่าให้ยื่นฟ้องภายในหนึ่งปีนับแต่วันที่ผู้ฟ้องคดีรู้หรือควรรู้ถึงเหตุแห่งการฟ้องคดี แต่ไม่เกินสิบปีนับแต่วันที่มีเหตุแห่งการฟ้องคดีซึ่งจากการศึกษาแนวคำวินิจฉัยของศาลปกครองพบว่า มีปัญหาความไม่ชัดเจนและแตกต่างกันของคำวินิจฉัย เช่น ในบางกรณีศาลจะพิจารณาจากวันที่ผู้ฟ้องคดีทราบถึงการปฏิเสธที่จะกระทำการตามหนังสือทวงถาม หรือวันที่พ้นกำหนดเวลาตามที่กำหนดในหนังสือทวงถามเป็นวันเริ่มนับอายุความ บางกรณีศาลพิจารณาจากวันที่อาจบังคับตามสิทธิเรียกร้องทำนองเดียวกับที่ใช้ในคดีแพ่ง หรือบางกรณีศาลพิจารณาจากลักษณะของสิทธิเรียกร้องและข้อเท็จจริงแห่งคดีประกอบกันเพื่อพิจารณาว่าอะไรคือเหตุแห่งการฟ้องคดีและเวลาใดเป็นเวลาที่รู้หรือควรรู้ถึงเหตุแห่งดังกล่าว จากการศึกษาเปรียบเทียบกับแนวคำวินิจฉัยของไทยก่อนมีการจัดตั้งศาลปกครอง (ศาลยุติธรรมและคณะกรรมการวินิจฉัยร้องทุกข์) และกฎหมายต่างประเทศพบว่าแนวคำวินิจฉัยของศาลยุติธรรมไม่มีปัญหา ดังกล่าว เนื่องจากศาลยุติธรรมไม่ได้พิจารณาว่าสัญญาที่ทำระหว่างรัฐกับเอกชนมีหลักเกณฑ์โดยเฉพาะจึงได้ยึดถือหลักเกณฑ์เช่นเดียวกับสัญญาทั่ว ๆ ไปตามที่กำหนดในประมาลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์ที่ให้เริ่มนับอายุความจากขณะที่อาจบังคับตามสิทธิเรียกร้องได้ แต่ก็เป็นปัญหาว่าจะใช้หลักเกณฑ์ดังกล่าวเป็นหลักเกณฑ์สำหรับข้อพิพาทในทางปกครองได้มากหรือน้อยเพียงใด ส่วนแนวคำวินิจฉัยของคณะกรรมการวินิจฉัยร้องทุกข์ก็ไม่มีปัญหาดังกล่าว เพราะได้ใช้หลักเกณฑ์การนับอายุความจาก "เหตุแห่งการร้องทุกข์" ตามที่กฎหมายว่าด้วยคณะกรรมการกฤษฎีกากำหนดไว้ สำหรับแนวทางของกฎหมายต่างประเทศนั้น ก็ไม่มีปัญหาการนับอายุความ โดยกฎหมายเยอรมันได้กำหนดให้ใช้หลักเกณฑ์เรื่องอายุความตามประมวลกฎหมายแพ่ง สำหรับกฎหมายฝรั่งเศสกำหนดให้ต้องมีการกระทำอันเป็นเหตุแห่งการฟ้องคดีเช่นเดียวกับกฎหมายว่าด้วยการจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครองของไทย อายุความจึงเริ่มนับโดยยึดเหตุแห่งการฟ้องคดี ดังนั้น วิทยานิพนธ์ฉบับนี้จึงเสนอว่า ให้มีการนับอายุความโดยยึดถือ "เหตุแห่งการฟ้องคดี" เป็นหลักซึ่งเป็นการสอดคล้องกับบทบัญญัติของกฎหมาย ทำให้การฟ้องคดีพิพาทเกี่ยวกับสัญญาทางปกครองเป็นระบบยิ่งขึ้น โดยสอดคล้องกับระบบการทำงานของฝ่ายปกครองและวัฒนธรรมหรือทางปฏิบัติในการแก้ไขข้อพิพาทในเรื่องนี้ อีกทั้งยังเป็นการป้องกันปัญหาการฟ้องคดีโดยขาดอายุความ เนื่องจากกฎหมายว่าด้วยการจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครองกำหนดอายุความไว้สั้นกว่าในคดีแพ่ง